Маркс и Энгельс, анализируя ход восстания, выражали надежду, что в середине марта должна начаться аграрная революция в России, и если повстанцы продержатся до этого срока, успех демократических сил в России и Польше обеспечен, а это в корне изменит всю обстановку в Европе.
8 апреля 1863 года Энгельс писал Марксу: «Литовское движение — сейчас самое важное, так как оно 1) выходит за границы конгрессовой Польши, и 2) в нем принимают большое участие крестьяне, а ближе к Курляндии оно приобретает даже прямо аграрный характер». Эти строки, по сути дела, аттестация революционных усилий литовско-польских демократов, стоявших во главе повстанцев, оценка действий Зыгмунта Сераковского, Константина Калиновского, Антанаса Мацкявичюса. Это они подняли Литву и Беларусь, призвали крестьян к оружию, разворачивали здесь знамя аграрной революции.
22 марта (3 апреля) 1863 года Сераковский выехал из столицы. В Вильно на специальном заседании литовского повстанческого центра он принял пост командующего вооруженными силами Ковенской губернии. К этому времени во главе повстанцев Литвы и Западной Белоруссии встала группа Я. Гейштора, стремившаяся снять социальные лозунги восстания. Гейштор заверил Сераковского, что вся Литва ждет его прибытия, чтобы восстать как один человек, что повсюду в уездах созданы запасы оружия и боеприпасов, а добровольцы лишь ждут его сигнала, чтобы направиться к базам формирования. Давая эту информацию, Гейштор заведомо дезориентировал Сераковского. Вся подготовительная работа, которую он провел в губернии, заключалась в его хвастливых россказнях тамошним шляхтичам о поездках в Варшаву, о встречах с руководителями восстания, которые только и делали, что слушали советы Гейштора, учились у него уму-разуму.
Основываясь на полученной информации, Сераковский разработал план военных действий, предусматривавший концентрацию повстанцев Ковенской губернии в сильную многотысячную колонну для марша в Виленскую губернию, где восстание развивалось слабее. В остальных пунктах края должны были действовать небольшие отряды для отвлекающих маневров. Такое изложение плана Сераковского дает Гейштор. По-видимому, на официальном заседании руководства Зыгмунт говорил что-то близкое к этой версии. Но Сераковский не вполне доверял Гейштору. В первые же дни пребывания в Вильно он собрал б своем номере гостиницы Нишковского приехавших с ним офицеров — будущих начальников отрядов и военных руководителей, вызванных с мест, и обсудил с ними создавшуюся обстановку. На этом совещании Сераковский заявил, что основной целью повстанцев Литвы является распространение восстания на восток, широкое вовлечение в борьбу крестьян. Он был намерен, собрав сильную колонну, двинуть ее через Курляндию к Березине, с тем чтобы, используя недовольство латышей и эстов немецкими помещиками, поднять их на борьбу, а затем сделать то же самое в восточной Белоруссии. Поддержка крестьянства в условиях лесистой местности позволит повстанцам с успехом противодействовать сильным карательным отрядам. Оружие, необходимое для вооружения крестьян, и командные кадры, как надеялся Сераковский, вскоре прибудут морем из Лондона.
Соратники Сераковского, собранные им в Вильно, — Л. Звеждовский, братья Игнаций и Станислав Лясковские, Михал Гейденрейх, Юзеф Галензовский. Дмитрий Базанов, Станислав Олендзский и другие члены революционной организации — были направлены им по уездам в качестве командиров повстанческих отрядов и руководителей повстанческой администрации. Сам Сераковский вместе с И. Лясковским выехал в Ковно 3 (15) апреля. На одном из полустанков Сераковский и его спутники сошли с поезда и на заранее высланной повозке прибыли в столицу Жемайтии. Так произошло превращение офицера генерального штаба, направлявшегося в заграничный отпуск, в командующего повстанческими силами восставшей Литвы. Сераковский стал «Доленга» (в буквальном переводе с польского — «ловкий»).
В Ковно в каком-то заезжем доме Сераковского уже ждал Болеслав Длуский — видный деятель восстания, соратник Калиновского, незадолго до этого отстраненный группой Гейштора от руководства военными делами за свои чрезмерно демократические взгляды. До рассвета, склонившись над картой, проговорили два повстанца. У Сераковского, что называется, открылись глаза. Прежние подозрения подтвердились. Длуский доказал обман Гейштора. Приглашая Сераковского, Гейштор хотел его авторитетом прикрыть свои предательские действия по отношению к повстанцам-демократам. Отстранив путем интриги и вероломства от руководства Калиновского и Длуского, Гейштор столкнулся с противодействием рядовых повстанцев и начальников большинства отрядов, которые и слышать не хотели о подчинении такому заведомому защитнику помещиков, каким был Гейштор. Передавая Сераковскому командный пост, Гейштор хотел, как он сам выразился, спасти край от анархии. Но анархию, то есть полный развал повстанческого руководства, вызвали действия самого Гейштора и его сторонников. После многочасовой беседы с Длуским Зыгмунт вошел в комнату жены со словами: «Меня обманули, никто и ничто не ждет меня здесь, кроме смерти». Зыгмунт сгоряча решил было даже вернуться в Вильно, чтобы уличить обманщика, но скоро сообразил, что в одиночку будет просто бессилен что-либо предпринять. Он решил не отказываться от поста командующего, но бороться, не считаясь с Гейштором, по собственному плану.