Появление Эль-Ниньо у берегов Южной Америки, а не в других акваториях мирового океана связано, по-видимому, кроме размеров Тихого океана (масштабность явления), с большим потоком протонов и позитронов, в несколько раз превышающим поток электронов, и особенностью места. Высыпание происходит по геомагнитному экватору, который в этом районе отклоняется на 10–15° к югу от земного экватора. Прогрев атмосферы и океана происходит не в экваториальной зоне, как в других местах высыпания частиц, а в районе с меньшей и зависящей от сезона температурой. Эффект потепления, следовательно, более значим, и его влияние на погоду сильнее.
Для жителей тихоокеанского побережья Южной Америки исключительно большое значение имеет холодное Перуанское течение, называемое еще течением Гумбольдта. Оно продвигается вдоль побережья Чили и Перу от 45° до 4° южной широты с небольшими скоростями 0,8–1,9 км/ч и переносит 15–20 млн м3 воды в секунду.
Анды, стеной простирающиеся вдоль южноамериканского побережья Тихого океана, преграждают путь влажным западным ветрам, и поэтому вдоль их подножия простирается длинная, узкая и безводная пустыня Атакама. Среднегодовое количество осадков здесь не превышает 25 мм. Неудивительно, что панорама побережья унылая и однообразная: в ней преобладают сизые и кофейные тона.
Вследствие подъема из глубин больших масс воды, обогащенных солями азота и фосфора, воды Перуанского течения чрезвычайно богаты планктоном, который служит пищевой базой для маленьких рыб аншуа, или анкобетас, как ее называют местные рыбаки. Эта рыбка, в свою очередь, является обильной продовольственной основой для других рыб, морских млекопитающих и бесчисленных птиц-рыболовов — корморанов, чаек, пеликанов, альбатросов и прочих.
Биологи подсчитали, что на квадратный метр скалистого побережья островов и прибрежных гор в среднем приходится до трех гнезд птиц. А если принять, что в каждом гнезде обитает до четырех птиц, то на одну десятую гектара площади приходится до 12 000 птиц. Местные жители свято берегут птиц из-за гуано — всемирно знаменитых отложений птичьего помета, богатых азотистыми и фосфорными солями. Этот продукт, являющийся высокоценным удобрением, — основная статья дохода жителей побережья. Люди не убивают птиц, не разоряют их гнезд, не трогают птичьи яйца. Высушенный солнцем и сухим воздухом здешних мест, гуано образует отложения до 30 м толщиной, которые разрабатываются с XIX века. Среднегодовая добыча составляет 200 000 тонн гуано.
Вблизи Эквадора навстречу Перуанскому течению движется слабое теплое течение Эль-Ниньо, вклиниваясь между Перуанским течением и южноамериканским побережьем. Скорость его до 1 км/ч, соленость 35 %о, а температура поверхности — 26–28 °C. Обычно это течение доходит до 5–6° южной широты, а около мыса Агуха полностью исчезает.
Но раз в несколько лет (3, 5, 7 или 30 лет) Эль-Ниньо вдруг набирает силу и, отжимая от берега Перуанское течение, проникает далеко на юг, до 13–14° южной широты. Это происходит, как правило, на Рождество, почему оно и получило свое название Эль-Ниньо (Младенец). Однако последствия «поведения» этого течения не подтверждают его ласкового названия. Так, в 1982–1983 гг. от деятельности Эль-Ниньо пострадали не только Эквадор и прилегающие к нему страны, но и Южная Африка и Австралия. Более того, некоторые ученые полагают, что это течение повинно в гибели древней цивилизации Перу, так как, по данным палеоклиматологии, в 600 и 1100 годах н. э. на эти районы обрушились сокрушительные засухи, а побережья испытали страшные наводнения.
В это время температура прибрежных вод поднимается на 3–5 °C, а в отдельные годы (например, 1982–1983) — даже на 7–8 °C. Это повышает и температуру воздуха океанских бризов, что приводит к резким климатологическим изменениям. На побережье обрушиваются проливные дожди; величина осадков достигает 400 мм, или 400 литров на 1 м2. С Анд на тихоокеанское побережье обрушиваются страшной силы ураганные ветры, которые вместе с тропическими ливнями смывают в океан плодородные почвы с больших площадей. Когда облака на время отступают, появляются закрывающие солнце тучи москитов, бабочек, жуков и других насекомых. Плюс ко всему — размытые дороги, снесенные мосты, расплывшиеся глинобитные постройки, появляющиеся тотчас же тропические эпидемические болезни. Все это — катастрофические последствия «фокусов» Эль-Ниньо.
Не менее страшно положение и в океане. Холоднолюбивые рыбы или уходят от теплой воды, или погибают. Океанская поверхность, берег, пляжи покрываются мертвой рыбой. От разлагающейся рыбы выделяется в огромных количествах сероводород, который, как сильный восстановитель, связывает растворенный в воде кислород, что еще более усугубляет мор всего живого. Тяжелый, смердящий запах разносится на десятки, сотни километров. Вода становится темно-синей, днища кораблей чернеют, отчего это течение зовут Кальяо-маляр — художник из Кальяо, порта, где воздействие этого газа наиболее ощутимо. Таким плотным, трудно удаляемым слоем покрываются не только днища кораблей, но и прибрежные скалы, постройки.