Потеря сил во время санных походов списывалась на внезапную вспышку непонятной болезни, но и те, кто остался на борту, также чувствовали себя плохо. 15 июня 1849 г. умер Генри Матиас, помощник врача на корабле «Энтерпрайз». Посчитали, что причиной смерти стал туберкулез, который «незаметно забирая силы, довел его до могилы». Джон Робертсон писал, что Матиас был «глубоко любим и уважаем всеми членами экспедиции», но не осталось ни малейшей надежды «вывезти его живым из гавани Порт Леопольд, ставшей могилой для многих».
По наблюдениям Росса, «некоторые члены корабельных экипажей находились в подавленном настроении, а общие медицинские заключения отнюдь не радовали». Даже врач «Энтерпрайза» не уберегся от болезни. Робертсон потом отмечал, что у него была цинга, и он «был на грани смерти». И потом симптомы этого «гнусного туберкулеза» проявлялись у него еще в течение семи месяцев после возвращения в Англию.
8 июля умер еще один человек.
Перед отплытием из гавани Росс приказал соорудить сарай. Там он оставил паровой катер (с топливом), палатку со столярными инструментами, одеяла, спальные мешки, печи, провизию и другие необходимые вещи, а также отчет об экспедиции и информацию о ее дальнейших планах. В записях Гилпина сохранилось: «Если кто-нибудь из людей сэра Джона Франклина найдет это место, у них будут средства для существования и спасения».
Покинув Порт Леопольд, Росс попытался пройти на запад, но 1 сентября корабли оказались зажаты льдами и вынуждены были дрейфовать до самого Баффинова залива. Через три недели они освободились, но прогрессирующая болезнь членов экипажа заставила Росса принять меры. Он решил прервать поиски и направиться в Британию.
Кок «Инвестигейтора» скончался 16 сентября на пути домой. Последнюю смерть зафиксировали меньше чем за неделю до того дня, как корабли медленно вошли в английский порт Скарборо в ноябре 1849 г. Некоторым морякам требовалась срочная госпитализация, а один из них вскоре умер.
17 ноября «Иллюстрированные лондонские новости» рассказали о неудачах экспедиции, расписали «великие тяготы», с которыми пришлось столкнуться в походе, и посчитали потери: «Ассистент врача, очень умный молодой человек, трое способных матросов „Энтерпрайза“ и еще три члена экипажа „Инвестигейтора“ умерли, с тех пор как судно покинуло Вулвич весной 1848 г.».
Издание «Атенеум» объявило поиски Франклина «весьма неполными»:
«…обеспокоенная общественность не понимает, что именно было сделано. Но результат такого типа поисковых исследований, какие сумел провести сэр Джеймс Росс, является чрезвычайно болезненным дополнением к грустным предположениям, возникающим по причине долгого и мертвенного молчания, связанного с предыдущей пропавшей экспедицией».
У Росса начались проблемы со здоровьем. Хотя критики твердили, что он обязан был продержаться на севере еще одну зиму, а потом продолжить поиски, Джон Робертсон, врач «Энтерпрайза», был уверен, что многие члены экипажа не выдержали бы следующего года:
«На корабле было всего несколько человек, которые не страдали бы цингой, и я боюсь, что вряд ли мы бы выдержали еще одну зиму. Более вероятно то, что вообще немногие смогли бы вернуться, а наши противоцинготные средства вряд ли могли нам чем-нибудь помочь…».
Спустя несколько лет Мак-Клинток написал: «нам там довелось испытать точно такие же лишения, как в последующих, столь же длительных путешествиях». Неоспоримо то, что экспедиция Росса была единственной, которая теоретически имела возможность спасти команду Франклина. Когда его корабли достигли гавани Порт Леопольд, некоторые члены экипажа Франклина еще могли оставаться в живых. После неудачи Росса любая надежда на их спасение была потеряна.
Многие безуспешно пытались понять, какое загадочное заболевание настигло спасательную экспедицию и обрубило всякую возможность двигаться дальше. Некоторые историки находили причину в том, что моряки перед походом не прошли медицинского осмотра. Офицеры же Росса жаловались, что консервированные продукты на кораблях были не только с недовеском, но и плохого качества, и это, по словам Робертсона, «позор для поставщика». Кстати, тот же самый поставщик — Стефан Голднер — снабжал и экспедицию Франклина.