У вересні 1945 р. добровільне переселення зазнало краху, і комуністи вирішили надати йому нової форми, залучивши урядові війська. З довідки народного комісара внутрішніх справ УРСР В. Рясного дізнаємося про радянську участь в ухваленні такого рішення. «За клопотанням НКВД УРСР, ― читаємо тут, ― через товариша Л. П. Берію Тимчасовий Польський уряд виділив дві дивізії Війська польського для боротьби з бандами УПА й забезпечення евакуації українського населення на території Польщі». З документа випливає, що ініціатива залучення військ до депортації належала радянській владі.
Брутальність поведінки військових щодо цивільних, залякування та вбивства були щоденною практикою нового періоду депортацій. Це спричинило черговий виток кривавого протистояння.
9 вересня 1945 р. командир Воєнної округи «Сян» Мирослав Онишкевич наказав відділам УПА почати масштабну збройну акцію для зриву насильницького вигнання українців із Закерзоння. У документі читаємо: «Всюди там, де будуть відповідні можливості, перевести боєві акції проти тих, які переводять виселення, знищувати виселенчі комісії та всіх інших, які змушують до виселення. Виселені українські села обов’язково спалити так, щоби не остали жодні будинки ні будівельний матеріял».
Через тиждень після початку насильницьких депортацій керівництво підпілля відзначало перші обнадійливі результати своєї діяльності: «Досвід останніх днів показує ще раз, що одностайний рішучий опір населення проти виселення є можливий і дає добрі висліди. Виїхали тільки ті села, які дали себе залякати акцією війська і погрозами. Села, які втікали, ховалися, а жінки, які остали, не боялися, але заявили, що ми не вступимося, не виїдемо, згинемо, але своєї землі не кинемо ― по різних труднощах остали на місці. Такі села потерпіли тільки від грабунків».
Пропагандисти підпілля за головне завдання мали підтримувати й посилювати опір людей, інші підпільники ― бути готовими до збройного його захисту. «Там, де будуть стосувати до населення терор, побої, розстріли й т. п., наказується негайно виступити збройно всіма силами. Стріляти переселенчі комісії, атакувати тих, які переводять виселення й тероризують населення, зривати мости, телефони, рейки».
Уже через два дні після видання цієї інструкції провідник Закерзонського краю ОУН Ярослав Старух жорстко критикував підопічних за недоліки в організації опору і недостатню стійкість у критичній ситуації. «Провідники терену, замість підготовити своїх людей до героїчного опору й оборони, самі улягають часто панічним настроям, ― писав він. ― Замість гарячим серцем, палким словом і твердою рукою держати керму життя й боротьби, вони самі ходять непевні, що робити, й тільки випитують населення, «що чувати», де облава, куди тікати». Для опанування ситуації провідник вимагав застосування крайніх засобів: «Тих, які будуть вагатися, ― ганьбити й карати, а навіть розстрілювати! Натиснути на цілий організаційний апарат найтвердішими засобами для переведення цієї кампанії, для практичного переведення акції оборони перед виселенням!» Урешті паніку й непорозуміння перших днів вдалося подолати: українське підпілля організувало системний опір депортації, який тривав майже два роки, до весни 1947 р.
Наприкінці 1945 р. ― у першій половині 1946 р. акції УПА розвинулися до повномасштабної партизанської війни: періодичні напади на військові гарнізони, виселенчі комісії, навіть на невеликі міста, нищення комунікацій (доріг, мостів, залізничних станцій, телефонного і телеграфного сполучення), спалення виселених українських сіл, аби їх не заселили поляки. При цьому акції проводили доволі великими військовими з’єднаннями ― сотнями, а іноді й куренями, які зводили відверті наступальні бої з польським військом.
Урешті події переросли у те, що сучасний польський дослідник Ґжеґож Мотика називає «українським повстанням». Навіть польські комуністичні автори визнають, що більш ніж півроку ініціатива у бойових діях повністю належала УПА. Люблінський воєвода Рузга, описуючи активність українських повстанців у жовтні 1945 р., просив Варшаву виділити додаткові військові сили. «Оскільки операція українських банд є широкомасштабною, ― читаємо в його листі, ― а Народна міліція, Управління громадської безпеки і полк внутрішніх військ не можуть протистояти цим бандам з огляду на їх чисельність і добре озброєння, прошу громадянина Міністра залучити військо з метою ліквідації банд і повернення спокою на ці території. Тоді можна буде спокійно здійснювати переселення українського населення до УРСР».