Комиссия разделила город на пять частей, центральной была признана Адмиралтейская часть. Застройку улиц и проспектов определили вести «линейно», как задумано Петром I. На пустырях, образовавшихся после пожаров, предложено возводить каменные дома по образцу дома ювелира Граверо, спроектированного архитектором М. Г. Земцовым. Комиссия создавала проекты планировки частей города — с новыми прямыми проспектами-лучами, с выравниванием уже существовавших улиц. В основу этих проектов было положено стремление к целесообразности и продолжению градостроительной традиции основателя Петербурга.
Были официально утверждены и обозначены названия улиц, проспектов, площадей, рек, каналов, мостов, произведена нумерация домов. Одной из проблем города оставалась нехватка мостов, и Комиссия о Санкт-Петербургском строении постановила построить в различных частях города деревянные мосты. По ее решению начались работы на реке Мойке: углубляли дно реки, очищали от заносов русло. Однако многие планы Комиссии остались на бумаге, потому что гибель Еропкина лишила ее фактического руководителя. В основу работы новой правительственной Комиссии о каменном строении Санкт-Петербурга и Москвы, учрежденной в 1762 году, были положены проекты ее предшественницы.
П. М. Еропкин стал жертвой расправы, ознаменовавшей завершение царствования Анны Иоанновны: он был казнен вместе с кабинет-министром императрицы А. П. Волынским и горным инженером А. Ф. Хрущевым в Петербурге 27 июня 1740 года. Эта казнь — одно из самых беззаконных дел даже в ту эпоху беззакония. Она произвела на современников особенно страшное впечатление, потому что жертвами были влиятельные, незаурядные люди, известные своим патриотизмом.
Несколько десятилетий спустя Екатерина II, прочтя материалы этого судилища, напишет: «Сыну моему и всем моим потомкам советую и поставляю читать сие Волынского дело от начала и до конца, дабы они видели и себя остерегали от такого беззаконного примера в производстве дел».
А. П. Волынский был из числа людей, выдвинувшихся во времена Петра Великого, талантливым государственным деятелем и просвещенным человеком. Его, как и многих, возмущало засилье иностранцев в государственном управлении, наглый грабеж страны.
Бирон и другие приближенные императрицы рассматривали себя как европейских цивилизаторов дикой России, которая нуждается в исправлении и жесткой власти.
Один из этих временщиков пояснял: «Императрица принимает советы только от иностранцев, от Остермана, Бирона, Миниха и Левенвольда, и имеет право быть ими довольна; ибо русские, которым нельзя отказать в способностях, все-таки держат в голове свои старорусские начала, уничтожаемые временем».
Вокруг Волынского сплотился кружок единомышленников. Они не замышляли переворота. Люди, собиравшиеся в доме Волынского, обсуждали планы государственного переустройства, ограничения власти самодержца, развития и просвещения страны. «Волынский, служа при Анне кабинет-министром, был истинным любителем отечества, ревностным духом пылал он к пользам России», — писал его современник Я. П. Шаховской.
Кабинет-министр решился в открытую бросить вызов Бирону. Миних вспоминал об этом в своих записках: «Волынский, Еропкин и друзья их пали жертвами Бирона, потому что Волынский поднес императрице записку, имевшую целью низвержение Бирона. Я сам был свидетелем, когда взбешенный Бирон грозил ей, что перестанет служить, если она не пожертвует Волынским и другими».
Императрица пожертвовала Волынским для своего фаворита. Кабинет-министра и его друзей обвинили в государственной измене, заключили в Петропавловскую крепость, зверски пытали. Волынскому во время пыток вырвали язык, вывихнули на дыбе руки. А 27 июня на Сытном рынке Петербургской стороны совершилась казнь. Из крепости осужденных пешком привели к эшафоту. У Волынского нижняя часть лица была повязана окровавленной тряпкой. Его, Еропкина и Хрущева обезглавили, Мусину-Пушкину вырезали язык, других участников кружка — Ф. И. Соймонова, И. Эйхлера и И. де ла Суда — били плетьми, а затем сослали в Сибирь. Тела казненных, без совершения церковного обряда, похоронили на окраине города, у церкви Св. Сампсония.
писал в 1822 году К. Ф. Рылеев, который через четыре года после этого тоже будет казнен у Петропавловской крепости.