Начало научной деятельности И. Я. Фроянова приходится на 1960–1970-е годы. Это было своеобразное время. С одной стороны, доминировала уверенность в незыблемости основных концептуальных положений, оформившихся в марксистской исторической науке и превратившихся в совокупность догматов в середине 1950-х — первой половине 1960-х годов. С другой — все больше и больше исследователей начинали тяготиться излишней детерминированностью и жесткостью пятичленной формационной концепции. Следствием этого явились активизировавшиеся с 1960-х годов попытки ее корректировки, выразившиеся в выделении межформационных периодов, поиске новых формаций и т. п. В рамках этих поисков возобновляется прерванная на рубеже 1920–1930-х годов дискуссия об азиатском способе производства, а А. И. Неусыхин, на новом уровне осмысления, вновь поднимает вопрос о существование особого «дофеодального» периода, предшествующего классовому обществу. Не остались без внимания и «надстроечные явления» в частности проблема генезиса государственности. А. И. Неусыхин высказал мысль о том, что т. н. «варварские королевства» в Европе представляли своеобразную форму государственности («варварское государство»), которые не являлись классовыми по природе. Тогда же М. А. Виткин высказал мнение о том, что государство на Древнем Востоке возникает еще до оформления классового общества.)
Происходят постепенные сдвиги и в изучении проблем перехода от феодальной формации к капиталистической. Своеобразным подведением итогов здесь стала Всесоюзная дискуссия, проходившая 2–4 июня 1965 года в Москве. Авторы коллективного доклада (И. Ф. Гиндин, Л. В. Данилова, И. Д. Ковальченко, Л. В. Милов, А. П. Новосельцев, Н. И. Павленко, М. К. Рожкова, П. Г. Рындзюнский) выступили против попытки подтягивать процессы, протекавшие в России, к аналогичным процессам в передовых странах Европы. Формирование капиталистического уклада в России и начало переходного этапа к капитализму они отнесли не ранее чем к 60-м годам XVIII столетия. Это был известный выпад как против господствующей точки зрения, основывающейся на ленинской периодизации, о генезисе капитализма с XVII века, так и против С. Г. Струмилина и Д. П. Маковского, возводивших указанные процессы к рубежу XV–XVI веков. К сожалению, в последнем случае авторы доклада за действительными недостатками не усмотрели, пусть слабую, тенденцию к отказу от линейного понимания исторического процесса. Эту тенденцию не только заметил, но и четко выразил А. С. Сумбатзаде. С одной стороны, он выступил против попыток ускорить исторический процесс, с другой стороны, указал на зигзагообразность экономического развития. «С этой точки зрения, если посмотреть на историю России, я думаю — говорил он, — что в XV–XVI веках, даже в начале XVII века, в России для развития элементов и отношений капитализма, может быть, были гораздо большие возможности, чем во второй половине XVII и первой половине XVIII века». Обоснованность подобного подхода была подтверждена исследованиями Н. Е. Носова, обнаружившего зачатки капиталистических отношений в черносошных районах Севера конца XV–XVI века. В сходном направлении работал М. Я. Волков, увидевший в истории России XVII века альтернативу социально-экономического развития по феодально-крепостническому или по буржуазному пути.
Наконец, в 1960-е годы оформляется так называемое «новое направление» в советской историографии, представители которого перенесли акцент с изучения зрелых форм капитализма в России начала XX века на анализ «взаимодействия» и «сращивания» передовых форм капитализма с остатками докапиталистических укладов. В этой связи по-иному представала роль различных социальных слоев в революционных потрясениях, в том числе рабочего класса и крестьянства. Характерно, что, обращаясь к ранним периодам отечественной истории, представители «нового направления» опирались на положения уже упоминавшихся Л. В. Даниловой, Н. И. Павленко и ряда других сторонников теории позднего становления капитализма в России.