Полтора года после ухода Мейера из ЭПРОНа его буквально заваливали коллективными и личными письмам, прося вернуться.
К этому времени дух старого ЭПРОНа был сломлен, а в цирке в Ленинграде ставится аттракцион «ЭПРОН». Для него сделали «громадный аквариум, во всю арену, высотой три метра. В этот аквариум будут спускаться водолазы и проделывать разные водолазные работы: рубка, пилка под водой и резка металлов; в заключение всплывает подлодка, при этом чтец зачитывает историю ЭПРОНа и его достижения. Из пушки в публику будут стрелять листовками с силуэтами поднятых кораблей..» (из письма инженера ЭПРОНа Ф.А Шпаковича А.Н. Мейеру).
Между тем на бывшего начальника ЭПРОНа было совершено покушение, оформленное как автомобильная авария (по крайней мере так считал сам Мейер). Лев Николаевич и адъютант Шишунов были тяжело ранены. Шофёр благополучно выпрыгнул. Машина перевернулась несколько раз. Адъютант остался инвалидом. Вскоре произошло отравление Мейера на квартире М.П. Фриновского. Во всех случаях выручал и спасал в то время известный военврач П.В. Мандрыка, верный друг Льва Николаевича и его постоянный спутник на охоте (госпиталь имени Мандрыки — в Москве, на углу Старого Арбата и Серебряного переулка).
В 1923–1930 годах Лев Николаевич, руководя ЭПРОНом, был одновременно начальником Особого отдела Московского военного округа. Его заместителем был М.П. Фриновский, впоследствии, уже в качестве заместителя наркома Ежова, подписавший ордер на арест Л.Н. Захарова-Мейера.
После опалы 1930 года Мейер проживает то в Ташкенте, то в Саратове, где служит в территориальных органах НКВД. В 1934 году у руководства НКВД вдруг появляется идея назначить Мейера начальником пожарной охраны СССР, которая тогда тоже входила в состав НКВД. Спустя некоторое время Мейера назначают заместителем начальника ГУЛАГа. Всё это время Мейер настойчиво просит руководство НКВД отпустить его на учёбу. И тут ему препятствует Ягода. Тогда Мейер пытается вернуться в ЭПРОН. Но получает отказ. Однако Мейер всё же добивается своего и поступает в Военную академию имени М.В. Фрунзе, которую успешно оканчивает в 1935 году. Вскоре ему присваивают звание корпусного комиссара.
Последний период жизни — гражданская война в Испании. Вот сведения из письма Советского комитета ветеранов войны: «Участников войны в Испании осталось мало. Из опросов товарищей установлено, что ответственный за отправку кораблей из Одессы и Севастополя был тов. Мейер. Лиц, которые с ним работали и лично знали его, нет».
Дети Льва Николаевича до сего дня сохранили испанскую пилотку отца. По предположениям детей, Лев Николаевич был в Испании дважды — во второй половине 1936 года, возможно, на подводной лодке. Вполне возможно, что как чекист, имевший практический опыт работы с золотом, Мейер курировал именно этот вопрос и в Испании. По-видимому, именно он занимался и доставкой золотого запаса Испании в СССР, в особенности его последней партии, которая переправлялась в чрезвычайно сложных условиях.
По воспоминаниям племянницы Мейера О.Т. Леонтьевой, вскоре после возвращения в СССР, 9 июня 1937 года, Мейера арестовали прямо в поезде. Жена и дочь напрасно встречали его на вокзале. Никто из вагона не вышел. При обыске в квартире Мейера нашли карты пограничных с Польшей районов, сделанные им для дипломной работы в академии Фрунзе. При обыске исчезла и весьма загадочная рукопись Мейера «Тёмно-голубая бездна». По другим сведениям, рукопись именовалась «Тёмно-голубой мир». Известно, что редактором её был сам Максим Горький. В ней описывалась работа ЭПРОНа и вполне могли быть сведения об истинных событиях, связанных с «Принцем». Из всего архива Мейера уцелела только небольшая статья о подъёме L-55, опубликованная в журнале ВМФ «Советский моряк» (1959, № 4, 5).
Но Ягода по какой-то причине не успел уничтожить Мейера или не захотел этого сделать. Мейер был осужден, уже в бытность руководства НКВД Ежовым, Особым совещанием 10 августа 1937 года и сразу же расстрелян «за оскорбление суда действием». Ни одного протокола следствия он так и не подписал. Согласно протоколу, расстрел был произведён во дворе внутренней тюрьмы на Лубянке. От случайных свидетелей родственники узнали, что расстрелянный шпион и враг народа наутро ещё «валялся во дворе внутренней тюрьмы — совершенно седой, с белыми усами и бородой». Мейеру было всего 38 лет. Жена и дети свидетельствуют, что ещё в мае того же 1937 года, когда они видели его, Лев Николаевич был ярким брюнетом..
Правомерен вопрос, почему же сегодня, по прошествии стольких лет, руководство ФСБ (преемника тогдашнего ОГПУ) хранит тайну золота «Принца», если оно было действительно найдено и поднято?