С 1991 года Подберезкин являлся советником и руководителем группы консультантов вице-президента РФ Александра Руцкого. Ельцин в 1991 году не мог не учитывать растущую популярность "русской идеи". По этой причине он был вынужден предложить на пост вице-президента РФ героя афганской войны летчика-генерала Руцкого. Ошибочность такого альянса довольно скоро стала очевидна. В конфликте президента РФ и Верховного Совета Руцкой стал на сторону оппозиционеров, которые в основе своей состояли из прокоммунистически настроенных депутатов и националистов. Позиция Руцкого была логическим следствием того, что его помощником был глашатай "русской идеи" Подберезкин. Этот проект КГБ завершился в 1993 году арестом Руцкого и разгромом Верховного Совета. Но агент госбезопасности Подберезкин вышел сухим из воды.
В 1992 году Подберезкин возглавил созданную на базе РАУ международную неправительственную научно-исследовательскую организацию "РАУ-Корпорация", издававшую ежемесячный научно-аналитический журнал "Обозреватель – Observer". Уже в первом его номере в числе авторов журнала отметился бывший начальник внешней разведки (ПГУ КГБ СССР) и последний (исполняющий обязанности) руководитель КГБ СССР Леонид Шебаршин. В редакционную коллегию журнала вошли также бывший подчиненный Бобкова генерал-майор КГБ Валерий Воротников (с 1992 года являвшийся заместителем директора СБ группы "Мост") и Алексей Большов, начинавший свою служебную карьеру в 7-м отделе 5-го управления КГБ.
РАУ и "РАУ-Корпорация" позиционировали себя как центр "оппозиции либерально-демократическому прозападному курсу правительства России". Об этом было буквально сообщено на сайте "МГИМО", институте, коллаборирующем с РАУ и "РАУ-Корпорация":
"В 1990–1991 годах с группой единомышленников – ученых, политиков, дипломатов, военных [Подберезкин] создал общественную международную неправительственную организацию "Российско-американский университет", в дальнейшем преобразованный в "РАУ-Корпорация", которая, по признанию отечественных и зарубежных экспертов, стала ведущим научно-аналитическим центром оппозиции либерально-демократическому прозападному курсу правительства России".
В 1994 году Подберезкин стал учредителем фонда "Духовное наследие", на основе которого в том же году было создано одноименное Всероссийское общественно-политическое движение (ВОПД), в правление которого вошел Большов. Воротников был введен в состав научно-исследовательского совета ВОПД. Тогда же началось тесное сотрудничество Подберезкина с лидером КПРФ Геннадием Зюгановым.
На учредительном съезде движения "Духовное наследие", состоявшемся в мае 1995 года, Подберезкин был избран председателем центрального совета движения. Первым заместителем председателя стал Александр Коровников, полковник запаса внутренних войск МВД, президент Научно-исследовательского центра социальной защиты военнослужащих. Заместителями Подберезкина были президент консорциума "Славянский посад" Валерий Тарасов; генеральный директор издательского агентства "Обозреватель" и главный редактор издаваемого "РАУ-Корпорация" журнала "Обозреватель – Observer" Владимир Штоль; Воротников, занимавший теперь должность генерального директора Агентства экономической безопасности "Взор"; бывший заместитель командующего пограничными войсками, капитан I ранга, народный депутат России (до 1993 года) Евгений Алаев. Председателем исполкома движения стал исполнительный президент "РАУ-Корпорация" Александр Луньков, в 1980-е годы бывший заместителем председателя КМО СССР и секретарем Советского комитета солидарности стран Азии и Африки.
В центральный совет движения (44 человека) были избраны также председатель ЦК КПРФ Зюганов; заместитель председателя Государственной думы Селезнев, директор Института региональных проблем Максим Дианов и другие. В думских выборах 1995 года представители "Духовного наследия" участвовали в составе избирательного объединения КПРФ. В Думу прошли Зюганов, Селезнев, Подберезкин, Коровников, Тарасов и Воротников.
Актив "Духовного наследия" составил основу инициативной группы, выдвинувшей 9 января 1996 года председателя ЦК КПРФ Зюганова кандидатом в президенты России. Выдвижение от непартийной группы необходимо было Зюганову для того, чтобы заявить о себе как о представителе не одной только КПРФ, а широкой коалиции "народно-патриотических сил". С этой целью был образован "Народно-патриотический союз России" (НПСР). Подберезкин входил в число инициаторов создания НПСР и являлся сопредседателем этого союза. Освещением избирательной кампании Зюганова занимался пресс-центр движения, созданный в феврале 1996 года под руководством Дианова.