Крепость Троице-Сергиева монастыря являлась примером стойкости и мужества для других подмосковных сторожей. В 1611 - 1612 годах здесь составляли и размножали грамоты с призывом к общенародной борьбе с интервентами. Копия одной из таких грамот представлена в экспозиции музея.
В составлении подобных грамот принимал участие и архимандрит Троицкого монастыря Дионисий. В музее хранится серебряная чарка, вложенная в память об осаде крепости Дионисием и Авраамием Палицыным. Палицын был также автором «Сказания» о защите крепости - значительного литературного произведения начала XVII века.
Наконец в 1618 году интервенция окончилась. В селе Деулине было заключено перемирие с Польшей сроком на 11 лет. В память этого знаменательного события была построена деревянная церковь.
Монастырь-феодал XVII века
После окончания интервенции хозяйство монастыря быстро восстанавливается. Вступившая на престол династия Романовых подтвердила прежние права и феодальные привилегии Троицкого монастыря. Уже к середине XVII века его богатства приумножились.
В экспозиции музея приводится диаграмма владений крупнейших феодалов, составленная по данным 1641 года. Троице-Сергиев монастырь по количеству принадлежащих ему крестьянских дворов (16 811) по этой диаграмме занимает первое место. Его богатства намного превышали владения Романовых (7689 дворов) и патриарха (6481 двор).
Из описи монастырского имущества 1641 года видно, что только наличных денег, поступивших в монастырскую казну от богомольцев, было 13 861 рубль. Деньги молящихся собирали в специальные медные кружки. Одна из таких позолоченных кружек представлена в музее.
В монастыре было обилие разных продуктовых припасов. Одного только хлеба в житницах насчитывалось 19 044 четверти. В погребах хранилась рыба разных пород, мед, пиво, квас.
Все эти богатства лишний раз свидетельствовали, что жизнь троицких монахов была далека от данных ими обетов «проводить жизнь в посте и лишениях».
Восстановление хозяйства и рост богатств монастыря происходили за счет усиления эксплуатации народа. Монастырские крестьяне находились в самом тяжелом положении среди других категорий зависимого населения. Ответом на усиление гнета явились частые побеги. Чтобы возвратить беглых крестьян, монастырь вел большое количество судебных дел. В подмонастырском селе Клементьеве была построена специальная тюрьма, подчиненная Московскому разбойному приказу. В ней содержались крестьяне-«бунтовщики». В связи с тем что троицкие крестьяне принимали участие в восстании под предводительством Степана Разина, существовало предание, что «у Троицы под горой» Разин будто бы был закован в кандалы и посажен в тюрьму.
Установление абсолютной монархии в России и церковная политика Петра I
Конец XVII века в России отмечен дальнейшим укреплением самодержавной власти, завершившимся в первой половине XVIII века созданием новой формы правления - абсолютной монархии. Этот процесс происходил в обстановке дальнейшего обострения противоречий в среде правящих классов.
В эти годы Троице-Сергиев монастырь вновь оказался в центре политических событий. Как первоклассная подмосковная крепость, он был использован Петром I в 1682 и 1689 годах для борьбы с восставшими стрельцами.
В 1682 году во время восстания стрельцов их начальник князь Хованский хотел воспользоваться смутой, чтобы возвести на престол своего сына Андрея. В эти опасные для царствующего дома дни за монастырскими стенами Троицы укрылись малолетние цари Петр и Иван с приближенными людьми. После раскрытия заговора Хованский и его сын были казнены в селе Воздвиженском в 10 километрах от монастыря.
Организовав в 1689 году заговор против Петра, царевна Софья - правительница государства - решила опереться в своей борьбе за власть на стрельцов. Юный Петр бежал в монастырь. Сюда же пришли верные ему стрелецкие полки. Покинутая своими сторонниками, в монастырь отправилась и Софья. Ее остановили в селе Воздвиженском, а потом вернули в Москву.
Сохранилось предание, что после подавления заговора в подвалах трапезной Троице-Сергиева монастыря в присутствии Петра допрашивали начальника стрелецкого приказа Федора Шакловитого, который затем был казнен вместе с другими заговорщиками.
Однако, став единоличным монархом и проводя церковные реформы, Петр I не пощадил и монастырь, введя много ограничений, коснувшихся и Троицы. Так, было ограничено пострижение в монахи, в фонд государства было изъято некоторое количество церковных земель. Монастырям вменялось в обязанность содержать на свой счет школы, богадельни, инвалидов войны, что вызывало протест со стороны духовенства.