Зеликов в начале 1980-х работал в области права. Однако в середине 1980-х его интересы сместились в сторону проблем национальной безопасности. Он стал работать адъюнкт-профессором по вопросам национальной безопасности в Морской школе в Монтеррее, шг. Калифорния, и служил в трех различных управлениях в госдепартаменте США во время второго срока президентства Рейгана.
В администрации Джорджа Буша-старшего Зеликов был приглашен на работу в Совет национальной безопасности (СПБ). Там его пути пересеклись с Кондолизой Райс, отвечавшей за восточноевропейские вопросы внешней политики периода окончания «холодной войны». Зеликов покинул СПБ в 1991 году и стал работать в Гарвардском университете, где с 1991 по 1998 год он исполнял обязанности профессора гражданской политики и содиректора программ по проблемам разведки и политики в Гарвардском университете.
В 1998 году Зеликов перешел на работу в университет штага Виргиния, где руководил до февраля 2005 года самым крупным национальным центром — Миллеровским центром гражданских проблем.
Зеликов является соавтором многих книг: в соавторстве с Эрнстом Меем «Записки о деле Кеннеди» и вместе с Джозефом Наем и Дэвидом Кингом «Почему народ не доверяет правительству». С Кондолизой Райс им была написана книга «Объединенная Германия и преобразованная Европа»./1—2/
Следует особо отметить, что в область научных интересов Филиппа Зеликова входило создание и поддержание, по его словам, «общественных мифов» или «общественных предчувствий», под которыми он понимает:
во-первых, как разновидность веры, о которой все члены гражданского общества думают, что это правда (при условии, что у них не возникает потребности знать о том, что их субъективная правда достоверна), и,
— во-вторых, как веру, которая принимается в целом внутри одинаково мыслящего политического сообщества.
В академической работе этот особый интерес сводился к тому, что он называл «поджариванием» или «фабрикацией событий, которые имеют трансцендентное, необыкновенное, божественное» значение и поэтому сохраняют свою силу и власть даже после того, когда поколения людей, испытавшее их воздействие, уходят с исторической сцены.
В Соединенных Штатах вера в американскую нацию и ее Конституцию остается чрезвычайно сильной в наши дни, также как и намять о рабстве и Гражданской войне 1860-х годов. В отличие от них, Вторая мировая война, Вьетнамская война и борьба за гражданские нрава относятся к еще сравнительно свежим примерам истории. Сюда же уместно отнести и активно пропагандируемую память о Холокосте, как некую фундаментальную идею, предупреждающую человечество об опасности глобального Зла и напоминание о прошлых массовых жертвах.
Зеликов в своих работах отмечал, что «власть нарративной истории в основном связана с вопросом, «каким образом рядовой читатель оценивает действия отдельных людей в истории, и если читатели не могут связать свое осмысление собственной жизни с ушедшими людьми, тогда есть опасность, что те исторические люди могут быть вообще не восприняты таким читателем».
В выпуске журнала «Форин афферс» (ноябрь — февраль 1998 года) он в соавторстве в Эштоном Крафтом и Джоном Дойчем опубликовал статью под названием «Катастрофический терроризм», в которой он предается размышлениям о том, что если бы взрыв башни Всемирного торгового центра в Нью-Йорке в 1993 году удался для террористов, тогда «ужас и хаос, возникшие при этом, превзошли бы нашу способность описать их масштаб и последствия. Такой акт катастрофического терроризма мог явиться поворотным событием в истории Америки. Он мог включать в себя потери человеческих жизней и собственности, беспрецедентные по своим масштабам в мирное время. В нем была угроза подорвать фундаментальное понимание безопасности Америки, как это произошло в 1949 году, после испытания в Советском Союзе атомной бомбы. С того времени неуязвимость Америки навсегда ушла в область предания. Подобно Перл-Харбору такое событие могло бы провести демаркационную линию между прошлым и будущим, переведя ее во временное измерение с хронологическим диапазоном «до и после». /1—3/
Зеликов как бы предвидел, что Соединенные Штаты смогут ответить на такое чрезвычайное событие принятием драконовских мер в форме закона The USA Patriotic Act, отбросив назад завоевания гражданских свобод, позволив более широкое вмешательство разведывательных служб в личную жизнь граждан, возрастанию подозрительности и использованию грубой силы. Он боялся мысли о том, что вслед за этим может последовать новая волна насилий, если будущие террористы атакуют или контратакуют США. В любом случае американцы будут с запозданием осуждать своих политических лидеров и руководителей государства в нарушении ими демократических свобод.