В итоговом протоколе комиссии подчеркивалось: «Наиболее рациональной мерой контрразведки является организация правильной и широко поставленной секретной агентурной службы», имеющей сильные оперативные позиции в зарубежных центрах шпионажа, а также среди иностранных разведчиков действующих в России.
Комиссия рассмотрела различные варианты организации русской контрразведки и пришла к выводу о необходимости учреждения в структуре русской тайной полиции специальных «контрразведочных» (так в тексте — В.М.) органов, входящих в соответствующие районные охранные отделения, причем на должности помощников военно-розыскных отделений комиссия признала возможным направлять строевых обер-офицеров по распоряжению начальников окружных штабов, но с согласия Директора Полиции.
Таким образом, предложенная структура построения органов контрразведки позволяла руководству ДП гибко осуществлять маневрирование силами и средствами розыскных учреждений империи и являлась формальным воплощением теоретической формулы Столыпина, — неразрывности функции борьбы со шпионажем с деятельностью учреждений отвечавших за внутреннюю безопасность государства. Накопленный ими оперативный опыт мог стать предпосылкой для успешного решения задач по борьбе с иностранным шпионажем в общегосударственном масштабе.
Военно-розыскные отделения предлагалось сформировать в семи важнейших стратегических центрах империи — Санкт-Петербурге, Варшаве, Киеве, Вильно, Одессе, Иркутске и Владивостоке численностью до 25 человек (офицеров розыска, агентов наружного наблюдения и чиновников канцелярии). Дополнительно к расходам тайной полиции и военного ведомства из государственной казны запрашивалась сумма в 251 тысячу 520 рублей. Создание новых органов комиссия считала возможным осуществить уже к 1 июля 1909 года. Принятые на заседаниях комиссии документы как бы подводили определенную черту под целой исторической полосой развития отечественных спецслужб.
Но идеи М.И.Трусевича так и остались на бумаге. В момент подписания итогового протокола комиссии Трусевич уже был уже освобожден от должности Директора ДП. Его преемником стал Нил Петрович Зуев, ранее занимавший пост вице-директора Департамента Полиции. В отличие от Трусевича он большой склонности к оперативной работе не проявлял, а занимался административными вопросами, курировал законодательную и финансовую сферы деятельности департамента. Фактически главой русской тайной полиции стал генерал П.Г.Курлов, получивший в январе 1909 года пост товарища (заместителя) министра внутренних дел (курирующего всю полицейскую сферу МВД), а в марте и должность командира отдельного корпуса жандармов. Он оказался наиболее приемлемой фигурой на этой должности для окружения царя.
Столыпин некоторое время противился назначению Курлова, но должен был уступить после того, как императрица во время одной из аудиенций сказала ему: «Только тогда, когда во главе политической полиции станет Курлов, я перестану бояться за жизнь государя». Новый командир корпуса жандармов не был и новичком в деле розыска (одно время он занимал пост вице-директора ДП). Это был достаточно опытный администратор, юрист по образованию, выпускник Александровской военно-юридической академии, поработавший и по линии прокуратуры, и на губернаторских должностях. Несомненно, он пользовался определенным влиянием при дворе. Теперь от его «лоббирующих возможностей», от настойчивости и энергии во многом зависело решение вопроса о создании новой службы.
Столыпин ему в этом вопросе оказать серьезную помощь уже не мог, поскольку начиная с 1909 года его лидирующее положение в решении важнейших государственных дел начало неуклонно ослабевать. К тому же отношения последнего с новым военным министром, ловким и тонким царедворцем В.А.Сухомлиновым, складывались не просто. Несмотря на шлейф скандальных похождений бывшего киевского генерал-губернатора, «акции» последнего при дворе постоянно росли. Без его безоговорочной поддержки решения комиссии Трусевича могли долго оставаться на бумаге.
Однако у самого Курлова вопрос о контрразведке был далеко не в числе первоочередных. Не отвергавший в принципе идею создания в структуре ДП специальных военно-розыскных органов, руководитель русской тайной полиции считал, что прежде всего нужно навести порядок в собственном ведомстве. Особое внимание Курлова было обращено на проблемы оперативной деятельности охранных отделений, на искоренение созданной в период борьбы с революцией «розыскной системы Трусевича». В ее основе лежал принцип приоритета внутренней агентуры, в том числе создания мощных оперативных позиций в руководящих центрах противоправительственных партий и группировок.