Участник эвакуации полковник П. Савчук вспоминает: «Я был назначен начальником 1-го эшелона, в котором разместилось 700 семей. В нем было 1200 детей. Старшими в вагонах были женщины, мужчин в эшелоне не было вообще. Эшелон шел от Моздока до Борского полтора месяца. За это время в пути умерло пятеро детей, родилось — восемь. Железнодорожный эшелон был так велик, что даже не вмещался на железнодорожных станциях. Несколько раз железнодорожники пытались его «разорвать», то есть сделать два состава, но по просьбе и настоянию моему этого не произошло…» Последние эшелоны прибыли в Борское 15 ноября — наземная эвакуация на этом завершилась.
Перебазирование самолетов прошло несколько проще. Около 300 машин разных типов летели по ломаной линии Моздок — Элиста — Астрахань — Гурьев — Уральск — Борское.
Как только перелет завершился, курсанты сразу приступили к учебе, к полетам. Надвигалась суровая зима, к которой южане не привыкли, а потому все силы были брошены на то, чтобы встретить ее во всеоружии.
Личный состав строил землянки под печи и маслогрейки, делал лыжи для самолетов, завозил всевозможное топливо, заготавливал овощи для зимнего хранения, расчищал площадки под аэродромы. Занимались всем этим в основном авиатехники по выходным дням и после работы на старте. Чем могли — помогли местные органы власти.
Весной 1943 года система летной подготовки упорядочилась: на одних аэродромах учили на первоначальных и переходных типах самолетов (У-2, УТ-2, И-16), на других — на боевых (Як-7, Ла-5). А в конце июня в училище создали экспериментальную группу по обучению летчиков сразу на боевых машинах. В эксперименте приняли участие около 30 курсантов. Олег Вороненко, обучавшийся в этой группе, так вспоминает об этом: «Программа обучения на самолете Як-7у была выполнена в довольно сжатые сроки… всего за 50 календарных (20 летных) дней. Весь летный и технический состав, все курсанты работали напряженно. Каждый курсант налетал за это время по 15–20 часов, сделав по 100–120 полетов. Исключительно много пришлось повозиться с нами инструкторам-летчикам. Этот период был до предела насыщен полетами на отработку техники пилотирования в зоне, осуществлялись полеты строями, высотные, полеты на боевое применение — воздушные бои, стрельбы по щиту и по конусу, воздушная разведка и прочее».
Приближался славный юбилей училища — 25-летие со дня основания. Среди курсантов развернулось соревнование за отличное выполнение плана летной подготовки. Технический состав обеспечивал стопроцентный выход материальной части на полеты и систематическое перевыполнение плана налета. Например, самолет старшины Миргородского в полтора раза перекрывал задания по дневному налету. Техники Булатцев, Сохацкий и моторист Никифоров в рекордный срок сняли старый мотор и установили новый. Шоферы-бензозаправщики боролись за сбережение каждого грамма драгоценного бензина. Старшина Чепеленко, умело организовав заправку самолета, сократил время на эту операцию до 5 минут, вследствие чего машина ежедневно выполняла план налета на 120 и более процентов. «Ни минуты срыва полетов!» — под таким девизом трудился личный состав подразделений.
24 июля состоялось торжественное собрание, посвященное Дню Военно-Морского Флота и 25-летию училища. К этому времени 45 воспитанникам присвоено звание Героя Советского Союза, около 4000 человек награждены орденами и медалями. Собрание приняло тексты приветственных телеграмм Верховному Главнокомандующему и народному комиссару ВМФ. Указом Президиума Верховного Совета СССР от 24 июля 1943 года Ейское военно-морское авиационное училище имени И. В. Сталина в ознаменование 25-летней годовщины и за выдающиеся успехи в деле подготовки летных кадров для ВВС ВМФ было награждено орденом Ленина.
Юбилей училища и послепраздничные дни совпали с радостной для всей страны вестью — Советская Армия завершила разгром мощной группировки войск противника на Курско-Орловской дуге. Весь коллектив училища с нетерпением ожидал приказа о возвращении домой, в Ейск. И вот 11 октября приказ был получен.
Решено было перебазироваться поэскадрильно. Летная подготовка ни на час не могла прерываться. Каждая отбывающая из Борского эскадрилья должна была своими силами закрепиться в Ейске: подготовить жилье для личного состава, произвести необходимый ремонт участка аэродромного узла. Как только она справлялась с этой задачей и возобновляла учебные полеты, в Борском к перелету готовилась следующая эскадрилья. В общей сложности перебазирование продолжалось до 17 мая 1944 года. За это время в Ейск проследовали 19 железнодорожных эшелонов с имуществом и личным составом, которые проделали около 2000 километров.