На одной из протоиндийских печатей дерево показано как растущее корнями вверх, а ветвями вниз — инвентированный вариант, часто встречающийся в самых разных традициях, включая протоиндийскую, и имеющий, как правило, отношение к миру предков.
Дерево в представлениях протоиндийцев связывалось с центром пространства, т. е. с наиболее ценностно-значимой его частью. Поэтому к нему, «владыке леса», или к его ритуальной замене — жертвенному столбу привязывалась жертва (человек или животное): как в начале времён мир был «развёрнут» из тела жертвы, так и пространство человека разворачивалось из принесённой им жертвы. Кроме того, жертва отправлялась к богам с посольской функцией. Например, ей надлежало просить о своевременном приходе муссона. И дерево, связующее миры, было тем путём, по которому и с помощью которого эта жертва-посол достигала богов.
Пытаясь определить семантическое ядро представлений, связанных с деревом (в понятиях ассоциативных связей архаической культуры), мы можем выделить основной изоморфный ряд, связывающий и уподобляющий дерево, женщину (с акцентом на их плодоносящем начале), определённую часть пространства и «мир», т. е. освоенную часть пространства, всё существующее в котором воспринимается как порождённое и опекаемое им, а также соответствующие временные циклы. Сопоставление — отождествление дерева — женского мифического персонажа — пространства — времени выражается или, точнее, «проигрывается» в разных ритуальных процедурах, символических действиях, предметах, определённых формульных стереотипах, и переклички между ними столь обильны, многозначны и глубоко идущи, что восстановить их в полном объёме и жизненной игре всех нюансов нам сейчас едва ли по силам. К тому же не следует забывать, что они были бесчисленными нитями связаны с реальной жизнью людей протоиндийского общества и простое, «фотографическое» описание деревьев как объектов культового почитания и обращённых к ним ритуалов, вынутое из живого контекста, способно создать лишь ощущение пугающей или пленяющей экзотики, но мало что даёт для восприятия их смысла. Нужно помнить и о том, что со временем эти живые связи рвались, и многие ритуальные символы, сохраняясь формально, утрачивали первоначальный смысл, семантическую мотивировку и могли неоднократно переосмысливаться. Читатель легко поймёт, о чём идёт речь, если вспомнит свои собственные привычки и попытается проанализировать их истоки. Почему, например, в новогоднюю ночь нужно непременно пить шампанское, а в прежние времена ещё нужно было и готовить специальные блюда? Едва ли у большинства найдётся более исчерпывающий ответ, чем «так принято».
Не менее существенную роль, чем деревья, играли в культовой жизни хараппских городов и животные. Их изображений очень много в протоиндийских сценах. Преобладают травоядные животные, но встречаются также тигр, носорог, слон, гавиал. Чаще всего можно увидеть крупнорогатых животных: тура, буйвола, зебу, реже (на печатях и оттисках) попадаются мелкие рогатые животные: козы, антилопы, олени, но на керамике, наоборот, их изображения наиболее часты. Реже (не потому, что меньше почитались, а, скорее, потому, что хуже сохранились) встречаются изображения змей, рыб, зайца, черепахи, скорпиона. Если выйти за пределы изобразительных сцен и привлечь свидетельства надписей, то к этому же слою мифологии можно отнести воды, т. е. реки, горы, отдельные предметы материальной культуры, получившие употребление в ритуальной практике и тем самым особую, сакральную отмеченность. Этот слой можно выделить на том основании, что он демонстрирует особый метод религиозного моделирования, когда явления природы или предметы культуры непосредственно обожествляются. Хронологически он относится к наиболее ранним.