Някои учени са на мнение, че земетресенията в океана — внезапни размествания на дъното, които могат да предизвикат вълни с височина до 60 метра — вероятно са най-логичният отговор. Такива вълни с лекота биха погълнали цял кораб и с това би се обяснило отсъствието на призиви за помощ и на останки.
Специалисти от Военноморските сили и някои други отхвърлят възможността подводната вулканична дейност и земетресенията в океана да са причина за загубите, но известен брой учени мислят, че може би някои странни явления в океански води играят главната роля.
Установено е, че се образуват вълни с височина над 30 метра, а такава гигантска стена е способна лесно да преобърне дори кораб от средна големина, преди той да успее да изпрати SOS. Макар все още да не се знае много по въпроса, кое предизвиква такива вълни, предполага се, че причини могат да бъдат мощни океански течения или водни вихри. Недостатък на тази теория е, че за да има бурно море, е необходима някаква буря, а при никое от изчезванията в Триъгълника не можа да се каже, че атмосферните условия са били лоши. Още повече че бурните води не бива да се винят за изчезването на самолети. За да се обяснят загубите на самолети, бе предположено, че съществуват гигантски, невидими атмосферни вълни, подобни на океанските.
Самолетите понякога попадат в завихряния не само когато са близо до или в купесто-дъждовни облаци, но и в чисто небе. Крайно силни завихряния действително могат да разбият самолета и е вероятно те да са причина за някои от изчезванията. При по-внимателно изследване обаче и тази теория не издържа. Първо, атмосферните условия са били добри при повечето случаи на изчезвания и, второ, самолет, който се разпада, оставя останки в обширен район.
Макар повечето теории да обясняват само по няколко от произшествията, има една, която сякаш съдържа в себе си повече смисъл — теорията за магнитните аномалии. Промените в показанията на компасите са явление, познато дори на начеващите пилоти и моряци. Компасът рядко сочи действителния север — Северния полюс; той сочи към магнитния полюс, който е встрани. В много места отклонението е значим фактор, който трябва да се взима пред вид; в противен случай даден съд може да се окаже на стотици мили от мястото, където се предполага, че се намира.
Има два района върху повърхността на Земята, където компасът сочи истинския север — Бермудският триъгълник и една зона, недалеч от бреговете на Япония, известна под името „Морето на дявола“, където също ичезват доста съдове. Между 1950 и 1954 г. поне девет кораба са изчезнали в Морето на дявола. Те били големи товарни кораби с мощни двигатели и радиопредаватели, а не малки рибарски лодки. Само един от тях успял да предаде призива SOS. Продължителните търсения открили няколко малки останки, но нито един оцелял човек, трупове или спасителни лодки. Разтревожено, японското правителство наредило районът да се изслед-ва, но бил открит само един нов вулкан. Изригването му потопило един от изследователските кораби! Тогава японското правителство обяви района за опасен.
С държана в тайна операция Военноморските сили на САЩ провели големи геомагнитни изследвания, като при тях били осъвременени много данни преди повече от тридесет години. Смята се, че проектът е изпълнявал и други функции, включително подслушване на съобщения от космическото пространство и обследване на теорията за „отслабване на свръзките“.
Специалистът по електроника Уйлбър Б. Смит, натоварен от канадското правителство да оглави през 1950 г. изследване на магнетизма и гравитацията, открил в атмосферата зони, в които съществува явлението, наречено от него „отслабване на свръзките“. Тези зони, съобщава той, са с диаметър около 300 метра и се простират до неизвестна височина; те се преместват и изчезват, за да се появят в друго място. Смит установил, че полета с „отслабване на свръзките“ често имало там, където са ставали необяснени катастрофи. Той изказва предположението, че докато върху повечето самолети тези зони вероятно не оказват влияние, някои самолети със специфична конструкция и размери могат да бъдат подложени на достатъчно силно въздействие от тези сили, за да бъдат разрушени. Възможно е тези сили да въздействуват не само върху самолетите, техните компаси и радиопредаватели, но и да се отразяват върху човешките сетива, като предизвикват виене на свят и загуба на чувството за ориентиране в пространството.