30 декабря 1849 года Муравьев отправил составленный им проект образования Забайкальского казачьего войска из Иркутска в Петербург военному министру с последующим докладом государю. Кроме ряда организационных положений он предлагает в этом проекте в состав Забайкальского казачьего войска включить всех пограничных казаков (кроме Тункинского отделения, казаков которого предлагалось включить в состав Иркутского казачьего конного полка); забайкальский казачий городовой полк; всех станичных казаков Забайкальского края, а также все бурятские и тунгусские полки. Кроме того, он предложил в этом проекте в казачье сословие перевести крестьян Нерчинского заводского округа Непременным условием освоения Амура он считал поднятие экономики и прежде всего сельского хозяйства Восточной Сибири и Забайкалья как базы для снабжения русских отрядов и переселенцев, отправляющихся по великому водному пути Дальнего Востока.
Вступив в должность генерал-губернатора, H.H. Муравьев лично вникнул в состояние экономики края, объехав в течение двух месяцев города и большие поселения. Разобрал на месте все жалобы, которые в свое время доводились до енисейского губернатора, но по ним не было принято решение. За плохое обеспечение населения хлебом и чаем енисейский губернатор был немедленно уволен со службы. Отдельного заседателя, под управлением которого находился Туруханский край, вместе с восемью торговцами, державшими в своих руках всю хлебную торговлю края и диктовавшими свои высокие цены населению его, приказал взять в солдаты и отправил служить их в город Вилюйск Якутской области в инвалидную команду (инвалидами в тогдашней Русской армии назывались «старослужащие» гарнизонные солдаты. — Примеч. ред.). Найденные у них в большом количестве муку, крупы и прочие продукты отобрали и раздали беднейшим жителям по самым низким ценам.
В другой раз узнав, что богатые еврейские фирмы — Швейковские, Домбровские, Копны — скупают за городом целыми обозами хлеб у крестьян, который те везут в Иркутск на продажу, и, договорившись между собой, втридорога перепродают его в городе, наживаясь на народном бедствии (в то время по Иркутской губернии и по Забайкалью был неурожай), приказал полицмейстеру — полковнику Сухотину — выследить всех торговых агентов, скупающих хлеб, а крестьян, его продающих, захватить и представить ему. На следующий день приказ был беспрекословно и в точности исполнен.
В 4 часа утра у дома Муравьева стоял крестьянский обоз из 67 возов с хлебом и толпа перекупщиков под охраной городовых и казаков. Решение было, как всегда, в муравьевском стиле: хлеб отобрать, крестьянам за то, что продали хлеб не на базаре, дать по 25 розг и, взыскав с купивших хлеб деньги, заплатить крестьянам по той цене, за которую хлеб был продан. Перекупщикам — агентам фирм дать по 100 «горячих» розг, а самих хозяев названных фирм заключить на год в тюрьму.
Справедливость и жестокость всегда следовали за Муравьевым. Жизнь тогда требовала и того и другого. Только такие люди, как H.H. Муравьев, способны были в тяжелое время навести порядок и быть полезными обществу.
Реальный и смелый проект понравился Николаю I. После внесенных им и военным министром поправок 17 марта 1851 года проект был утвержден императором.
В июне 1851 года во вновь образованном казачьем войске состояло 48 169 человек мужского пола. Оно подчинялось генерал-губернатору, а не командующему войсками, в отсутствие генерал-губернатора — старшему воинскому начальнику. При главном управлении Восточной Сибири было учреждено особое казачье отделение, которое должно было заниматься всеми делами Забайкальского казачьего войска.
На службе по штатам строевых частей из лиц мужского пола казачьего сословия должно было состоять: в 4 русских (вместе с тунгусами) полках — 3504 человека; в 2 бурятских — 1726 человек; итого конных — 5230 человек. В 12 пеших русских батальонах — 12 486 человек. Всего в войске — 17 716 человек. Забайкальский городовой казачий полк и Верхнеудинские станичные казаки образовали 1-й полк: пограничные русские казаки вошли во 2-й и 3-й полки; тунгусский полк стал именоваться 4-м полком, а 5-й и 6-й полки были сформированы из 4 бурятских полков.
11 июля 1851 года была учреждена Забайкальская область. Первым губернатором ее стал генерал-майор Запольский, бывший бригадный командир 24-й пехотной дивизии. 23 октября 1851 года он вступил в исполнение должности наказного атамана Забайкальского казачьего войска.
Были назначены другие должностные лица. Для обучения казачьих частей строю были подготовлены инструкторы из числа лучших казаков.