„...предпочита да не осквернява езика си с описанието му (на Богомилското Учение), защото тя е жена, при това най-почтена от Порфирогенетите (Багренородните) и първороден потомък на Алексий.“
Но разпространението на Богомилското Учение е толкова стряскащо, че Алексий Комнин по думите на дъщеря му:
„Веднага изостави грижите си за Изтока и Запада и насочи вниманието си към духовните въпроси, а именно: да измъкне богомилската ерес като змия от дупката й, като възложи на мнозина да издирят този проклет Василий...“
И Алексий заповядал още:
„...пълно преследване на всички ученици и съучастници в тайнствата на Василий по земята“.
Оказва се обаче, че съвсем не било толкова лесно да ги открият и за целта Алексий Комнин измислил много подъл тест - на заловените, за които се предполагало, че са богомили, той първо произнасял смъртна присъда, а след това им предлагал да избират - или да умрат на кръста, или на кладата. Който от тях избирал смърт на кръста бил освобождаван като верен християнин, а който избирал кладата означавало, че е богомил и бил изгарян, но след зверски мъчения, за да издаде Василий Врач. Много дълго време на императора не му се отдавало да разбере къде е богомилският водач. Алексий станал толкова болезнено мнителен, че заподозрял дори собствената си майка в ерес,... докато един ден се намерил предател, който посочил Василий.
Алексий Комнин бил начетен, любознателен, славел се с доста бърз ум и обичал много да води диспути с умни хора, в които той да излиза победител. Затова сега императорът решава да не действа прибързано. Той кани Василий Врач направо в „Synekdemos“, това е царският дворец. Василий пристига и Анна Комнина за пръв път го вижда лично. Описва го така:
„Архисатрапът Василий беше човек в монашеско облекло, с изпито лице, без брада, твърде висок на ръст.“
Алексий Комнин се държи много учтиво:
„Императорът стана от трона да го посрещне и го покани да седне и сподели с него дори трапезата, като му каза: — Почтени отче, аз се удивлявам от твоята добродетел и искам да позная проповядваното от твоя почтеност учение, понеже нашите дела от само себе си са негодни и не водят към никаква добродетел.“
Така под предлог, че живо се интересува от Богомилското Учение императорът успява да убеди Василий Врач да говори. Започват беседа, в която Василий Врач внимателно излага някои основни моменти от Учението, но само онова, което може да се говори пред оглашените. Алексий дава вид, че е много заинтригуван и беседата продължава дълго. В един момент Василий Врач казва, че:
„...след разрушението на Йерусалим Сатаната се е настанил в „Св. София...“
И тук императорът, „вътрешно побеснял“, не издържа, става рязко и дърпа една завеса... зад нея се оказва един писар, който старателно и дословно е записал всяка дума. Веднага е свикан висшият църковен съвет и Василий Врач е обвинен в ерес. Пред съда той се държи изключително достойно и заявява:
„Готов съм да вляза в огъня и хиляди пъти да умра, но не и да ce отрека от своите убеждения!“
Патриарх Николай II лично прочита присъдата му - изгаряне на клада. Кладата е приготвена в близост до двореца и Ана Комнина пише:
„Самодържецът заповяда да запалят на Хиподрума голяма клада. Беше изкопана извънредно голяма яма и голямото количество дърва от високи и наредени дървета приличаше на планина... и голямо количество хора започна да се стича на арената ... Присъстваше и тълпата от еретици, които гледаха вожда си Василий“.
Най-видният еретик трябва да бъде изгорен публично за назидание. Това намерение обаче дава точно обратния резултат - превръща Василий Врач не просто в мъченик, а почти в светец. Василий не само че не показал никакви признаци на уплаха, ами пеел пасажи от 91-вия псалом на Давид и те звучали мощно над тълпата така:
„Който живее под покрива на Всевишнаго, ще пребивае под сянката на Всемогъщаго.
Ще казвам на Господа: Той е прибежище мое и крепост моя, Бог мой, на Него ще се надея...
Неговата Истина е щит и всеоръжие...“
Описанието на Ана Комнина продължава - по пътя към кладата Василий Врач се „присмивал“, отправял молитви и казвал, че него „ще го грабнат Ангели“. Накрая го изправили пред пламъците,