Князя Василия, прежде всего, интересовали церковные и богослужебные книги. Большинство прочих книг, привезенных Софьей, его просто либо не интересовали, либо языки, на которых они были написаны, Греку не были известны. Так продолжалось до 1526 г. Неизвестно, за какие прегрешения, но библиотекарь попал в опалу и был сослан в Псковский монастырь и заключен в келью. Поскольку заниматься книгами стало некому, а своих грамотеев не хватало, то князь приказал вновь замуровать подвал с совершенно бесполезными книгами, что и было незамедлительно сделано. Со временем про подвалы все позабыли и не вспоминали аж до 1553 г.
В том году, незадолго до своей смерти, Максим Грек рассказал о хранившихся в подвале книгах Ивану Грозному и уточнил, где и какие книги там лежат. Встреча их происходила в Троице-Сергиевой лавре, где в то время жил опальный переводчик. Но царь не слишком-то спешил открывать заветный тайник. И только в 1565 г. (через 12 лет), когда ему порекомендовали немецкого пастора Ватермана, он приказал вскрыть заветные подвалы. Находились эти подвалы (напомним еще раз) прямо под церковью Святого Лазаря, рядом с царскими покоями.
Подвалы были вскрыты сверху, и Ватерман, который смотрел на все это варварство выпучив глаза, так же, как некогда и Грек, увидел несчастные книги в страшной ныли. Он даже предположил, что эти подвалы не вскрывались 100 лет. Но ученый немец немного ошибался, поскольку пребывали они в закрытом состоянии всего 39 лет. С понятным интересом рассматривал находку Иван Грозный, конечно же заинтересовавшийся книгами, некогда привезенными в Москву его родной бабкой Софьей Палеолог. Их-то он и повелел Ватерману перевести в первую очередь. Но немец деликатно отказался (видимо вспомнил об участи своего предшественника), мотивируя свой отказ незнанием языка, на котором те написаны.
Поняв, что почитать новоявленные "новинки" не удастся, царь приказал опять замуровать многострадальные подвалы. Он рассчитывал вернуться к этому хранилищу позже. Но времена тогда были лихими и к спокойной жизни вовсе не располагали. В 1571 г. крымские татары полностью сожгли Москву и все деревни на 30 верст вокруг. Целым сохранился лишь Кремль. Но вот именно с этого времени о библиотеке ничего и неизвестно. Но сгореть она явно не могла, каменное подземелье не сгорает ни при каких обстоятельствах.
Москва медленно восстанавливалась из пепла, но слухи о том, что татары могут напасть вновь, подвигли Ивана Грозного на поиски более спокойного убежища. Он послал в Новгород 450 подвод с казной. Взял туда юную супругу, обоих сыновей, царевича Михаила, братьев царицы, Григория и Александра Котловских, немного бояр, всех своих любимцев, лучших дьяков и войско отборное. Некоторые историки полагают, что и книги царь увез с собой, но при этом называют множество различных городов. Среди них и Вологда, и Александровская слобода, и Новгород, и другие. Но вот именно в этом-то пункте и существуют самые обоснованные сомнения. Вопрос не так прост, как кажется на первый взгляд.
Не очень понятно, зачем именно теперь ему потребовалось везти за собой книги, которые никто не в состоянии прочесть? Нет, он, конечно, мог возить с собой книги, и наверняка возил, но лишь те, которые мог прочитать сам. Но эти книги были в его обиходе, что называется — под рукой. За ними не нужно было лезть в глубокие замурованные подвалы, грузить их на десятки повод, тащить далеко и долго, подвергая в пути многочисленным опасностям. Зачем? Они прекрасно лежали себе под землей и были в абсолютной безопасности. Вы скажете — это же величайшая ценность! Как их можно было оставить? А запросто. Во-первых, они в Кремле были в самой что ни на есть безопасности, наивысшей во всем государстве. Далее. О книгах никто не знал, а если бы кто о них узнал и даже похитил, то совершенно ничего не мог бы на них заработать. В Кремле хранились столь уникальные раритеты, что их нельзя было ни быстро достать, ни где-либо продать. Точно так же, как сейчас, невозможно продать на Арбатской толкучке подлинник "Моны Лизы", написанный Леонардо да Винчи. Эти книги не имели тогда товарной стоимости. Их не могли ни продать, ни купить. Ими мог владеть только один человек во всей стране — сам царь. Для всех прочих этих книг будто не было вовсе.