В этих условиях роль отделов жонда и секретаря жонда свелась к роли технических исполнителей указаний Траугута. Ни одно сколько-нибудь существенное распоряжение или инструкция не были изданы без его ведома и санкции; подавляющее их большинство было составлено им лично.
Траугут поселился в тихом, стоящем на отлете домике на малолюдной улочке. Владелицей «пансиона», где, кроме купца Чарнецкого, жил только учитель Мариан Дубецкий, была бывшая актриса Елена Киркор. Посетители в домике появлялись редко, необходимые встречи происходили в различных пунктах города, обычно в послеобеденные часы.
Среди ближайших сотрудников Траугута оказались люди разного склада. Некоторые, как начальник города Юзеф Пётровский, были связаны с «сентябрьским» жондом. Большинство составляли люди, входившие ранее в повстанческую адмийистрацию и вновь вернувшиеся на свои посты после отставки «сентябрьского» правительства. Это был бессменный с декабря 1862 года секретарь жонда архитектор Юзеф Каетан Яновский, человек политически бесцветный и малоинициативный, но добросовестный, методичный, «ходячий архив» организации; юный секретарь Руси Мариан Дубецкий, выполнявший по большей части функции личного секретаря Траугута. И они и многие другие члены повстанческого руководства не обманули доверия Траугута.
Совсем иной фигурой был Вацлав Пшибыльский. В молодости, в бытность студентом Петербургского университета, Пшибыльский был приятелем Зыгмунта Сераковского, но теперь его политические симпатии были целиком на стороне белых. Заняв весной 1863 года по уполномочию белого литовского отдела пост секретаря Литвы при Жонде Народовом, Пшибыльский летом 1863 года совмещал эту не слишком обременительную обязанность с постом начальника Варшавы и оказывал ценные услуги Маевскому в подавлении красной оппозиции в варшавской организации. Еще в летний приезд Траугута в Варшаву Пшибыльский быстро установил контакт с «земляком». Пшибыльский вновь на короткое время занял пост начальника города в октябре после ареста Петровского.
Белые симпатии определяли круг знакомств Пшибыльского, а его тщеславие и развязность побуждали его, с одной стороны, рекомендовать Траугуту для выполнения отдельных поручений таких, как показали дальнейшие события, случайных и ненадежных людей, как брат Вацлава доктор Кароль Пшибыльский и его коллега Цезарий Моравский, а с другой стороны, демонстрировать перед людьми такого сорта свою осведомленность. Болтливость Вацлава Пшибыльского дала в дальнейшем царским властям путь к обнаружению Ромуальда Траугута.
Сам Пшибыльский, который в декабре 1863 года благополучно убрался за границу с выданным ему Траугутом мандатом чрезвычайного комиссара, не только избежал репрессий, но и не услышал слова осуждения, каких не жалели другим виновникам ареста и гибели Траугута. Его позорная роль стала известна сто лет спустя, когда были опубликованы документы процесса Граугута.
Ромуальд Траугут был не единственным, кому пришлось пострадать по вине предателей и нестойких, недостойных доверия людей. Трагедия Траугута заключалась прежде всего в том, что он пришел к руководству восстанием, не имея уже возможности опереться на его лучших деятелей, которые разделяли его стремления и могли бы облегчить непомерный труд, принятый им на свои плечи.
Последовательно и неуклонно проводил Траугут намеченную им программу нового подъема восстания. Программа эта была единой, но целесообразнее будет рассмотреть последовательно три ее основных, взаимосвязанных аспекта: социальный, военный и международный.
Траугут повел решительную борьбу с укоренившейся среди повстанческих командиров «партизанщиной» — самовольными и нескоординированными действиями, а чаще бездействием, самовольными отлучками от отрядов на «отдых» и «лечение» в Галицию и т. п. Вместо существовавшей до того времени пестрой бессистемности больших и маленьких отрядов, командиры которых практически никому не подчинялись, изданный Траугутом в декабре 1863 года декрет вводил новую организацию повстанческих сил. Все они объединялись теперь в корпуса, корпуса делились на дивизии, дивизии — на полки, полки — на батальоны и т. д. Предусматривалось создание пяти корпусов: I — на территории Люблинского и Подляского воеводств, II — Сандомирского, Краковского и Калишского воеводств, III— Августовского и частично Гродненского воеводства, IV — Мазовецкого и Плоцкого воеводств, V — в Литве, Отряды, формировавшиеся в Галиции, составляли резервный корпус.