Во время суда над Колышкой в Вильно прибыл вновь назначенный генерал-губернатор края М. Н. Муравьев с широкими, подлинно диктаторскими полномочиями. Муравьев стяжал славу ренегата еще в 1825 году, затем прославился как палач повстанцев 1830 года. В годы «крестьянской реформы» он выступал даже против «Положений 19 февраля», находя их разорительными для помещиков. К его фамилии прочно прилепился титул «Вешатель». Он сам цинично говаривал, что он не из тех Муравьевых, которых вешают, а из тех, которые вешают. Царь знал, кого послать в «мятежную» Литву. Еще по дороге в Вильно он начал утверждать смертные приговоры. Отважный Колышко был одной из первых его жертв. Муравьев приказал повесить храбреца в Вильно публично на одной из площадей. Колышку вешали дважды. Вначале веревка оборвалась, крик ужаса и негодования раздался над площадью. Но палачей это не остановило. Полузадушенный, окровавленный повстанец вновь закачался под перекладиной.
С не меньшим изуверством терзали и тяжело раненного Сераковского. Пуля раздробила ему три ребра, но это установили не сразу и потому трижды повторяли операцию. Раненый не мог приподняться на кровати, был в тяжелом забытьи, часто бредил. Революционная молодежь Вилыю разрабатывала один за другим смелые планы похищения Сераковского и вывоза его из города на лодке в ближайшие отряды повстанцев, однако Сераковский отклонил эти замыслы.
К раненому подсылали родственника Муравьева, князя Шаховского» знавшего Зыгмунта по университету и академии. Князь слыл либералом, болтал в свое время о конституции и у постели раненого прикинулся его другом. От имени Муравьева он заявил, что если Сераковский любит свою родину, то может предотвратить многие несчастья. Нужно написать памятную записку о положении в стране. По сушеству, это означало: выдай товаришей, и тебя помилуют. Сераковский, естественно, отказался от этого предложения, адресовав Шаховского к рукописи «Вопрос польский». Убедившись в провале подлого замысла, Муравьев изменил тактику и приказал «немедленно открыть над Сераковским военно-полевой суд». Расчет был прост — раненому только что произвели третью операцию, он обессилен, смертный приговор может сломить его и заставить дать «чистосердечные показания».
11 (23) июня у постели Зыгмунта состоялась сцена, именовавшаяся военно-полевым судом. Несколько часов подручные Вешателя терзали измученного, изнуренного физическими и нравственными страданиями Сераковского, переходя от угроз к льстивым обещаниям и посулам. Он не потерял власти над собой и никого из соратников не выдал. Ему вынесли смертный приговор и в ответ услышали не просьбу о помиловании, а заявление: «Суд надо мной должен быть гласным!» Но этого-то как раз и избегал Муравьев.
Расправа над Сераковским — офицером, публицистом, широко известным не только в России, имевшим знакомых среди членов дипломатического корпуса,— встревожила сановный Петербург, По свидетельствам современников, частично подтверждаемых и документами, какое-то участие в судьбе Сераковского приняли генералы Суворов, Милютин, английский посол лорд Нэпир, действовавший будто бы по просьбе королевы Виктории. О ходе следствия извещался и царь, осведомлявшийся даже о состоянии раненого. Все эти действия, расспросы, выражения сожаления и ложного участия преследовали, однако, по сути дела, лишь одну цель — снять с себя всякую ответственность за происходящее, переложить ее на Вешателя. А виленский сатрап, облеченный «особым монаршим доверием», похвалялся: «Я его не расстреляю, я его повешу!»
13 июня Муравьев утвердил приговор: «Соглашаясь с мнением военно-судной комиссии, я определяю: Сераковского казнить смертью, но вместо расстрела — повесить, исполнив приговор над ним в Вильно, на одной из площадей города публично». В ночь перед казнью Муравьев вновь предложил Сераковскому, со ссылкой на императора, купить жизнь и полное помилование ценой предательства. К этому предложению Сераковского специально готовили. Незадолго перед этим к нему неожиданно ввели жену. Палачи знали, что делали. Аполлония ждала ребенка, было известно, как горячо Зыгмунт любит ее, как нежно о ней заботится. Расчет был прост: увидит ее страдания — не выдержит, предложение, переданное от имени монарха, довершит остальное. Вечером 14 (26) июня доверенный Муравьева, виленский полицмейстер повез Аполлонию в госпиталь. Она еще ничего не знала о готовящейся расправе, «Всю дорогу, — вспоминает Сераковская, — я думала о том, чтобы владеть собой, чтобы удержаться от слез, чтобы своими страданиями не увеличивать его тяжкой доли, не бередить его раны. У кровати раненого стоял стол, за которым сидел комендант Вяткин и какие-то члены комиссии, а в дверях шесть солдат, столько же за дверью в коридоре. Дали четверть часа. От этих коротких пятнадцати минут на всю долгую, тяжкую жизнь в моей памяти осталась безграничная мука на лице любимого, лоб, ладони и щеки, горящие огнем, глаза его, сияющие от счастья, губы, радостно улыбавшиеся. При встрече он не обращал внимания на присутствие врагов, казалось, не видел и не знал их.