В 1635 году тот же сотник Бекетов в устье реки Олекмы заложил Олекминский острог и наметил обходные пути через реки Витим и Олекму в Забайкалье. В отряде Бекетова состоял казак Сенька Дежнев — будущий землепроходец и мореход Семен Иванович Дежнев.
В 1638 году енисейский отряд подьячего Максима Перфильева в составе 36 казаков выступает из Енисейска для разведки Даурских земель, о богатстве которых среди казаков ходили слухи и легенды. В результате проведенного поиска появились первые сведения о даурах и реке Амур. Но самые главные сведения были те, что подтверждали наличие серебряных и медных рудников на реке Шилке.
В 1640 году на Лену были назначены воеводы, поселившиеся в Якутске. Образовалось самостоятельное Якутское воеводство. Сложились все условия для проникновения русских за Байкал. Сведения, полученные Перфильевым, первым из русских побывавшем на забайкальской земле, заинтересовали воевод Якутска. Они решили предпринять поход на верхоленских и байкальских бурят, «чтобы, укрепясь в их стране, быть ближе к забайкальскому серебру». Опорными пунктами для их замысла служили Братский острог со стороны Енисейска и Верхоленский острог со стороны Якутска, положившие конец независимому существованию бурят. Независимость эта и прежде была относительной, так как буряты постоянно подвергались нападению монгольских ханов, облагавших их данью. С середины XVII века западно-монгольские феодалы стали усиливать набеги на бурятские земли, что и ускорило окончательное вхождение бурят в состав России, так как буряты и значительная часть тунгусов стремились получить защиту от этих набегав и расширить торговые связи с русскими.
В 1640 году из Якутска на реку Витим был отправлен отряд в составе 70 человек под начальством письменного головы Еналея Бахтиярова с задачей как можно дальше пройти до истоков Витима. Но не дойдя до верховьев Витима, Бахтияров вернулся. Это была вторая русская экспедиция в Забайкалье.
Летом 1641 года пятидесятник Мартын Васильев закладывает при устье Куленги Верхоленский острог.
Третья экспедиция русских в Забайкалье была предпринята в июле 1643 года из Енисейска. Отряд из 74 человек под руководством Курбата Иванова дошел до озера Байкал и переправился на стругах на остров Ольхон. Его помощник Семен Скороход с шестью казаками и тридцатью промышленниками (охотниками за пушниной) плывет к северным берегам Байкала до впадения реки Верхней Ангары и ставит там зимовье. Затем Скороход проникает в Западное Забайкалье, доходит до реки Баргузин и тоже строит там зимовье.
Этим же летом 1643 года в Забайкалье отправляется из Якутска четвертая русская экспедиция под начальством письменного головы Василия Даниловича Пояркова. Его отряд, насчитывающий 132 человека, на стругах поплыл вниз по Алдану, Учуру и Гоному до устья реки Нуемки. Преодолев Становой хребет, спустился на Зею, где им встретилась первая даурская деревня, население которой занималось хлебопашеством. По реке Зее Поярков вышел на Амур.
В 1644–1647 годах атаман Василий Колесников с отрядом в 100 казаков совершает поиск за Байкал с целью разведки месторождений серебряных руд. В устье реки Ангары им был построен Верхнеангарский острог. Казаки Колесникова пробрались к озеру Еравны, вышли к реке Баргузин и спустились к реке Селенге, не доходя которой встретили стан монгольского князя Турукай-Табуна. Он заверил их, что золота и серебра в его землях нет, а все то, что он имеет, куплено у китайцев. И эта пятая экспедиция не открыла дорогу к вожделенному серебру.
Одновременное Василием Колесниковым действовал в Забайкалье отряд казаков под начальством Ивана Похабова, который по льду перебрался через Байкал и, встретившись с князем Турукай-Табуном, получил те же сведения о серебре и золоте, что и Колесников.
Кроме того, из Верхоленского острога совершали разведывательные поиски казаки Алексея Бедарева.
Таким образом, самоотверженными, целенаправленными действиями казачьи отряды обходили Байкал с севера и юга, прорывались через Байкал в центре.
Все это не оставалось незамеченным бурятами, которые вынуждены были вновь отстаивать свою независимость. Основной причиной обострения отношений было самоуправство атамана Колесникова и его людей, а также желание некоторых бурятских князей сохранить свое исключительное право на сбор дани с улусного населения. В 1648 году их отряды нападают на Верхоленский острог, понимая его исключительное значение, — но присланным на помощь осажденным отрядом Федора Нефедова были разбиты. С этого времени враждебные действия бурят сильно ослабли. Этому способствовало не только их военное поражение от русских отрядов, но и то, что они в русских увидели реальную силу, способную защитить от порабощения монгольскими феодалами. Из двух зол буряты выбрали меньшее. В свою очередь монгольские ханы, находившиеся под гнетом китайцев, были заинтересованы в установлении дипломатических и торговых связей с Россией. Они стали избегать серьезных столкновений с русскими и не препятствовали присоединению к России забайкальских бурят и тунгусов.