Два года, проведенные Домбровским в Петербурге, не были потрачены попусту. Он не только получил самое совершенное в существующих условиях военное образование, но и окончательно решил, что применит свои знания и способности тогда, когда придет время борьбы против крепостничества и самодержавия, встав на сторону борцов за свободу и независимость для польского народа, за землю и волю для всех народов России.
Петербургский отряд революционных борцов, в создании которого Домбровский принял деятельное участие, это почти два десятка кружков; в каждом из них было по десять-двадцать, иногда тридцать человек, лишь в кружке генштабистов число участников приближалось к сотне. Кружки были связаны друг с другом, хотя, конечно, и в идейном и в организационном отношении степень единства их была еще не так велика. В большинстве своем участниками кружков являлись офицеры, отчасти готовящиеся к производству в офицерский чин старшие воспитанники военно-учебных заведений; было немного студентов и вообще гражданских лиц: во всех кружках их насчитывалось около десяти человек. По возрасту это были сравнительно молодые люди, но вовсе не зеленая молодежь. Поручики, штабс-капитаны и капитаны составляли в кружках примерно половину; немало было в них, разумеется, и недавно получивших чин прапорщиков и подпоручиков, но членами кружков являлись более пятнадцати подполковников и полковников. Судя по имеющимся сведениям, ни один кружок не замыкался в национальных рамках. В одних преобладали поляки, в других — русские, украинцы, белорусы и представители других народов Российской империи. Домбровский был доволен этим и не раз резко высказывался против националистических предрассудков некоторых поляков и русских.
Почти три четверти участников петербургских кружков были учащимися военно-учебных заведений. Как это ни парадоксально, столичные академии, военные училища, кадетские корпуса, части образцовых войск, Царскосельская офицерская школа давали в те годы не только пополнение для офицерского корпуса царской армии, но и готовили кадры армейских революционеров. Учившиеся в Петербурге участники нелегальных кружков по прибытии к месту службы создавали новые кружки, через которые в ряды борцов с царизмом вливались свежие силы.
В конце 1861 года Домбровский сдал выпускные экзамены в академии. Несколько лет назад он стал бы без колебаний добиваться должности в Петербурге. Теперь и обстоятельства изменились, и он сам стал другим. Соображения, связанные € военной карьерой, которые играли определенную роль при его поступлении в академию, сейчас вовсе для него не существовали. Решая вопрос о том, куда проситься после академий, Домбровский исходил только из интересов революционной борьбы.
Сознание революционного долга требовало от Домбровского, чтобы он находился в гуще событий. Грозная волна крестьянского протеста, поднявшаяся после обнародования подготовленной помещиками крестьянской реформы, к осени 1861 года начала спадать, и стало ясно, что в русских губерниях новый революционный подъем можно ожидать только в 1863 году, когда истечет срок составления уставных грамот. Именно на это ориентировались русские революционеры, среди которых у Домбровского было немало друзей. В Польше и Литве, напротив, ситуация продолжала обостряться. Военное положение, введенное в связи с манифестациями, не приостановило брожения. Царство Польское стало в это время той частью Российской империи, в которой революционный взрыв был наиболее вероятен. Руководство военно-революционной организации сочло целесообразным, чтобы Домбровский перебрался в Варшаву, Последние недели в Петербурге пролетели очень быстро. Незаметно прошла и непродолжительная поездка в Москву во время которой Домбровский повидался с родными и установил связи с участниками офицерских и студенческих революционных кружков второй российской столицы. Вскоре после возвращения в Петербург он встретился с Сераковским. Тот сообщил, что в Варшаву отправляются Михал Гейденрейх, Фердинад Варавский и другие их товарищи. В Вильно будет действовать Людвик Звеждовский. Единомышленники будут также в Москве, Киеве, Житомире и кое-где еще. В Польше, по мнению Сераковского, главным будет укрепление военной организации и вовлечение в конспирацию простых людей.