Филипп Зеликов служил в переходной команде президента Джорджа Буша-младшего в 2000–2001 годы. После избрания Буша на пост президента Зеликов был включен в гpynny его советников по вопросам внешней разведки. Одновременно он продолжал работать в других целевых рабочих группах и комиссиях, включая Национальную комиссию по вопросам федеральной избирательной реформы.
После событий 11 сентября Ричард Хаасе, старший помощник госсекретаря Колина Пауэлла и директор управления политического планирования в госдепартаменте, подготовил для администрации президента проект Стратегии национальной безопасности Америки. Ознакомившись с проектом Стратегии, доктор Кондолиза Райс, в должности советника президента по национальной безопасности, отдала распоряжение полностью переделать этот документ. Она думала, что администрации Буша необходимо что-то более солидное и жесткое, что могло бы способствовать более решительному разрыву с идеями предыдущей администрации Клинтона. В поисках новых идей Райс обратилась к работам своего старого коллеги из университета штата Виргиния, профессора Филиппа Зеликова. Идеи Зеликова о глобальной роли терроризма показались ей актуальными и были использованы ею при подготовке нового концептуального документа. «Стратегия национальной безопасности США в 21-м веке», опубликованная 17 сентября 2002 года, воспринималась администрацией президента и персонально самим Джорджем Бушем как базовый проект, в котором красной нитью проходила идея «войны с терроризмом». /1—4. С. 426–458/
Вследствие большой вовлеченности Зеликова в дела администрации президента Джорджа Буша-младшего, у многих возникали вопросы относительно оправданности его участия в Комиссии в качестве исполнительного директора, которая находилась под строгим контролем со стороны самого президента Буша и Кондолизы Райс. Общественные организации, в основном представленные родственниками погибших 11 сентября 2001 году в Нью-Йорке и Пентагоне, требовали отставки Филиппа Зеликова из-за неизбежного столкновения интересов различных сторон в Комиссии. Однако их усилия по его отстранению были безуспешными.
На основании выступлений, речей, внутренних отчетов и записок некоторые политические аналитики верили, что Зеликов в конечном итоге не согласится с ключевыми аспектами ближневосточной политики администрации Буша. На этот раз политическое чутье их не подвело.
После сенсационного ухода в ноябре 2006 года с поста министра обороны Дональда Рамсфелда вскоре последовало новое сообщение. 1 декабря 2006 года «Вашингтон пост» сообщила, что один из главных советников госсекретаря США Кондолизы Райс Филипп Зеликов подал заявление об отставке. /1—5/
Причиной своей отставки Зеликов называл желание вернуться к преподавательской деятельности в Университете штата Виргиния, где его место оставалось вакантным все четыре года, пока он был занят работой в госдепартаменте. Как отмечала «Вашингтон-пост», Зеликов, не занимая официально поста заместителя госсекретаря Кондолизы Райс, являлся ключевой фигурой в ее ведомстве. Он принимал самое непосредственное участие в формулировании внешнеполитической доктрины госдепартамента и являлся автором многочисленных докладов по главным направлениям международной политики, простиравшимся от анализа ситуации в Ираке, до северокорейской ядер-ной программы.
В своем интервью, последовавшем сразу после известия о его отставке, Кондолиза Райс сказала, что, несмотря на то, что мнение Зеликова часто не совпадало с мнением членов администрации президента, она «знала, что он не совершал ничего дурного». Она также отметила, что ценит «вклад Филиппа в общее дело в эпоху больших перемен» и останется его преданным другом. Официально Филипп Зеликов оставил свой пост в конце декабря 2006 года.
Какие задачи были поставлены администрацией президента Буша и Конгрессом США перед Комиссией Кина — Зеликова
Работая над решением задачи, всегда полезно знать ответ.
Президент Буш, конечно понимал, что в демократическом обществе ему не избежать вопросов и объяснений по поводу событий 11 сентября. Получив максимальные военно-политические дивиденды на Ближнем Востоке и Центральной Азии и выждав необходимое время, он наконец-то пошел навстречу многочисленным и нарастающим требованиям со стороны родственников погибших, скептично настроенных интеллектуалов, в том числе и за пределами США, вместе с оппозиционными демократами в Конгрессе, рассказать «правду». Под их давлением он дал разрешение на создание Комиссии по проведению расследований. В чем-то это напоминало эпизод из российской истории: «Царь испугался, издал манифест: мертвым свободу, живых — под арест!»