Внезапная вспышка недовольства обнаружилась в вечно бунтующем Египте. Александрийский патриарх Зоил выступил против анафематствования «трех глав». Реакция со стороны правительства последовала мгновенно. Зоила сместили, патриарший престол в Александрии занял Аполлинарий.
Сам Юстиниан начал давить на общественное мнение и опубликовал собственный символ веры. В нем излагалось признание решений первых четырех Вселенских соборов, включая Халкедон, однако содержалось и осуждение «трех глав».
Папа Вигилий счел это нарушением договоренностей. Решение о «трех главах» должен вынести только собор! Юстиниан мог ответить, что это его личное исповедание веры, но имелось серьезное возражение. Сочинение вышло из царской канцелярии, было обнародовано и приобрело силу указа. Следовательно, на будущий собор оказывается неприкрытое давление.
Должно быть, Вигилий считал себя ловким дипломатом, но всё его искусство оказалось бесполезным ввиду твердолобости императора. Сам император считал свой ход, напротив, весьма тонким. Восточным епископам недвусмысленно указали, как голосовать, а западные будут в меньшинстве, тем более что в непокорной Африке провели кадровую чистку.
Но папа взбунтовался. Ему важно было остаться в глазах верующих не императорской марионеткой, но самостоятельной силой. Вигилий жил в константинопольском дворце Плацидии, а теперь укрылся в церкви Святого Петра во дворце Гормизда. Его пытались извлечь оттуда солдаты, папа упирался, в столице начались волнения. Православный люд возмущался тем, что правительство вмешивается в дела церковные. Войска отступили.
Тогда император попросил о посредничестве своего старого соратника Велисария, к которому обращался в трудные моменты. Военная карьера Велисария бесславно завершилась в Италии, но политического чутья этот человек не утратил. Он встретился с папой, которого знал еще в свою бытность на Апеннинах, и уговорил вернуться во дворец, пообещав безопасность. Папа вернулся, конфликт угас. Однако Юстиниан был не из тех, кто смиряется с поражением. Вскоре он изолировал папу от общения с епископами и посадил фактически под домашний арест. В Италии византийцы провели пропагандистскую кампанию по дискредитации понтифика.
Постепенно надзор за Вигилием ослаб, и 23 декабря 551 года папа бежал. Он переправился через Босфор, достиг города Халкедон и укрылся в обширной церкви Святой Евфимии. Укрытие папы носило символический характер: в свое время именно в этом здании происходили заседания Халкедонского собора.
Юстиниан вновь отправил на переговоры Велисария, но на этот раз папа ему не поверил. Вместо этого Вигилий надиктовал энциклику, в которой говорилось об учиненных над ним насилиях и утверждалась безусловная преданность понтифика решениям Халкедонского собора. Дело становилось всё более громким, а император оказался вовсе не всесилен. Папскую энциклику распространяли повсюду. Власти пришлось идти на уступки. Патриарх Мина принес папе свои извинения, и Вигилий вернулся в столицу.
Мина умер в 552 году. Впоследствии Православная церковь причислила его к лику святых, как и самого Юстиниана. Новым патриархом сделался Евтихий (552–565, 577–582). В год избрания ему было примерно 40 лет. Его давно заметили и стали продвигать по церковной лестнице Мина и Юстиниан.
Евтихий происходил из деревеньки в Малой Азии. Его отец Александр был византийский воин, мать Синезия — домохозяйка, дочь священника. В 12 лет Евтихия отправили учиться в Константинополь. Будущий патриарх преуспел в науках и избрал духовную карьеру: постригся в монахи. Строгая жизнь и успехи в изучении богословия доставили ему славу, Евтихий сделался архимандритом всех монастырей Амасии (Амасия — малоазийский город в провинции Понт).
Когда началась подготовка к Вселенскому собору, кто-то должен был ехать в столицу. Местный митрополит приболел и отправил вместо себя энергичного Евтихия. Молодой архимандрит использовал выпавший ему шанс для того, чтобы завязать связи при дворе и попасться на глаза императору. При обсуждении «трех глав» Евтихий не просто поддержал базилевса, но и привел пример из Библии. Когда-то древнееврейский царь Осия приказал выкопать и сжечь кости идолослужителей. С Ивой, Феодором и Феодоритом поступили гораздо мягче: всего только осудили их ранние сочинения. Этот аргумент понравился Юстиниану, император обратил внимание на честолюбивого малоазийского аскета. Впрочем, ирония неуместна. Евтихий был искренен в своих убеждениях, он боролся за единство Церкви вместе с императором и достоин всяческих похвал. Церковь и его причислила к лику святых.