Вскоре после завершения в 1980 году в Москве летних Олимпийских игр во 2-м отделении 5-го управления в соответствии с закрытым постановлением Совета Министров СССР и приказом председателя КГБ СССР были введены должности офицеров действующего резерва в Госкомспорте СССР, Госкомспорте РСФСР и физкультурно-спортивном обществе (ФСО) профсоюзов "Буревестник". В 1988 году должность офицера действующего резерва КГБ была введена во всесоюзном объединении "Союзспортобеспечение".
В ведомствах прикрытия офицеры КГБ занимали должности заместителей руководителей управлений международных спортивных связей, за исключением Всесоюзного объединения (ВО) "Союзспортобеспечение", являвшегося структурным подразделением Госкомспорта СССР, чаще назваемого Спорткомитетом СССР. Так как ведомство Госкомспорт являлось всесоюзным, оно имело соответствующие структуры в союзных республиках. Соответственно, и подразделения Госкомспорта имели аналоги на местах, что относилось и к "Союзспортобеспечению", где офицер госбезопасности занимал должность заместителя генерального директора.
На все указанные должности назначались офицеры КГБ, ветераны 5-го управления, в системе КГБ занимавшие должности заместителей начальника отдела, кроме одной: в "Союзспортобеспечение" был назначен офицер периферийного Иркутского управления КГБ Чемезов, в течение трех месяцев занимавший во 2-м отделении 11-го отдела 5-го управления КГБ СССР должность старшего оперуполномоченного.
Настаивая на переводе в Москву и назначении Чемезова на указанную должность, генерал Кубышкин обосновывал свое решение якобы значительными познаниями Чемезова в области экономики. Откуда заместитель начальника 5-го управления мог узнать о сотруднике 2-го отдела УКГБ по Иркутской области Чемезове, так и осталось тайной. Назначение состоялось вопреки серьезным возражениям со стороны руководства 11-го отдела и кадрового аппарата 5-го управления. Кто-то весьма могущественный помогал Чемезову с начала его карьеры в органах КГБ.
Путин в Москве – начало восхождения к вершинам власти
В августе 1996 года Владимир Путин был переведен из Санкт-Петербурга в Москву на работу в качестве заместителя руководителя администрации президента Российской Федерации. Оказавшись один в незнакомой обстановке, он стал искать, на кого бы он мог опереться в своем становлении в новом для него качестве. Естественно, он не мог не вспомнить о друге и коллеге по совместной командировке в ГДР Чемезове, уже несколько лет работавшем в Москве. Спустя годы, вспоминая о зарубежном периоде их жизни, Чемезов сказал: "К чему скрывать. Мы в одно время с Владимиром Владимировичем работали в Дрездене. Жили в одном доме. Дружили семьями".
Старая дружба, как известно, не стареет. Практически сразу же после вступления в новую должность Путин сумел настоять на переводе Чемезова из ФСБ на работу в администрацию президента РФ. При этом необходимо было решить вопрос о состоянии Чемезова на воинской службе в органах государственной безопасности России. С учетом того, что назначение Чемезова происходило в ускоренном порядке, очевидным является факт оставления его на воинской службе в качестве офицера действующего резерва госбезопасности России с откомандированием в распоряжение администрации президента РФ. Процесс увольнения из ФСБ России занял бы гораздо более длительный период времени. Помимо этого, оставление на воинской службе создавало Чемезову дополнительные гарантии. Сохранялось начисление выслуги лет и, помимо этого, в случае неудачи на новом поприще, оставалось гарантированное место работы.
Факт пребывания Чемезова на военной службе тщательно скрывается по сей день. Его пресс-секретари крайне неохотно сообщают его воинское звание: генерал-полковник. И категорически отказываются называть вид вооруженных сил, к которым относится генерал Чемезов. Хотя в данном случае это секрет Полишинеля. С учетом рода его деятельности он может быть только генералом внешней разведки России, оставаясь при этом в действующем резерве.
В администрации президента РФ Чемезов был назначен на должность руководителя отдела внешних экономических связей. Владимир Путин поручил ему инвентаризацию зарубежной собственности СССР.