В Петербург он прибыл 10 января 1859 года и вскоре получил назначение в «техническое гальваническое заведение». Тяжелое поражение, понесенное в Крымской войне, побудило командование царской армии принять меры к улучшению оснащения войск, поставило в порядок дня вопрос о техническом прогрессе. Новые обязанности были по душе Траугуту, он работал с предельным напряжением и с большой охотой, слушал лекции по физике и химии профессоров Ходнева и Ленца, просиживал долгие часы в библиотеках.
Но с переездом в Петербург на семью Траугута начали сыпаться тяжелые удары. Один за другим умерли двое младенцев-близнецов, за ними сошла в могилу бабушка Юстина, а в декабре 1859 года последовало новое страшное горе — смерть Анны Траугут. От большой дружной семьи, приехавшей в начале года в столицу империи, остался лишь подавленный несчастьями вдовец с двумя крохотными дочерьми, так нуждающимися в материнской опеке.
В феврале 1860 года Траугут получил известие еще об одной смерти — в своем имении Острове в Кобринском уезде умер брат бабушки Юстины Виталис Шуйский. Траугут был наследником, правда не единственным, да и имение не было богатым, но оно все же открывало возможность по-иному устроить свою судьбу, а главное — судьбу детей. Траугут не сразу принял решение: в 1860 году он съездил на родину в отпуск, в 1861 году взял уже более длительный отпуск, а затем подал прошение об отставке и поселился в Острове. Приказ об отставке последовал 14 июня 1862 года. Траугут был уволен «за болезнью» в чине подполковника.
Так начался новый период в жизни Траугута. Его новый брак был, по-видимому, продиктован не страстной любовью, а прежде всего заботой о своих сиротах: в дом вошла женщина, душевно привязавшаяся к падчерицам. Второй женой Траугута стала Антонина Костюшко, внучатая племянница знаменитого повстанческого вождя.
Жизнь в маленькой полесской деревушке потекла спокойно и размеренно, сюда, казалось, не доходил отзвук событий, происходивших в большом мире, тем более что и необщительный характер нового островского помещика не способствовал завязыванию соседских контактов Но как бы ни была замкнута жизнь в островской усадьбе, и сюда в январе 1863 года донеслась весть: за Бугом восстание Вскоре последовали известия о боях под самым Брестом, о переправе повстанцев через Буг, о большом сражении в местечке Семятычи. В феврале отряд Романа Рогинского овладел Пружанами, уездным городком Гродненской губернии, а затем двинулся на восток через Беловежскую пущу в Пинские леса. Это было совсем уж рядом.
На большей части Белоруссии повстанческая организация готовилась к вооруженному выступлению в апреле. Обширная Гродненская губерния была разделена повстанческой организацией на две части; во главе организации южных уездов, получивших название Брестского воеводства, стоял Аполин Гофмейстер.
Повстанческий отряд Кобринского уезда возглавил Ромуальд Траугут.
Мы описали уже все значительные события в жизни Траугута до этого дня, но ничто еще не объясняет этого решения. Может быть, что-то важное, существенное осталось неизвестным, скрытым от наблюдателей этим непроницаемым человеком? Может быть, он уже давно принадлежал к повстанческой организации? Ведь он жил в Петербурге как раз в то время, когда там активно действовала руководимая Сераковским и Домбровским революционная ортанизация, в состав которой входило немало коллег Траугута — роенных инженеров. Может быть, и отставка Траугута объяснялась не теми известными нам внешними обстоятельствами, а иными, побуждавшими в 1861—1862 годах выходить в отставку многих офицеров поляков: нежеланием участвовать в подавлении освободительного движения родного народа, решением принять участие в готовящемся восстании?
Такие вопросы задавались многими биографами Траугута. Но источники не дают никаких сведений, подтверждающих эти предположения. Об участии Траугута в конспиративной деятельности до начала восстания не упоминает ни один мемуарист, хотя главный повод сознательных умолчаний — опасность навлечь на человека, о котором идет речь, гонения царских властей, — уже не имел значения.