Однако признание христианства сопровождалось яростной борьбой между различными его толками. Четвертый век прошел под знаменем противостояния ортодоксии и арианства, пятый — ортодоксии и, с одной стороны, монофиситства, с другой — несторианства. Ко времени воцарения Юстиниана монофиситская проблема была наиболее важной, ибо к этому течению принадлежала значительная часть христиан Сирии и Египта.
Арианство — учение, основателем которого был александрийский священник Арий (?–336). В отличие от православных ариане полагали, что Бог-Сын не мог существовать до своего рождения, а значит, имел начало и не был равен Богу-Отцу. Позднее в этом учении образовалось множество направлений — вплоть до таких, которые считали Сына не одной из ипостасей Троицы, но лишь «превосходным творением» Отца, ему не единосущным (ομοουσιος) в ортодоксальном толковании, а подобосущным (ομοιουσιος), подобным (ομοιος) и т. п. Христос некоторых ариан — не Бог, но герой; эта точка зрения была понятна и близка варварским народам империи, многие из которых (вандалы, готы, отчасти франки и др.) восприняли христианство в изложении последователей Ария. Арианство было осуждено на Никейском соборе 325 г., но впоследствии возобладало в империи, особенно в правление Констанция II (337–361) и Валента II (364–378). В 381 г. арианство окончательно признали ересью.
Несторианство — учение, основателем которого был столичный архиепископ Несторий (428–431). Несториане (а они существуют и поныне) считают раздельными божественную и человеческую сущности во Христе и не признают божественного материнства Девы Марии (Несторий называл ее не Богородицей, но Христородицей).
Монофиситство (монофизитство), «одноприродие» (гр. μονος, один + φυσις, природа) — христологическое учение, в своей крайней форме евтихианства отрицающее человеческую природу Христа вообще. Монофиситы более умеренного характера признают наличие у Христа человеческой природы, но отличной от нашей, обычной. Монофиситство развилось из философии св. Кирилла, патриарха Александрийского (414–444). Сам Кирилл говорил о «единой природе Бога-Слова воплощенной», понимая под этим умаление во Христе человеческой природы, своего рода поглощение низшей человеческой природы природой высшей, божественной. Но так вышло, что самого Кирилла церковь сочла православным и канонизировала на V Вселенском соборе. Наиболее четкой границей между развитым монофиситством и ортодоксией можно считать отношение к IV Вселенскому собору в Халкидоне (монофиситы его не признают).
Сегодня принято различать монофиситство в его крайней форме и «миафиситство», «единоприродие» — исповедание веры восточными церквами (эфиопской, коптской, яковитской и т. д.). Как православие, так и католицизм считают вышеуказанные течения ересями. Некоторые современные исследователи (например, М. В. Грацианский) считают, что вместо термина «монофиситы» корректнее употреблять «антихалкедониты».
Всё большую роль в жизни страны (в основном на Западе) начинают играть варвары, преимущественно германцы. Уже с середины IV века основная часть армии Запада и значительная — Востока комплектовалась не из римских свободных граждан, а из иноплеменников-федератов. Многие римляне понимали, что стремительная варваризация армии и государственного аппарата — путь страшный.