У квітні 2004 року ЮКОСу було надано лише два дні на сплату всього “донарахованого” податку за 2000 рік. Але податкові органи навіть не стали чекати: вони заморозили всі активи компанії, що унеможливило сплату ЮКОСом, одночасно оскаржуючи легітимність перерахунку. Фальшиві вимоги про повернення податків, накази про заморожування активів і абсурдно нереалістичні терміни сплати зрештою призвели до захоплення одного з коронних активів ЮКОСа - Юганскнефтегазу (ЮНГ) - у червні 2004 року. У листопаді 2004 року російська влада оголосила, що аукціон з продажу ЮНГ відбудеться наступного місяця. Це суперечило російському законодавству, яке вимагає продажу непрофільних активів перед основними для врегулювання податкових претензій. ЮКОС запропонував податковим органам, щоб компанія продала свої акції в Сибнафті, що дозволило б їй погасити більшу частину податкових зобов’язань, не впливаючи на основну діяльність, але податкові органи проігнорували цю пропозицію.
На момент захоплення ЮНГ відповідало за понад 60 відсотків загального обсягу видобутку ЮКОСа. Керівництво оцінювало його в суму від 16,1 до 22,1 мільярда доларів, а призначені російською державою оцінювачі Дресднер Клайнворт Васерштайн - від 14,7 до 17,3 мільярда доларів. Однак, Міністерство юстиції Росії оголосило, що вартість ЮНГ для цілей аукціону становитиме не більше 10,4 мільярда доларів.
Намагаючись заблокувати продаж ЮНГ, ЮКОС звернувся за захистом від банкрутства в грудні 2004 року до Суду США з питань банкрутства Південного округу штату Техас. Техаський суд погодився видати тимчасову судову заборону, згідно з якою “вагомість доказів підтверджує висновок про те, що існує значна ймовірність того, що податкові нарахування ЮКОСу і спосіб примусового стягнення податків не були проведені відповідно до російського законодавства. - Суд також встановив, що “докази підтверджують висновок про ймовірність того, що акції ЮНГ, які належать позивачеві, будуть продані приблизно за половину вартості, оціненої двома різними інвестиційними банкірами.
Незважаючи на рішення суду, аукціон відбувся 19 грудня 2004 року. Єдиним учасником торгів була таємнича компанія під назвою “Байкал Фінанс Груп”, яка була абсолютно невідома в галузі і, схоже, була заснована лише два тижні тому. Її загальний акціонерний капітал був задекларований на рівні 300 доларів, а юридична адреса виявилася винним магазином у місті Твері. Однак, президент Путін схвально відгукнувся про “Байкал Фінанс”, заявивши, що її акціонерами є “особи, які вже багато років працюють в енергетичному бізнесі… і мають намір налагодити відносини з іншими російськими енергетичними компаніями, які зацікавлені в цьому об’єкті. - Незважаючи на брак капіталу, Байкальська фінансова група якимось чином змогла внести заставу в розмірі 1 мільярд доларів, необхідну для участі в аукціоні, а потім ще 8,8 мільярда доларів, щоб виграти успішну, беззаперечну заявку на купівлю ЮНГ. Таємниця прояснилася через два тижні, коли було оголошено, що “Байкал Фінанс Груп” була придбана державною компанією “Роснефть”, яку очолює Ігор Сєчін, за нерозголошену суму.
Головний економічний радник Кремля Андрій Ілларіонов, який на той час ще перебував на своїй посаді, назвав незаконну експропріацію ЮНГ “аферою року”, заявивши, що в Росії “ніде не залишилося вільного економічного простору” і що Росія тепер кваліфікується як “політично невільна країна”. Коли він подав у відставку через 12 місяців, він посилив свої висловлювання. - Росія стала іншою країною, - сказав він. Вона більше не є демократичною країною. Вона більше не є вільною країною. - Ілларіонов підтвердив, що його відставка була протестом проти розкрадання мільярдів доларів з прибутків “Роснефти” найближчим оточенням Путіна. За його словами, Росією зараз керує авторитарна, корумпована еліта. - Одна справа - працювати в країні, яка є частково вільною. Інша справа, коли політична система змінилася, і країна перестала бути вільною і демократичною.
У червні 2006 року Кремль призначив конкурсного керуючого для решти підрозділів ЮКОСа і скликав збори кредиторів. На зборах ЮКОС представив план реструктуризації, який дозволив би компанії погасити свої зобов’язання і продовжити роботу в умовах зростання цін на нафту. План був відкинутий Кремлем, оскільки російська влада знову продемонструвала, що не зацікавлена у врегулюванні з ЮКОСом. У серпні 2006 року російський суд оголосив ЮКОС неплатоспроможним. Відмова від плану реструктуризації ЮКОСу призвела до примусового розпродажу решти активів компанії, які включали виробничі потужності Томськнафтогазу (в тому числі Ангарський та Ачинський нафтопереробні заводи) та Самаранефтегазу (з трьома іншими нафтопереробними заводами). Більшість активів були придбані “Роснефтью” за ціною, значно нижчою за ринкову. Потім “Роснефть” включила свою частку в ЮНГ в ІПО для розміщення акцій на Лондонській фондовій біржі. Як зазначає Файненшіл Таймс, експропріація державною компанією всіх виробничих підрозділів і нафтопереробних заводів ЮКОСа перетворила “Роснефть” з восьмої нафтової компанії Росії з ринковою капіталізацією всього в 6 мільярдів доларів на найбільшого виробника нафти в країні з ринковою капіталізацією в 90 мільярдів доларів. Сама “Роснефть” охарактеризувала купівлю ЮНГ як “найбільш монументальну угоду в сучасній історії Росії.