В 1877 году Владимир Галактионович был снова арестован и освобожден из-за недостаточности улик. Через два года его арестовали и сослали в город Глазов Вятской губернии. Боясь влияния Короленко на население, власти перевели писателя в глухие Березовские Починки, которые даже не были селом. В 1880 году писатель, содержится в заключении в Вышневолоцкой пересыльной тюрьме, а впоследствии в Пермской тюрьме.
В 1881 году Короленко отказался присягать Александру III и снова был арестован. Свой отказ от присяги писатель мотивировал тем, что невозможно присягать строю, вопиющее беззаконие которого испытывал он сам и другие.
Пермский губернатор уговаривал Короленко присягнуть Александру III и тем добиться своего освобождения. На эти уговоры писатель ответил:
«Умейте гордо держать голову перед силой самой крупной, если по вашему убеждению, она враждебна вашей святыне».
11 августа 1881 года Короленко был сослан в Восточную Сибирь, в далекую и холодную Якутскую область. Ему было назначено поселение в слободе Амга, в 300 верстах от Якутска.
В Амге Владимир Галактионович пробыл три года. Пребывание в Сибири, связи со ссыльными и местным населением помогли Короленко глубоко узнать жизнь края, способствовали развитию таланта писателя.
Ссылка в Амге, по словам писателя, была самым здоровым периодом его жизни. Здесь он начал работать над повестью «В дурном обществе» и другими произведениями. Он писал, что им владело
«страстное желание вмешаться в жизнь, громко крикнуть, чтобы рассеять кошмарное молчание обществах
Преследования и репрессии Короленко испытывал до Великой Октябрьской социалистической революции.
В 1903 году, в связи с пятидесятилетием, писатель получил много поздравлений. Юбиляр был назван «защитником невинно осужденных». Среди телеграмм, полученных Короленко, была телеграмма от «Отправляемых в Восточную Сибирь». В этой телеграмме писалось:
«Живите, пишите, будите заснувшую совесть».
В 1913 году, по поводу 60-летия Владимира Галактионовича, Тимирязев писал, что он приветствует писателя, как славного художника, у которого каждое слово является делом.
В. Г. Короленко был страстным борцом против национального гнета. Преследование неполноправных наций, где бы оно ни было — в России или за границей — вызывало у писателя гневный протест.
Неизгладимый след в истории развития русской прогрессивной мысли оставили статьи и очерки Короленко о лицемерии царского «правосудия», напряженная борьба писателя за оправдание удмуртов (мултанское дело) и дело Бейлиса.
Осуждение семи крестьян села Старый Мултан по обвинению в ритуальном убийстве взволновало всю Россию. В 1894 году в городе Малмыже суд вынес им обвинительный приговор. Короленко был потрясен этим жестоким и несправедливым приговором. Он писал своим близким:
«Люди погибают невинно, совершается вопиющее дело, — и я не могу сейчас ни о чем больше думать».
В 1895 году писатель, изучив детально все материалы дела, пришел к убеждению, что обвиняемые не виновны. Владимир Галактионович выехал в Елабугу, чтобы лично присутствовать на втором разборе дела. Сенат отменил первый приговор за нарушение судопроизводства. Был напечатан подробный документально точный отчет о мултанском деле, написанный Короленко, в котором писатель доказал, что следствие было фальсифицировано царскими судебными чиновниками, что полицейские истязали подсудимых и свидетелей, вымогая пытками у обвиняемых ложные показания.
Удмурты были вторично осуждены. В ряде публицистических статей Короленко выразил гневный протест против несправедливого приговора. В одной из статей, посвященных мултанскому делу, Короленко писал:
«Я сидел рядом с подсудимыми, мне было тяжело смотреть на них, и я не мог смотреть в другую сторону. Прямо на меня смотрел Василий Кузнецов, молодой еще человек с черными выразительными глазами… в его лице я прочитал выражение как будто вопроса и смертной тоски, мне кажется, такое выражение должно быть у человека, попавшего под поезд, еще живого, но чувствующего себя уже мертвым».
Короленко не мог отнестись равнодушно к осуждению невинных людей. Он поклялся добиться нового расследования этого дела. Появляются в печати статьи писателя, посвященные мултанскому делу. Короленко требует отмены приговора. Мотивы, высказанные писателем, были развиты адвокатами, как аргументы, в их кассационных жалобах. Второй приговор был также отменен.