Оккупационные власти расквартировали своих солдат в Клушине. По свидетельству Анны Тимофеевны, первое время в их доме жил немец по имени Пауль: он вел себя вполне прилично, никак не выказывал враждебность к Гагариным. Потом его часть перебросили на восток. Произошло это, по косвенным данным, в начале декабря, когда советские войска сумели в ожесточенных боях отразить наступление вермахта и даже перешли в контрнаступление. 8 декабря Адольф Гитлер подписал директиву № 39 о переходе к обороне на всём фронте.
В итоге зимой жители Клушина оказались предоставленными сами себе. Учиться, впрочем, Юра Гагарин не мог: занятия после прихода оккупантов прекратились, а школу сожгли. Анна Тимофеевна уверяла в мемуарах, что сделали это немцы, однако вряд ли им нужно было портить хороший крепкий дом с пристройками, ведь они планировали остаться здесь надолго.
Что касается повседневной жизни, то поначалу у клушинцев не было серьезных проблем. Валентин Алексеевич вспоминал: «Особого голода в военные годы в селе не было: сперва были свои продукты; затем собрали урожай; в первую зиму немцы забрали у нас только овес и ячмень для своих лошадей, а рожь и пшеницу раздали населению по количеству едоков. Второй оккупационный год посеяли, посадили и собрали урожай».
На подмосковном фронте тем временем происходили грандиозные и страшные события. Советское командование решило развить успех декабрьского контрнаступления и разгромить группу армий «Центр», не дожидаясь, пока противник закрепится и подтянет резервы. 8 января 1942 года началась операция, получившая название Ржевско-Вяземской. В ней участвовали войска Калининского и Западного фронтов при содействии Северо-Западного и Брянского фронтов. Вначале успех сопутствовал Красной Армии, однако к концу января ситуация резко изменилась: немецкое командование спешно перебросило из Западной Европы двенадцать дивизий и две бригады, которые нанесли серию контрударов, после чего часть советских войск оказалась в окружении и понесла колоссальные потери: к концу апреля они достигли 272 тысяч человек убитыми и 504 тысяч человек ранеными. Группа армий «Центр» тоже была обескровлена, потеряв в общей сложности свыше 330 тысяч человек (фактически половину личного состава), но сумела удержать Ржев и так называемый Ржевско-Вяземский плацдарм (или Ржевский выступ), на котором закрепились войска 9-й и частично 4-й армий. Попытки взять выступ в «котел», предпринимаемые РККА в течение 1942 года, не увенчались успехом. Фронт пролегал всего в 20 км от Гжатска, но, чтобы преодолеть их, советским бойцам понадобился целый год.
Клушино вместе с Гжатском оказались в ближнем тылу немецких войск. В начале лета туда вступила новая часть. В доме Павла Ивановича, ушедшего с колхозным стадом на восток, поселился офицер в чине полковника, а дом Алексея Ивановича решили отдать под мастерскую и жилье механика по имени Альберт, вроде бы баварца. Анна Тимофеевна вспоминала:
«Алексей Иванович вырыл на огороде землянку. Она была глубокая, крыша в три наката. Вскоре пошли дожди, вода заливала пол, доходила до нар.
Сначала мы старались откачивать воду, выстраивались цепочкой и вычерпывали по сто ведер воды. Но вода не уходила. Тогда Алексей Иванович сказал: выроем другую. Вторая землянка спасала нас всё дальнейшее время оккупации. Алексей Иванович рыл, приговаривал:
– Фашист нас уничтожить хочет, не поддадимся».
Именно в этой землянке Гагарины прожили до весны 1943 года. В современных публикациях можно встретить утверждение, что она сохранена в неизменном виде и является частью дома-музея детства Юрия Алексеевича Гагарина в Клушине. Однако в действительности и землянка, и сам дом являются реконструкциями, построенными в начале 1970-х годов для увековечивания памяти первого космонавта.
В 1942 году всем уже стало ясно, что блицкриг, на который рассчитывали гитлеровцы, провалился. Если кто-то из немецких солдат, воевавших в составе армий группы «Центр», поначалу и верил, что несет на восточные земли освобождение от «большевистского ига», то ожесточенное сопротивление советских войск и ширящееся партизанское движение развеяли эти иллюзии, порожденные пропагандой Геббельса. Оккупационные власти и без того не отличались мягкостью по отношению к местному населению, а через год после начала войны утратили какую-либо меру в терроре. В Гжатске, на Смоленской улице, был построен концентрационный лагерь, где содержали пленных красноармейцев и гражданских лиц, уличенных в связях с партизанами; условия содержания в этом лагере были таковы, что люди погибали от холода и голода. Многих крестьян выгоняли из собственных домов, как семью Гагариных. Власти изымали продуктовые запасы и теплую одежду, уводили скотину. Немецкие солдаты не брезговали мелким мародерством. Любое сопротивление жестко каралось, наказания варьировались от палочных ударов до расстрела. Известны случаи, когда немцы казнили людей, которые укрывали попавших в окружение красноармейцев.