Именно при Гусейнове 19–20 января 1990 года в Баку в связи с произошедшими там 13–19 января погромами, в результате которых погибли десятки армян, были введены части советской армии и спецподразделений КГБ СССР. После начала этой операции число жертв оказалось еще больше. В заявлении комиссии Верховного Совета Азербайджанской ССР по расследованию событий тех дней говорилось:
''В ночь с 19-го на 20 января 1990 года в городе Баку совершена страшная по своей жестокости преступная акция, приведшая к массовой гибели мирного населения... В операции были задействованы крупные формирования сухопутных, военно-морских, военно-воздушных и воздушно-десантных войск Союза ССР, а также войск специального назначения КГБ и МВД СССР. Ввод указанных воинских частей и соединений в город Баку сопровождался антигуманными, жестокими действиями со стороны военнослужащих, жизни лишались все, кто попал в поле зрения, обстреливались жилые дома и медицинские учреждения, давились танками машины ''скорой помощи'', проезжавшие мимо и стоявшие на обочине автомобили, добивались раненые, расстреливались медицинские работники при оказании неотложной помощи на местах.
По предварительным данным, на сегодняшний день убито 168, ранено и получило телесные повреждения 715 мирных жителей, нет сведений о судьбе более 400 человек. В их числе женщины, старики и дети... Многих смерть настигла в квартирах, подъездах домов, в автобусах и на рабочих местах. По сей день продолжают поступать сведения о новых жертвах и умирающих от ран. Погибло 28 и ранено более 80 военнослужащих, многие из которых пострадали от рук своих товарищей в результате несогласованных действий командования''.
Наставником Гусейнова в этот период был Бобков, лично прибывший в Баку за неделю до ввода в город войск и спецподразделений КГБ группы "А" ("Альфа").
В марте должны были состояться выборы в парламент Азербайджанской ССР, в ходе которых, несомненно, победил бы Народный фронт (НФА). По наущению Москвы с целью дестабилизации обстановки и появления предлога для введения режима чрезвычайного положения для последующего ареста лидеров НФА и разгона его структур в Баку республиканским КГБ были спровоцированы погромы армян.
После распада СССР и прихода в Азербайджане к власти представителей Народного фронта Гусейнов был арестован и находился под следствием по обвинению в организации взрыва на бакинском телецентре в феврале 1991 года. Некоторое время он содержался в следственном изоляторе. В 1993 году он был освобожден, в феврале 1994 года покинул Азербайджан и обосновался в Москве, где сделал успешную карьеру у Бобкова. В 1996 году Азербайджан потребовал экстрадиции Гусейнова, однако российские власти в экстрадиции Гусейнова Азербайджану отказали.
С 1995 по 1996 годы Гусейнов руководил Аналитическим центром АФК ''Система''. С 1996 по 2001 годы он был президентом АООТ ''Акционерное общества научно технического развития ''Регион'', оставаясь одновременно членом Совета директоров АФК ''Система''. Формально в его подчинении находился тогда бывший председатель КГБ СССР генерал армии Крючков, вышедший из тюрьмы по амнистии. В 1998 году совместно с бывшим комсомольско-партийным функционером Олегом Сергеевичем Кузиным, главным редактором газеты ''Санкт-Петербургские ведомости'', Гусейнов создал информационное агентство ''Росбалт''. В 1998–1999 годах Гусейнов был председателем совета директоров этого агентства.
Под "крышей" Института стратегических оценок и анализа укрылся также бывший начальник 5-го управления КГБ СССР генерал-лейтенант Евгений Иванов, кадровый офицер 5-го управления КГБ Владимир Масленников и его подчиненный по времени службы в 5-м управлении КГБ Валерий Ширяев, старший оперуполномоченный 1-го отделения 3-го отдела, курировавшего МГУ.
В бытность свою офицером 5-го управления КГБ автор этих строк был лично знаком с Ширяевым – через приятеля и коллегу по службе Владимира Пищенко. С Пищенко их сблизило пристрастие к спиртному, в итоге сократившее Пищенко жизнь. Он умер в возрасте 56 лет. Ширяев же по-прежнему в строю и трудится в издательстве "Новой газеты" на должности заместителя директора, являющейся прикрытием, так как он по-прежнему состоит на службе в госбезопасности в качестве офицера действующего резерва ФСБ России.
В числе сотрудников института, подчиненных Гусейнова, было немало людей весьма примечательных. Александр Львович Свечников в 1973 году окончил географический факультет МГУ. Начинал свою службу в 3-м отделе 5-го управления КГБ СССР. В 1987 году стал кандидатом философских наук. В конце 1980-х занимал должность помощника начальника 5-го управления КГБ Евгения Иванова. После коллапса СССР непродолжительное время был сотрудником ФСБ России.