Начались значительные изменения в руководстве КПСС. Ушли в отставку наиболее одиозные фигуры из окружения Л. И. Брежнева. Развернулась борьба с коррупцией, злоупотреблениями, сменялись дискредитировавшие себя партийные руководители на местах. За 1985–1986 гг. было заменено свыше 60% секретарей райкомов и обкомов. К руководству КПСС пришли представители новой номенклатурной элиты: Е. К. Лигачёв, Б. Н. Ельцин, А. Н. Яковлев и другие, понимающие необходимость проведения кардинальных политических и экономических преобразований. Началось переосмысление реального положения общества, переоценка исторического пути, пройденного страной, КПСС взяла на себя ответственность за деформации предыдущих этапов. Началась массовая реабилитация репрессированных деятелей партии и Советского государства, представителей интеллигенции, переосмысление их роли в истории страны. Вместе с тем политическая система общества оставалась неизменной, руководящая роль КПСС как единственной политической партии, авангарда всего народа, сомнению не подвергалась.
Уже в этот период начинаются разногласия среди самих сторонников перестройки. Руководящее ядро партии, сформировавшееся вокруг Горбачёва, менее чем за два года оказалось расколото на противостоящие друг другу группы. Необходимость перемен осознавали все, но понимали эти перемены по-разному.
Первый удар по авторитету М. С. Горбачёва нанёс секретарь Московского горкома партии Б. Н. Ельцин. В сентябре 1987 г. он неожиданно выступил на торжественном Пленуме ЦК КПСС, посвящённом предстоящему празднованию 70-летия Октябрьской революции с резкой речью. Б. Н. Ельцин говорил о медлительности в осуществлении перестройки, критиковал политику секретариата партии и возглавившего его Е. К. Лигачёва, а так же заявил о возникновении в партии «культа личности» М. С. Горбачёва. В заключение он заявил о своей отставке из Политбюро.
Выступление Ельцина показалось присутствующим крайне путанным и непонятным. Участники пленума единогласно его осудили. Б. Н. Ельцин был снят с поста секретаря Московского горкома. Но, как показало время, это выступление было важным политическим шагом. Видя, что экономика страны вступает в полосу потрясений, Б. Н. Ельцин обозначил свою особую позицию, отмежевавшись от М. С. Горбачёва. Тем самым, один из представителей партийной номенклатуры превратился в лидера радикальных сторонников преобразований, приобрёл ореол народного героя и борца с бюрократией.
Лидером другого направления в партии стал Е. К. Лигачёв. Он занимал пост второго секретаря КПСС, отвечал за кадровую политику партии. Лигачёв также говорил о необходимости перестройки, ратовал за борьбу с коррупцией, за наведение порядка, дисциплины, но при этом выступал за сохранение основных параметров социалистической экономики, за сохранение в руках КПСС рычагов управления страной. Даже противники Лигачёва признавали его честность, высокую нравственность, убеждённость, но объективно его позиция становилась всё более и более консервативной. Е. К. Лигачёв был одним из вдохновителей «антиалкогольной кампании», выступал в защиту социализма, против очернения исторического прошлого страны. По мере углубления преобразований он всё более и более становился в оппозицию политике М. С. Горбачёва.
Следующий этап, 1987–1988 гг., можно охарактеризовать как этап, проходящий под лозунгом «больше демократии», в котором классовое понятие демократии было заменено общечеловеческим (либеральным) пониманием. Так как в существовавшей системе управления ведущую роль играла КПСС, то и реформу начала она. В этот период происходят кардинальные изменения в политической системе общества. В июне-июле 1988 г. прошла XIX Всесоюзная партийная конференция, определившая пути преобразований. Основным направлением провозглашалась передача власти от партийных органов Советам народных депутатов, обеспечение полновластия Советов всех уровней. Высшим органом власти в стране провозглашался съезд народных депутатов СССР (в республиках – республиканские съезды). Съезд избирал из своего состава постоянно действующий, двухпалатный Верховный Совет СССР и его председателя. Соответственно республиканские съезды избирали – Верховные Советы республик.
Конференция предложила проект нового закона о выборах, который был принят в декабре 1988 г. Выборы впервые в истории советского общества стали альтернативными (из нескольких кандидатур). Отменялись всякие разнарядки при выдвижении кандидатур в депутаты (ранее соблюдалось пропорциональное представительство всех классов). Вместе с тем решения конференции носили половинчатый характер, обеспечивали сохранение власти в руках КПСС (одна треть депутатов съезда избиралась от общественных организаций – КПСС, профсоюзов, комсомола и других, предусматривалось совмещение постов Председателей Советов всех уровней и соответствующих партийных руководителей, при условии избрания их в эти советы).