Команда зависела от «обычных судовых припасов», особенно пеммикана и соленой свинины, и она стала жертвой сильной вспышки цинги — заболели двадцать человек. Капитан Кейн детально описывал симптомы развивающейся болезни. В феврале 1854 г. он отмечал: «от цинги и общей слабости я задыхался». В апреле Кейн отправился с санной партией на север, к полюсу. Это был отчаянный гамбит, который вскоре завершился катастрофой: вся группа получила обморожения и заболела цингой. Болезнь, терзавшая людей всю зиму, теперь грозила истребить их полностью. Самого Кейна пришлось заносить обратно на «Эдванс», «практически без сознания и так распухшего от цинги, что его было трудно узнать». Его состояние, казалось, было безнадежным. Партия, вернувшаяся на корабль, была в отчаянии, на грани самоубийств и в полном умопомешательстве. Пораженные болезнью махали руками и разговаривали сами с собой. Корабль «представлял собой настоящий сумасшедший дом». Осталось только три человека, способных нормально исполнять свои обязанности. В довершение всех бед на корабле расплодились крысы.
К счастью, с летним потеплением зимние трудности отступили. Была отправлена группа на охоту, и ей удалось добыть свежего мяса, а здоровье людей постепенно восстановилось. Но лед так и не освободил гавань, и команде предстояла вторая зимовка.
Кейн оказался плохим начальником. Нервное напряжение с ним сыграло скверную шутку. Он становился все более раздражительным и придирчивым, а когда не находил аргументов в спорах с одним из своих офицеров, начинал хвастаться своим происхождением или любовными успехами в Филадельфии. Его длинные монологи во время обедов изобиловали латинскими выражениями — и все для того, чтобы показать свое превосходство перед людьми, как он считал, находившимися ниже его уровня. Больная и исхудавшая до костей команда (в лучшие дни они ели лисью требуху, а в худшие сосали свои рукавицы) теперь смотрела на своего командира со смесью недоверия и презрения, когда тот пытался поразить их своей речью на древнем языке. Вскоре было создано тайное общество, и в сентябре семеро из них объявили Кейну о своем намерении покинуть корабль и попытаться пройти 700-мильный (1125 км) путь на юг к Упернавику — самому северному датскому поселению Гренландии. Однако бунтарям не удалось уйти далеко. Обмороженные, они вернулись на корабль и сдались на милость Кейна, которая оказалась не слишком щедрой.
Когда наступила вторая зима, у экипажа ((Эдванса» почти полностью закончился уголь, и Кейн распорядился использовать древесину с корабля в качестве топлива. Была разобрана обшивка палубы, сняты корабельные реи и верхние перекладины. Экспедиции не удалось сохранить достаточное количество свежего мяса, и болезнь вернулась к ним с новой силой. У одного матроса образовалась глубокая язва, обнажившая кость и сухожилия. К декабрю осталось только одно противоцинготное средство — очистки от сырого картофеля, но запас его сводился к двенадцати клубням трехлетней давности.
Вся команда болела. Кейн удивлялся, замечая, что состояние людей улучшалось или ухудшалось в прямой зависимости от того, как часто они ели свежее мясо. Кейн писал: «Нашу болезнь я приписываю цивилизованной пище. Если бы у нас было большое количество замороженного моржа, я бы посмеялся над цингой». Позже он писал, восхищаясь инуитами: «Наше путешествие научило нас мудрости питания местных жителей, и только некоторые из нас отказывались от кусочка сырого жира или ломтика строганины из мяса моржа… так как эта пища не имеет себе равных по энергетическим и противоцинготным свойствам».
Другие поисковики пришли к аналогичному заключению. В 1852 г. один из них, врач Питер Сазерленд, предположил, что Франклин скорее всего довольно быстро осознал необходимость постоянно пополнять запасы свежей пищи. «Нет сомнения, что его изобретательность подскажет ему то, что практикуют инуиты тысячелетиями — легче сохранять живое мясо, например, тушу кита, во время летних месяцев с помощью льда, чем добывать это мясо зимой».