А. С. Пушкин в «Истории Петра» называет основную причину: «Царевич был обожаем народом, который видел в нем будущего восстановителя старины. Оппозиция вся… была на его стороне. Духовенство, гонимое протестантом царем, обращало также на него все свои надежды. Петр видел в сыне препятствие настоящее и будущего разрушителя его создания».
Кроме того, с 1712 года женой царя официально стала Марта Скавронская, принявшая при переходе в православие имя Екатерины Алексеевны. В новой семье Петра к этому времени были две дочери — Анна и Елизавета, а в 1715 году родился сын Петр. Царь любил Екатерину, их сын был желанным поздним ребенком. Между тем по закону власть после смерти Петра I переходила к Алексею. Это тревожило царственных супругов.
В 1716 году царь потребовал от Алексея «исправления» или отречения от права на престол и ухода в монастырь. Тогда царевич решился на побег: он скрывался сначала в Вене, а затем в Риме. Царь использовал все средства дипломатии и сыска; его посланник П. А. Толстой сумел угрозами и обещаниями вернуть Алексея в Россию. После этого Петр I объявил, что Алексей лишается права на престол. По приказу царя его приближенные принесли присягу малолетнему царевичу Петру Петровичу как законному наследнику престола. Но пока Алексей был жив, угроза его возможного воцарения оставалась.
Царевича Алексея перевезли из Москвы в Петербург и заключили в Петропавловскую крепость. Для расследования его дела учредили Тайную канцелярию — политический застенок, еще несколько лет после этого наводивший ужас на Петербург и на всю страну. Царь много раз допрашивал сына, и тот рассказывал все, называя имена своих сторонников. Казематы крепости заполнялись людьми, арестованными по этому делу, под пытками у них вырывали признания. Ремеслом истязателя и палача не гнушался и сам царь. Затем несчастных казнили. Пытали и Алексея. «Царевич более и более на себя наговаривал, устрашенный сильным отцом и изнеможенный истязаниями» (А. С. Пушкин. «История Петра»). Никакого реального заговора не было, но в отчаянии «несчастный давал сам всему самое преступное значение». Петр присутствовал при этих пытках, задавал все новые вопросы, получая ответы «сначала твердой рукою писанными, а потом, после кнута, дрожащею».
14 июня 1718 года Петр представил дело царевича на суд Сената и церкви. Духовенство ответило, приведя цитаты из Ветхого Завета — о жестоком возмездии, и из Нового Завета — о милосердии, предоставив таким образом царю выбор. Сенат вынес Алексею смертный приговор. 25 июня смертный приговор, утвержденный Петром, объявили в Сенате. А на следующий день царевич Алексей умер в каземате крепости, как было объявлено, «от удара». То, что он был убит по приказу отца, ни у современников, ни у позднейших историков не вызывало сомнений. Исторические свидетельства расходятся лишь в том, каким способом было совершено убийство: одни пишут об отравлении, другие — об удушении, третьи — о смерти под пыткой. 30 июня Алексея похоронили в Петропавловском соборе. Петр присутствовал на похоронах.
Теперь царевич Петр Петрович становился законным наследником престола. Но в 1719 году, через несколько месяцев после гибели Алексея, он умер.
«Смерть сия сломила железную волю Петра», — писал Пушкин. Правда, энергия царя не иссякла, по-прежнему «его государственные учреждения суть плоды ума обширного, исполненного благожелательства и мудрости», но подозрительность, нетерпимость и жестокость в его характере усилились.
На Россию убийство царевича Алексея произвело страшное впечатление. В Тайную канцелярию сыплются доносы о том, что мистические откровения о царе-антихристе имеют бабы, монахи, солдаты, помещики. По Петербургу проносится слух, что дьякон Троицкой церкви увидел на колокольне кикимору и та сказала: «Петербургу быть пусту!» Эти слова повторяли раскольники, убежденные в том, что Петров город — творение дьявола, и считавшие, что он исчезнет без следа, будет залит водой. Этот мотив перейдет в литературу: мы встретим его у Достоевского, Некрасова, Белого, Блока… Он сохранился и в фольклоре. Каждый новый слух и «откровение» влекут за собою кровавые следствия, снова заполняются узниками казематы Петропавловской крепости и следуют казни.
Последнее событие, о котором мы упомянем, — смерть Петра Великого в Санкт-Петербурге 28 января 1725 года. Здоровье императора давно было подорвано, а в ноябре 1724 года он простудился, помогая солдатам спасать людей с тонущего бота. После этого обострилась болезнь почек, и через три месяца Петр умер. Ему было пятьдесят три года. Смерть Петра I оплакивали те, кто вместе с ним обновлял Россию, чью энергию и таланты вызвали к жизни его реформы. Восьмого марта шествие жителей столицы сопровождало гроб императора при перенесении его по льду Невы в Петропавловский собор. Город прощался со своим создателем. Императрицей была провозглашена его жена — Екатерина I.