Доволі сильна комуністична партія продовжувала активну боротьбу із дискредитації українського визвольного руху в роки Другої світової війни, надалі змальовуючи його антинародним та колаборантським. У 1990-ті рр. одним із сюжетів дискредитації УПА у виконанні комуністів стає волинська тема. При цьому комуністи в Україні активно використовували напрацювання польських націоналістичних істориків.
Але і їх «напрацювання» ставали в пригоді польським історикам. Цитата із раніше згадуваного «наказу» Дмитра Клячківського про знищення всього польського населення, яку безкритично передруковували не лише такі одіозні публіцисти, як Едвард Прус, але й історики Владислав Філяр, Леон Попек, вперше була запущена в інформаційне поле у статті Владислава Наконечного «Мертві закликають живих», що з’явилася 1994 р. Автор фальшивки — колишній директор партійного архіву Волинського обкому КПУ, згодом редактор газети «Радянська Волинь».
Український дослідник Сергій Рябенко довів, що публікації Наконечного є першоджерелом ще принаймні двох важливих фальшивок, які мали доповнювати «наказ», ілюструючи його виконання. Ідеться про «лист» Юрія Стельмащука до Миколи Лебедя (від 24 червня 1943 р.) та «звіт» одного з повстанських командирів на Волині Івана Климчака — «Лисого» за вересень 1943 р. Як і з першою фальшивкою, двом наступним вдалося міцно прописатися в польській та навіть українській історіографії. Цитати з них безкритично використовують, крім уже згаданих Філяра та Попека, Ґжеґож Мотика та Ігор Ільюшин. Комбінація трьох фальшивок лягла згодом в основу міфу про існування в українських націоналістів наміру знищити все польське населення Волині, який став підвалиною для політичних рішень щодо визнання антипольських акцій геноцидом.
Політизація питання польсько-українського конфлікту почалася в 1990-ті рр., навіть швидше, ніж його серйозні дослідження. В Україні його використовували здебільшого ліві та проросійські сили з метою не допустити визнання на державному рівні вояків УПА учасниками боротьби за незалежність. У Польщі, навпаки, він став знаряддям для мобілізації правого електорату, зокрема тому, що в цьому таборі вагому роль відігравали так звані кресов’яцькі організації, серед яких було чимало свідків чи нащадків тих, хто пережив конфлікт.
1997 р. тема польсько-українського конфлікту в роки Другої світової війни вперше прозвучала на президентському рівні. Леонід Кучма та Александр Квасьнєвський оголосили спільну заяву «До порозуміння і єднання». Тут згадані і сторінки спільної історії, і трагічні непорозуміння між нашими народами: «Військове протистояння у ХVІІ—ХVIII століттях, прояви антиукраїнської політики польської влади у 20—30-х роках XX століття, переслідування польського населення в Радянській Україні у період сталінських репресій. Не можна забувати польську кров, пролиту на Волині, зокрема у 1942—1943 рр., жорстокість українсько-польських конфліктів у перші повоєнні роки. Окремою трагічною сторінкою в історії наших стосунків була акція «Вісла», що завдала удару всій українській громаді Польщі… Складаємо шану безвинним — закатованим, полеглим і примусово переселеним українцям та полякам. Засуджуємо винуватців їхніх страждань. Разом з тим, висловлюємо вдячність всім, хто впродовж тих важких років сприяв українсько-польському зближенню. Сьогодні Україна і Польща є суверенними державами, добрими сусідами, стратегічними партнерами. Тому вкрай важливо подолати гіркоту, що залишилась в історичній пам’яті багатьох українців і поляків». Крім того, президенти закликали залишити дослідження конфліктів минулого фахівцям, а своїх сучасників — розвивати добросусідські відносини. Перша політична заява такого рівня цілком могла бути й останньою — все, що потрібно було, аби зробили політики, нею було зроблено. На жаль, так не сталося — питання польсько-українського конфлікту продовжує виринати на політичному рівні досі.
Дискусії від самих початків були надзвичайно емоційно зарядженими. Їх учасники часто хотіли не стільки обговорити щось чи почути інших, а передусім висловитися самі. З обох сторін звучали гострі заяви і звинувачення, причому головною темою для поляків стала Волинь 1943-го, а для українців ― жертви Закерзоння та акція «Вісла». Долучення до обговорення професійних істориків з обох сторін додало їй пізнавальної цінності, проте далеко не одразу позбавило емоційної складової.