И така Босненската църква започва своя самостоятелен живот.
Този крайно дързък ход на бан Кулин не остава незабелязан от Ватикана и Византия, макар че точно по това време папа Александър III е зает в борба срещу антипапите. Бан Кулин веднага е атакуван - обявен е за еретик заедно с жена му и сестра му, и то от две страни - и от Византия, и от Рим... Папата дори подклажда унгарците, верни католици, да предприемат кръстоносен поход срещу него, но тук бан Кулин проявява забележителни качества на ловък дипломат и успява да убеди папските пратеници, че той всъщност е „верен католик“ и походът се отменя. Подобна тактика прилага после и към византийците. Резултатът е, че Босненската църква успява да съхрани своята самостоятелност.
Бан Кулин подписва и харта за мир и приятелство с мощния тогава Дубровник. Интересното е, че хартата започва с думите „В името на Отца и Сина и Светия Дух...“, защото банът знае, че в Дубровник са католици, а и датата на подписването не е случайно подбрана - деня на отсичането на главата на Св. Йоан Кръстител, много тачен ден за католиците, и това е специално указано в хартата. С тези си няколко умели хода Бан Кулин успява, за времето на своето господство, да осигури едно относително спокойствие за Босна и Богомилското Учение процъфтява чрез Босненската църква. През 1199 година дубровнишки търговци вече открито говорят за самостоятелна Богомилска църква, наречена „Crkva bosanska“ („Босненска църква“).
През 1223 година в Далмация (Хърватия) е избран богомилски ръководител, когото нарекли „еретическия папа“ - това е българинът Вартоломей.
На Босна и предстоят обаче едни много бурни и пълни с превратности два века - 13-тият и 14-тият. Бан Кулин умира в 1204 година и страната попада под унгарско влияние. Богомилите реагират веднага и през 1225 година изпращат тайно от България (това е вече по времето на Второто Българско Царство) свои специални пратеници, които да предадат там съветите от “Crkva matika“ („Църквата майка“). Но властта в Босна взима Матей Нинослав (1232-1250), също подчинен на унгарците, а след него идва Приезда, наложен лично от унгарския крал и верен католик Андрей II. И тогава под натиска на Ватикана започват гонения против богомилите с цел да се подчини Босненската църква на папата. Папа Грегор IX през 1238 г. дори отправя призиви за кръстоносен поход. Татарското нашествие през 1240 година на хан Угадай освобождава богомилите от преследване, след това обаче Босна е въвлечена в междуособиците за унгарския трон и чак след смъртта на Приезда идва звездният момент за Босна - тя се превръща от Банство в Кралство. Това става благодарение на Стефан II Котроманич, който през 1322 година става бан на Босна (тук прескачам сложна въртележка от бракове и сродявания между Котроманичите и Неманичите и аристократичната фамилия на Шубичите). Стефан обединява много бивши босненски територии, накрая анексира и голяма част от княжество Хум (част от Херцеговина) и създава една по-голяма държава, дори успява да „укроти“ за известно време и папата, като допуска францисканска мисия в страната. Въпреки това обаче папата продължава да се дразни от Босненската църква и зорко я следи. През 1325 година не издържа и пише писмо:
„До нашия любим син и благородник Стефан, принц на Босна.
Знаейки, че ти си верен син на църквата, ние ти възлагаме да изкорениш еретиците от своето владение и да окажеш подкрепа и помощ на нашия инквизитор Фабиан, тъй като голямо множество от еретици, събрани от много различни части, са нахлули заедно във владенията на Босна, надявайки се да посеят техните скверни заблуди и да се настанят там на сигурно място. Те действат с лукавството на дявола и, въоръжени с отровата на тяхното вероломство, развращават ума на католиците чрез представянето си под маската на скромност, присвоявайки си с лъжа името християни. Техните проповеди пропълзяват като раци, промъкват се със смирение, но тайно убиват и са вълци в овча кожа. За да измамят скромното стадо Христово, те крият своето скверно настървение“.
Колко сходно звучат тези думи на папата с писанията на Анна Комнина. Това просто означава, че богомилското движение се развива идентично навсякъде.
Истинският разцвет на Босна настъпва при Твърдко I (1377- 1391). Той е женен за българската принцеса Доротея - дъщерята на видинския цар Иван Срацимир. През 1377 година Твърдко I е коронясан за крал на Босна и на Сърбия, като израз на подкрепа от страна на папата. По-късно, макар и за една година - от 1390 до смъртта си през 1391 година, той вече е крал на Босна, Сърбия, Хърватия, Далмация, Усора, Соли и др. През цялото това време Босненската църква успява да се съхрани. След 1389 година се случва и нещо знаменателно - в тази година турците печелят решителната битка при Косово поле, заплахата от тях става много реална, и тогава, пак като знак за идентичност, Твърдко, заедно с цялата аристокрация и народа на Босна, демонстративно приема отново Богомилското християнство.