В Кембридже наставником Ньютона был заведующий кафедры математики профессор Барроу — филолог, физик и математик, автор знаменитой формулы тонкой линзы, известного интегрального соотношения, называемого теперь формулой Ньютона-Лейбница, а также метода решения дифференциальных уравнений с разделяющимися переменными. Барроу произвел сильное влияние на молодого Ньютона, что способствовало принятию решения заниматься научными исследованиями.
Исаак Ньютом окончил колледж со степенью бакалавра в 1665 г., когда ему было 22 года. Это был год великой эпидемии чумы. Когда чума добралась и до Кембриджа, университет закрыли. Ньютон возвратился в Вулсторп. Эти годы были наиболее продуктивными в научном творчестве Ньютона. Здесь у него сложились в основном те идеи, которые привели его к созданию дифференциального и интегрального исчислений, к изобретению зеркального телескопа (собственноручно изготовленного им в 1668 г.); открытию закона всемирного тяготения, здесь он провел опыты над разложением света. В 1667 г. Ньютон вновь прибыл в Кембридж и через 2 года стал профессором математики.
В 1668 г. Ньютону была присвоена степень магистра, а в 1669 г. Барроу передал ему почетную люкасовскую физико-математическую кафедру, которую Ньютон занимал до 1701 г. В 1671 г. Ньютон построил второй зеркальный телескоп — больших размеров и лучшего качества. Демонстрация телескопа произвела сильное впечатление на современников, и вскоре после этого Ньютон был избран (в январе 1672 г.) членом Лондонского королевского общества (в 1703 г. стал его президентом).
В 1687 г. Ньютон опубликовал свой грандиозный труд «Математические начала натуральной философии» (кратко — «Начала»). В 1695 г. получил должность смотрителя Монетного двора (этому, очевидно, способствовало то, что Ньютон изучал свойства металлов). Ученому было поручено руководство перечеканкой всей английской монеты. Ему удалось привести в порядок расстроенное монетное дело Англии, за что он получил в 1699 г. пожизненное высокооплачиваемое звание директора Монетного двора. В том же году Ньютон избран иностранным членом Парижской Академии Наук. В 1705 г. за научные труды он возведен в дворянское достоинство.
На протяжении многих лет, особенно после 1690 г., Ньютон посвятил себя полномасштабному исследованию Библии. В числе книг, написанных им на эту тему, есть следующие: «Хронология древних царств» и «Замечания на Книгу прор. Даниила и Апокалипсис св. Иоанна» (издана посмертно в 1773 г., в русском переводе: Пг., 1915 г.).
Ньютон рассматривал Библию не как источник естественнонаучных сведений, а как Слово Божье. Он любил Бога и верил Библии — всей целиком. Он писал: «Я глубоко верю в Библию как Слово Божие, написанное боговдохновенными людьми. Я каждый день изучаю Библию». Взгляд ученого на взаимоотношение Библии и естествознания не был сформулирован отдельно, но явствует из его работы по книге пророка Даниила.
Ньютон выдвинул ряд собственных богословских соображений. Например, наличие Пятикнижия у самарян он считал доказательством его существования до разделения царств в X в. до н. э. По его мнению, псалмы Давида и других псалмопевцев были собраны воедино лишь Ездрой. В исторической символике и аллегориях Библии Ньютон усматривал пророчества о событиях Средневековья и Нового времени.
Общий принцип закономерности, царящий во Вселенной, был для Ньютона свидетельством о Божественном Разуме, но сами эти принципы он изучал чисто рациональными средствами. Он также писал: «Атеизм настолько бессмыслен. Когда я смотрю на солнечную систему, я вижу Землю на достаточном расстоянии от Солнца, чтобы получать достаточное количество тепла и света. Это не произошло случайно».
Времена трудностей и борьбы в жизни Исаака Ньютона не привели его к озлоблености. Напротив, его собственные слова показывают, что это привело его ближе к Богу. «Испытания являются лекарством, которое наш милостивый и мудрый Врач дает нам, потому что мы в них нуждаемся; и Он определяет их тяжесть и частоту в соответствии с конкретной ситуацией. Будем же доверять Его мудрости и благодарить Его за то, что Он прописывает».
Ньютон был упорным тружеником, никогда не отвлекался от темы, пока не исчерпывал ее до конца. Он старался экономить время на еде и сне, почти никогда не ужинал, спал мало. Иногда, чтобы отвлечься от научных дум, он читал под вечер что-нибудь полегче, например по медицине. Он прекрасно знал анатомию и физиологию, различные методы лечения, что в большей мере способствовало его завидному долголетию.