Лишь через несколько десятков лет после смерти епископов некоторые церковные мыслители подняли вопрос, что Феодор Мопсуэстийский, Феодорит Киррский, Ива Эдесский в некоторых своих сочинениях проповедовали несторианство, а уже затем присоединились к православным. Громче всех об этом говорили монофизиты. Юстиниан столкнулся с серьезной проблемой: оставить всё как есть или осудить Феодора, Иву и Феодорита, чтобы получить шанс на примирение с монофизитами?
В XXI веке легко понять, каковы «партийные» предпочтения того или иного епископа. В V и VI веках дела обстояли не так. Достаточно пролистать страницы хроник того периода. Каждая секта называет себя православной, религиозная жизнь бурлит, проповедники спорят друг с другом, Вселенские соборы принимают важные решения. На кону стоит бессмертие души и правильный путь спасения… Поэтому положение Юстиниана было гораздо сложнее, чем принято думать. Он жил в странном изменчивом мире, где все думали о спасении души, но спасались по-разному. Причем многие готовы были ради спасения разрушить зыбкий земной мир и уничтожить империю… Пытливый ум Юстиниана лихорадочно искал выход.
Наконец он решил осудить «три главы» (то есть три сочинения) Феодора Мопсуэстийского, Феодорита Киррского, Ивы Эдесского, в которых содержались несторианские постулаты. Впоследствии дело о «трех главах» стали рассматривать как дело против «трех голов, вождей», допустивших еретические высказывания.
Монофизиты постоянно обвиняли сторонников Халкедонского собора в несторианстве и использовали дело «трех глав» как одно из доказательств.
В ответ Юстиниан как последовательный православный выступил с осуждением «трех глав». Император высказался об этом еще в 543 году в своем сочинении против Оригена. Тем самым он приглашал монофизитов к примирению. Компромисс выглядел так. Правящая Церковь осудит несторианские высказывания трех авторов, а монофизиты признают решения Халкедонского собора, после чего православные вновь воссоединятся. Но не тут-то было.
Из-за осуждения «трех глав» разгорелся конфликт. Взбунтовались западные епископы и сам римский папа. Папой в то время был ставленник Юстиниана — Виталий, римский аристократ, проживший 4 года в Константинополе и показавший себя человеком лояльным по отношению к религиозным взглядам императора. Папа не был аскетом, любил хорошо поесть, обладал солидной комплекцией. Это шло ему в плюс. Феодора и Юстиниан считали, что таким человеком легче манипулировать.
Но за Вигилием стояли миллионы верующих, а рядом с ним находились непримиримые западные епископы. Они отказались вдаваться в нюансы религиозной борьбы. Живой ум византийцев искал новое и стремился проникнуть мыслью едва ли не на Небо. Усталый западный мир жил сухими формулами и однажды принятыми решениями. Халкедонский собор принял Иву, Феодора и Феодорита. Значит, их сочинения православны. Всё просто.
Юстиниан был в отчаянии. Опять западные иерархи мешали попыткам объединения. Почему они не хотят видеть факты? Почему Халкедонский собор не мог ошибиться относительно сочинений Ивы, Феодора и Феодорита? Почему нельзя исправить решение, не подвергая сомнению авторитет собора в целом? Почему западные епископы закоснели в своем упорстве?
Бесплодные переговоры с папой продолжались четыре года, а затем произошли события, которые изменили баланс сил в пользу Юстиниана. В Италии готы взяли Рим (декабрь 546 года). Папа Вигилий бежал из Вечного города еще раньше, в 545 году. Некоторое время он пробыл на Сицилии, а затем приехал в Константинополь по настоятельной просьбе императора. Понтифик явился в столицу 27 января 547 года.
Юстиниан принял папу с почестями и просил помочь в воссоединении верующих. Вигилий обещал устроить соединение «Кафолической церкви», как говорили тогда в Византии, и анафематствовать три главы.
Но затем папа отказался от обещаний. Он поссорился с патриархом Константинопольским Миной и отлучил его от церковного общения на 4 месяца как раз за осуждение «трех глав». Такой неожиданный поворот можно объяснить только тем, что папа легко поддавался советам своего окружения и был до крайности слабоволен.
Впрочем, на сей раз он зашел слишком далеко, и Юстиниан вмешался. Базилевс приказал арестовать Вигилия, который грозил нарушить хрупкий мир между религиозными партиями. Папа страшно перепугался и искал спасения у останков мученика Сергия в одном из храмов. Имперскую полицию это не остановило. У жертвенника разыгралась забавная сцена. Папа схватился за столбы, поддерживавшие жертвенник, и ниспроверг их, будучи тяжел и велик телом. После этого он был арестован.