До 1797 года казаки подчинялись офицерам регулярных войск, а с упразднением должности обер-коменданта управление границей перешло в гражданское ведомство.
В 1798 году военная коллегия известила указом Иркутского военного губернатора об учреждении в Иркутске пятисотенного казачьего полка. Он был сформирован для разъездов в городе, содержания пикетов в уезде, поимке беглых арестантов и так далее.
Жизнь переселенных на границу казаков была очень трудной, так как не решен был вопрос с землей, хотя по указу Иркутского губернатора Леццано на каждую душу мужского пола отводилось 6 десятин под усадьбу, покосы и пашню. Казачьи лошади не выдерживали непосильной работы по ежедневному объезду участков границы. Летние объезды границы совпадали с посевными работами; некоторые караулы были в не удобных для ведения сельского хозяйства местах. Оружие передавалось от отца к сыну, было устаревшее и не отвечало современным требованиям.
Службу пограничных казаков на границе в Забайкалье хорошо исследовал и описал в историческом очерке «Забайкальские казаки» войсковой старшина Забайкальского казачьего войска Апфиноген Петрович Васильев. Будучи неординарной личностью, патриотом своего края, oбладая огромными архивными материалами, он сумел с большой достоверностью показать, что еще задолго до официального создания Забайкальского казачьего войска граница России в Забайкалье надежно охранялась русскими, бурятскими и тунгусскими казаками. Кроме того, исследуя этот вопрос, А.П. Васильев подчеркивал, что из-за малочисленности русских казаков «главными защитниками русских интересов… выступала пограничная инородческая стража (нерчинские тунгусы, селенгинские буряты), нерченские и селенгинские казаки».
Он же подметил одну из самобытных и оригинальных черт забайкальских, русских, бурятских и тунгусских казаков — дружеское отношение между собой, невзирая на национальность, совместное проживание и общность интересов по охране границы. Например, сотни Цурухайтуевского отделения, наблюдавшие участок границы от Яблонового хребта до Горбицы на реке Шилке, состояли из 450 русских казаков и 500 тунгусских.
Доверие к бурятским и тунгусским казакам со стороны Русского правительства и администрации Забайкальской области было абсолютное, так как «к тому времени, — пишет А. П. Васильев, — Забайкальские инородцы считались уже надежными подданными русского царя. Пограничная служба инородцев была отмечена вниманием императрицы Екатерины II». Мало того, Российское правительство доверяло местному населению и оборону границы, полностью рассчитывая на его верность и добросовестность. Так, например, в 1775 году буряты-хоринцы обязались выставить по первому извещению пограничных командиров ополчение в 2500 вооруженных человек при серьезном нарушении границы со стороны сопредельного государства. «В случае крайней надобности, — подчеркивает А.П. Васильев, — все хоринцы заявили готовность жертвовать своей жизнью для защиты России, которую они считали уже Отечеством». В 1800 году 14 августа семи родам селенгинских бурят, входивших в ополчение, было пожаловано по одному знамени.
Это стало возможным только при взвешенной национальной политике, проводимой русским правительством в Забайкалье. Не случайно Екатерина II издала указ 6 марта 1783 года о том, чтобы принять меры к более тесному сближению с инородцами и представить к производству в чины (в благородное состояние) тех из них, кто окажется достойным.
Знаменитый в прошлом в Забайкалье князь Гантимур (Ган-Тимур) был возведен в русское княжеское достоинство за укрепление российско-китайской границы и помощь в удержании Забайкалья за Россией в XVII веке.
Многие тунгусские рода были переписаны тогда Гантимуром в забайкальские пограничные казаки.
Освободившись от татаро-монгольского гнета, не растеряв свои лучшие качества, движимые чувством высокого самосознания, испытывая нечеловеческое напряжение и лишения, русские люди пересекли в 1581 году Урал, прошли всю Сибирь и утвердились в Забайкалье. В авангарде их шли казаки Ермака и других прославленных атаманов. Не только силой оружия привели они под скипетр власти русского царя народы населявшие гигантские пространства, — а больше мирным путем разрешая конфликтные ситуации. Разве можно сравнивать подвиг русски) людей, принесших прогресс народам Сибири, Забайкалья и Дальнего Востока, с колонизацией европейскими странами Америки? Целые народы были истреблены полностью, другие частично, остальные превращены в рабов — вот путь, который прошли европейские колонизаторы В Сибири, Забайкалье и на Дальнем Востоке рабства и даже крепостной зависимости не было. Местные кочевые племена, находившиеся еще в родовой стадии развития, влились в семью российских народов и стали верными защитниками нового Отечества.