В 1664 году Нерчинский острог подвергся нападению монголов — но храбро сражавшиеся казаки отстояли его. Толбузин постоянно жаловался в Москву на тяжелые условия жизни, вследствие чего в конце 1664 года енисейскому воеводе было дано поручение взять на себя снабжение и защиту Даурских острогов. Было послано жалованье 114 нерчинским казакам за 6 лет службы (1659–1664 гг.) в размере 1380 рублей и, кроме того, «26 половинок гамбургского сукна разных цветов на кафтаны, по 4 аршина на человека; холст в 1000 аршин; 1000 сажень сетей для рыбной ловли и 1200 рублей для покупки хлеба». На подкрепление отправили 60 томских и 20 енисейских казаков.
О побеге 68 казаков на Амур в Енисейске еще не знали. Таким образом, в Даурских острогах установился на долгие годы штат в 200 казаков, но фактически до 1680 года их всегда было меньше.
В Западном Забайкалье образовалось Баргузинское головство с Верхнеангарским, Баргузинским, Баунтовским острогами. Русская волна переселенцев в Западном Забайкалье двинулась на юг.
27 сентября 1665 года в устье Чикоя был поставлен новый острог, названный Селенгинским. Он стал щитом русских поселений за Байкалом от нападения монголов. Начали складываться официальные отношения с Монголией.
В этом же, 1665-м, году был восстановлен на Амуре Албазинский острог, а в 1674 году он был приписан к Нерчинскому воеводству.
За 10 лет — с прибытия Пашкова в Забайкалье и до конца службы Иллариона Толбузина (1667 г.) — русские, временно отказавшиеся от Амура, прочно обосновались за Байкалом.
К 1666 году в трех основных острогах Забайкалья насчитывалось уже 354 казака: в Нерчинском — 194; в Баргузинском — 70; в Селенгинском — 90.
В 1676 году «в пяти днях пути от Нерчинска» на реках Алтаче, Мунгаче и Тузяче, впадающих в Аргунь, было найдено серебро.
В это же время русско-китайские отношения все больше обострялись как на Амуре, так и в Забайкалье, особенно после восстановления Албазинского острога. Не желая дальнейшего продвижения русских по Амуру, Китай стал открыто готовиться к войне с Россией, подстрекая к нападению на Селенгинск и Нерчинск монгольских князей.
В 1680 году на смену приказчикам в Нерчинск был назначен воеводой стольник Федор Воейков (1680–1683 гг.) — тем самым Русское правительство подчеркивало большую значимость предстоящих событий на Амуре и в Забайкалье. В связи с угрозой нападения со стороны Китая надо было готовиться к войне с ним. В этих условиях особо важно стало иметь необходимые запасы продовольствия, свинца, пороха. Свою работу Воейков начал с обеспечения Нерчинского воеводства своим продовольствием. В 1681 году были сделаны первые посевы хлеба, удалось собрать с пуда семенного зерна: 13 пудов пшеницы; 7 пудов овса; 12 пудов ячменя; 17 пудов гречихи. Началось расселение на пашни крестьян из Европейской России. В этом же году Нерчинский острог был усилен земляными оборонительными сооружениями.
Попытки Петра Бекетова и Федора Воейкова обеспечить себя продовольствием за счет забайкальской пашни имели огромное хозяйственное значение, так как доказывали, что хлеб можно выращивать и в условиях короткого забайкальского лета. Это было тем более важно, что доставка продовольствия из России, и прежде всего хлеба, была долгим и трудным делом; стоил он очень дорого.
В 1681 году на реке Аргуни был сооружен Аргунский острог. Благодаря Воейкову улучшилось снабжение казаков, развивалось земледелие, энергично собирались сведения о подготовке Китая к войне, продолжались попытки проникнуть на Амур.
К 1682 году русские владели Амуром до устья Зеи и по Зее. Ниже устья Зеи Амур находился под влиянием Китая, но сами китайцы на Амуре не селились.
В 1682 году китайцы появились на реке Амур, на левом берегу которого, ниже устья Зеи, они построили город Айгун. Положение усугубилось и расколом в Нерчинском воеводстве из-за нежелания албазинских казаков подчиняться Нерчинскому воеводе. Построением города Айгун, имевшего громадное стратегическое значение, китайцы пытались остановить продвижение русских по Амуру в его нижнем течении. Город в инженерном отношении укреплен был хорошо: воздвигнута стена из дерна в сажень, снаружи и внутри имелся палисад, толщина стен между палисадом была в две сажени; протяженность стен по кругу равнялась 600 метрам; снаружи выкопали ров глубиной в один сажень, имелись другие заграждения. В двух воротах стояли по две пушки на станках и колесах. Гарнизон состоял из 2000 человек с 30 пушками. На берегу реки на катках стояли суда.