Като държи в ръцете си Съвета за сигурност и администрацията на президента, Бордюжа получава огромна власт. Но това, кой знае защо, не довежда до обновяване на силовите структури или на самата администрация на президента в полза на групировката на Примаков.
През декември 1998 година напускат трима от заместник-началниците на администрацията на президента: Яров (първи заместник), Комисар и Савостянов. Комисар е работил за „семейството“, Яров също (само той е от Питер), а Савостянов е от клана на Лужков. През февруари 1999 година е уволнен и „семейният“ Огарьов („приятел на съпруга“). Вместо тази четворка се появява само един нов заместник-ръководител на президентската администрация — Макаров.
Макаров, Владимир Викторович. Кадрови чекист. Служи заедно с Бордюжа в Управлението на кадрите на КГБ (последната му длъжност е заместник-началник). През 1991 година заедно с Бордюжа се премества във Федералната агенция за правителствени връзки и информация. Достига до заместник генерален директор на ФАПСИ — от там нататък службата му не върви добре: през 1994 е уволнен и се заема с бизнес. От декември 1998 до януари 2000 г. Макаров е заместник-ръководител на администрацията на президента по кадрите. От януари 2000 година е заместник-председател на ГТК (митниците).
Що се отнася до ФАПСИ, тази спецслужба е организирана в края на 1991 година на базата на бившето Осмо управление на КГБ и се занимава с радиоелектронно разузнаване из цял свят. ФАПСИ е оборудвана с първокласна апаратура за подслушване, там работят специалисти, способни да разшифроват всякакъв код. Анализаторите отдавна се досещат защо в администрацията на президента за кадрите отговарят точно бивши генерали от ФАПСИ: тази спецслужба с лекота разбива кодовете на западните банки и може да проследи движението на валутата от личните сметки на всичките ни чиновници. Разбира се, това се прави не за да се пресече корупцията, а за да се събират компромати и всички да се държат изкъсо. Бордюжа е изхвърлен от администрацията на президента през март 1999 година, а Макаров се задържа там още цяла година (при това каква бурна година!). Наистина има сведения, че Макаров е свързан със „семейството“ — има съвместен бизнес с Александър Мамут.
През февруари 1999 година борбата между групировките на Примаков и Березовски рязко се изостря. Започва се с това, че генералният прокурор Скуратов се измъква от контрола на „семейството“ и започва да разследва неговите престъпления (делото „Мабетекс“ и др.). За да бъде отстранен Скуратов, по телевизионния канал OPT показват известния порнографски филм. По същото време започват и неприятностите на Березовски — на 2 февруари се провежда обиск в „Сибнефт“, после „хората на Березовски“ са изгонени от управата на „Аерофлот“. Скуратов не се предава — Съветът на федерациите отказва да издаде заповед за отстраняването му.
Кулминацията на тази битка настъпва през април: на 6 април е издадена заповед за ареста на Березовски и най-близкия му сподвижник Смоленски. Но по това време Березовски е в чужбина, а две седмици по-късно заповедта за арест е отменена. Окончателният прелом в полза на „семейството“ се очертава на 27 април 1999 година: Степашин става първи вицепремиер (на мястото на Густов), като при това запазва и поста си на ръководител на Министерството на вътрешните работи — въобще това е уникален случай.
На 17 януари 1999 година президентът Елцин отново се скрива в болница, по-далеч от изкушенията, и не излиза оттам до пролетта (до 18 март). Изглежда, че Примаков само трябва да арестува „семейните“ олигарси — и край, това би бил финалът на „антинародния режим“ на Елцин! И това може да се направи твърде лесно, като се има предвид, че генералният прокурор Скуратов работи за московския клан. А когато президентът Елцин остане съвсем сам, без разните абрамовичи и березовски, можеш да правиш с него каквото пожелаеш.
На 2 февруари 1999 година започва ловът на „семейните“ олигарси: правят се обиски в офиса на „Сибнефт“ и в други структури на империята на Березовски, разгромен е подслушвателният му център (прочутата фирма „Атол“). Но тогава московският клан така и не успява да прати Борис Березовски в затвора. Въпреки че Генералната прокуратура издава дори заповед за ареста му (на 6 април 1999 година), не се случва нищо.