Идея его проведения родилась у премьера после ознакомления с письмом начальника Генерального Штаба Ф.Ф.Палицына. Тот, обеспокоенный растущим масштабом иностранного шпионажа в августе 1908 года направил на согласование в МВД разработанный его офицерами проект «Инструкции по контрразведке». В ней предлагался с целью ликвидации «пустот» в сфере обеспечения безопасности, определенный порядок координации деятельности всех заинтересованных министерств и ведомств.
Столыпин в ответном письме изложил свое принципиальное видение решение проблемы постановки контрразведывательного дела в стране. Одними инструкциями и указаниями ее не решить. Нужна была стройная системы мер, в том числе и организационного характера. Ключевой мыслью Столыпина был теоретический тезис: «контрразведка, в сущности, является лишь одной из отраслей политического розыска». Он исходил, видимо из того, понимания, что внешний противник найдет в среде оппозиционных режиму элементов питательную среду для вербовки наиболее непримиримых и надежных кадров шпионской агентуры. Поэтому Столыпин решительно выступил против изложенной в проекте инструкции идеи о руководящей роли военных в борьбе со шпионажем и возложении лишь «исполнительных функций всецело на жандармские и полицейские учреждения». Кроме того, как считал премьер (хорошо знавший специфику спецслужб) в окружных штабах в то время не было квалифицированных кадров, знающих достаточно хорошо «техническую сторону розыска». С его точки зрения эффективное взаимодействие со штабами военных округов могли бы осуществлять районные (региональные) охранные отделения.
Касаясь болезненной проблемы финансирования контрразведывательной деятельности Столыпин полагал, что расходы розыскных учреждений МВД на наем специальных агентов, должно нести Военное ведомство. Руководители последнего согласилось с предложениями влиятельного премьера и делегировали своих представителей для участия в работе межведомственной комиссии по контрразведке, которая была созвана уже в декабре 1908 года, под председательством Директора Департамента Полиции М.И. Трусевич.
В нее вошли исполняющий обязанности вице-директора ДП коллежский советник С.Е.Виссарионов, заведующий Особым Отделом ДП полковник Е.К.Климович, состоящий при Особом Отделе подполковник В.А. Беклимишев. Интересы Военного ведомства представляли полковник Н.А.Монкевиц, в то время делопроизводитель разведотделения Главного управления Генштаба, его помощник капитан С.Л.Марков и отвечавший за разведработу в Штабе Киевского Военного Округа старший адъютант разведотделения генерального штаба полковник А.А.Самойло. Морское ведомство делегировало начальника Иностранной части Моргенштаба капитана II ранга Доливо-Добровольского.
Всесторонне проанализировав сложившуюся ситуацию, комиссия Трусевича пришла к выводу о необходимости создания особых контрразведывательных органов. Разрозненные действия подразделений русской тайной полиции, ГУГШ, Моргенштаба, и разведотделений штабов приграничных военных округов не соответствовали масштабам военного шпионажа противостоящих России государств.
Комиссия констатировала: «Полное отсутствие денежного отпуска… недостаток знаний и опыта у случайно стоящих и постоянно меняющихся руководителей контрразведкой, неимение каких бы то ни было инструкций и правил, наконец, отсутствие пригодных агентов всех степеней, — все это не соответствовало успеху контрразведки». Особое внимание, по мнению комиссии, следовало уделять иностранным военным атташе, за которыми «необходимо периодическое наружное наблюдение (агентов же германских, австрийских, английских, японских, шведских, турецких, североамериканских, итальянских и германского офицера, состоящего при особе его величества, необходимо обеспечить и внутренним наблюдением)».
При получении оперативных данных под наблюдение надлежало брать дипломатический и консульский персонал, иностранных граждан и их связи среди русских подданных, особенно на важнейших российских заводах. Важным был и вывод о необходимости обратить «особенное внимание» на всех военных секретоносителей, живущих не по средствам. Не обойдены были вниманием и русские подрядчики Военного ведомства, комиссионеры, служащие и мастеровые военных и морских заводов и мастерских и т. п.