То обстоятельство, что не может он стать красноармейцем, очень на Алексея Ивановича подействовало. Всю жизнь он жил и работал, как все. А тут вдруг исключение. Он стал мрачным, угрюмым. В первые дни войны заболел тифом.
Пролежал Алексей Иванович в больнице около двух месяцев, вернулся похудевшим до измождения».
Ее слова подтверждал и старший сын Валентин: незадолго до начала войны через Клушино проходил цыганский табор, и, вероятно, Алексей Иванович подхватил болезнь от кого-то из цыган. В результате отец семейства надолго попал в инфекционное отделение больницы в Гжатске, и это, конечно, сыграло свою роль в том, что он не был призван хотя бы и для службы в тыловых частях.
Через Клушино потоком шли беженцы, приносившие неутешительные новости. Вопреки довоенной пропаганде Красная Армия не сумела отбить натиск гитлеровских войск, а, наоборот, понесла тяжелейшие потери и отступала. Война обещала быть затяжной и кровопролитной, поэтому от многих планов Гагариным пришлось отказаться. Анна Тимофеевна вспоминала:
«В то время я работала свинаркой. С фермы ушли на фронт все мужчины. Мы, женщины, работу поделили между собой. Свиноферма у нас в колхозе была знатная, а молодняка в том сорок первом было много. Нужно было сохранить поголовье, выполнить задание по поставкам мяса. Выполнили.
Наступил сентябрь. Старшие мои отучились. Теперь об образовании Зои и речи не шло. Она работала в колхозе. Валентин остался на селе, не пошел в школу, не уехал в Москву на завод, как задумывали. В колхозе каждая пара рабочих рук была на вес золота. Военная пора, забравшая мужчин, требовала работы от подростков.
Но всё-таки один школьник у нас был. Хоть тогда учиться ребята начинали с восьми лет, а Юре только шел восьмой, он, мечтавший о школе уже давно, 1 сентября 1941 года отправился в первый класс. Даже в тот военный сентябрь мы постарались всё-таки отметить такой день. Я с утра пораньше побежала на ферму, а к восьми была уже дома. Провожали Юру братья, Зоя и я. Он шел гордый, в наглаженной матроске, с Зоиным портфелем, в котором лежал аккуратно обернутый в газету его первый учебник – букварь».
В середине сентября произошло событие, которое навсегда запомнилось жителям Клушина и которое упоминают все биографы космонавта, особенно писавшие для детей, как некий толчок, пробудивший в деревенском мальчишке мечту о небе. Сам Юрий Гагарин в книге «Дорога в космос» описывал этот эпизод так (цитирую по изданию 1961 года):
«Наступил сентябрь, и я со своими сверстниками направился в школу. Это был долгожданный торжественный и всё же омраченный войною день. Едва мы познакомились с классом, начали выводить первую букву „А“ да складывать палочки, как слышим:
– Фашисты совсем близко, где-то под Вязьмой…
И как раз в этот день над нашим селом пролетело два самолета с красными звездами на крыльях. Первые самолеты, которые мне пришлось увидеть. Тогда я не знал, как они называются, но теперь, припоминаю, один из них был „ЯК“, а другой „ЛАГГ“. Он был подбит в воздушном бою, и летчик тянул его из последних сил на болото, поросшее кувшинками и камышом. Самолет упал и переломился, а пилот, молодой парень, удачно выпрыгнул над самой землей.
Рядом с болотцем, на луг, опустился второй самолет – „ЯК“. Летчик не оставил товарища в беде. Все мы, мальчишки, сразу побежали туда. И каждому хотелось хоть дотронуться до летчиков, залезть в кабину самолета. Мы жадно вдыхали незнакомый запах бензина, рассматривали рваные пробоины на крыльях машин. Летчики были возбуждены и злы. Жестикулируя руками, они говорили, что дорого достался немцам этот исковерканный „ЛАГГ“. Они расстегнули свои кожаные куртки, и на их гимнастерках блеснули ордена. Это были первые ордена, которые я увидел. И мы, мальчишки, поняли, какой ценой достаются военные награды.
Каждый в селе хотел, чтобы летчики переночевали именно у него в доме. Но они провели ночь у своего „Яка“. Мы тоже не спали и, поеживаясь от холода, находились с ними и, перебарывая молодой сон, не спускали с их лиц слипающихся глаз. Утром летчики улетели, оставив о себе светлые воспоминания. Каждому из нас захотелось летать, быть такими же храбрыми и красивыми, как они. Мы испытывали какое-то странное, неизведанное чувство».