Боян Мага е бил много добре запознат и е ценял свещените писания и на други религии и религиозни течения. Тези му широки познания и толерантност се предават и на богомилите. За тях писанията на мъдреците от различните векове, народи и религии се възприемат като „боговдъхновени“, както и всяко „назидателно писание“ и откритие на човешкия гений, защото „всичко се дава отгоре“. Достатъчно доказателство за това е популярността сред богомилските общности на книгата „Калила и Димна“, за която вече споменах в началото.
Като обобщение по тази тема може определено да се каже, че богомилите са много далеч от буквалността в тълкуванията на „Свещените книги“, те винаги прилагат един иносказателен, езотеричен прочит, а на своите слушатели, „оглашените“, за които ще стане дума, предлагат своите притчи и легенди. Ще приведа само един пример - възкресението на Лазар. За обикновения читател то е пример за поредното чудо, извършено от Исус Христос. За посветените богомили обаче тази история има друго тълкувание. Историята с Лазар е описана само в Евангелието на Йоан, защото възкресението на Лазар се възприема като мистично доказателство за директно посвещение, т.е. Лазар условно е мъртъв, а Христос го възражда за нов духовен живот, като го посвещава лично.
Духовното е винаги от първостепенно значение за богомилите и те се придържат към казаното в Евангелието (Матей 6:19-21):
,,Не си събирайте съкровища на земята, дето ги яде молец и ръжда и дето крадци подкопават и крадат;
но събирайте си съкровища на небето, дето ни молец, ни ръжда ги яде и дето крадци не подкопават и не крадат;
защото дето е съкровището ви, там ще бъде и сърцето ви.“
Съкровището на богомилите е богатството на Духа, или както се казва в „Блаженствата“ (Матей 5:3):
,,Блажени бедните духом, защото тяхно е царството небесно.“
Може би няма да бъде излишно тук да изясня какво разбират богомилите под „бедни духом“. Какво прави един беден човек? Той в никакъв случай не иска да стои беден, а се стреми да стане богат... и търси, работи нещо в тази насока. Аналогично „бедният духом“ е човек, който търси духовното богатство..., затова и на него ще принадлежи „царството божие“.
По отношение на самата личност на Йоан богомилите вярват, че Йоан също е възкръснал като самия Христос, защото и в неговата гробница учениците му намерили само дрехите, с които бил погребан, точно както при Исус Христос и Дева Мария. Тази теория се споделя дори от Св. Кирил, според когото Йоан никога не е умирал и „можел да влиза и излиза от този свят като Енох, Илия или Кадир (суфисветеца)“.
Богомилите създават и свои писания, които са описани подробно от проф. Николай Райнов. Ще ги спомена по-нататък.
Много характерно за Богомилското Учение е тяхното разбиране за Свободата, тя се постига чрез пълно
ОТКАЗВАНЕ ОТ ВСЯКАКВО НАСИЛИЕ -
и от физическо, и от морално, и от духовно. Богомилите проповядват пълна свобода на мисълта и съвестта, всеки трябва да бъде свободен да постъпва според разбиранията си, според убежденията си и според морала си. Насилието, принуждението и дискриминацията напълно се изключват в обществата, които изграждат. Богомилите са категорично против убийствата, дори и на животни. Техният възглед за „непротивене на злото“ е направо революционен в онези времена на жестокост, насилие, безправие и безпардонност на Средновековието, когато човешкият живот няма почти никаква стойност. Едва в двадесетия век ще видим ефекта от този възглед, приложен на практика от Махатма Ганди в Индия.
Богомилите са и против насилието на държавата и призовават за неподчинение във всяка ситуация, в която има принуда, включително и принудителния труд. В техните общности участието е напълно доброволно, без всякакви заробващи клаузи и изисквания, за разлика от случващото се в някои от съвременните тайни общества. Напускането на общността също е доброволно, без каквито и да било санкции и последици.
Богомилите виждат насилие и от страна на църквата, която чрез страх и заплахи насажда подчинение, затова провъзгласяват