Андропов сумел, не участвуя в боевых действиях партизан в Карелии в период ее оккупации гитлеровскими войсками, прославиться как организатор партизанского движения. Бывший первый секретарь Карело-Финского обкома ВКП (б) Геннадий Куприянов, в годы войны член Военного Совета Карельского фронта, организатор подполья и повседневный руководитель подпольных райкомов, вспоминал, что во время войны вопрос об отправке Андропова на работу в подполье ставился несколько раз.
"Но Юрий Владимирович сам не просился послать его на войну, в подполье или партизаны, как настойчиво просились многие работники старше его по возрасту. Больше того, он часто жаловался на больные почки. И вообще на слабое здоровье. Был у него и еще один довод для отказа отправить его в подполье или в партизанский отряд: в Беломорске у него жила жена, она только что родила ребенка. А его первая жена, жившая в Ярославле, забрасывала нас письмами с жалобой на то, что он мало помогает их детям, что они голодают и ходят без обуви, оборвались (и мы заставили Юрия Владимировича помогать своим детям от первой жены). ...Все это вместе взятое не давало мне морального права применить высшую силу, высшее право послать Ю. В. Андропова в партизаны, руководствуясь партийной дисциплиной. Как-то неудобно было сказать: "Не хочешь ли повоевать?". Человек прячется за свою номенклатурную бронь, за свою болезнь, за жену и ребенка".
Нелестные слова об Андропове Куприянов написал после нескольких лет пребывания в тюрьме в связи с так называемым "Ленинградским делом" 1948 года, причем арестован Куприянов был отчасти из-за Андропова.
"В июле 1949 года, – вспоминал Куприянов, – когда руководящие работники Ленинграда были уже арестованы, [Георгий] Маленков начал присылать к нам в Петрозаводск комиссию за комиссией, чтобы подбирать материал для ареста меня и других товарищей, ранее работавших в Ленинграде. Нас обвиняли в следующем: мы, работники ЦК КП... политически близорукие люди, носимся с подпольщиками и превозносим их работу, просим наградить их орденами. А на самом деле каждого из тех, кто работал в тылу врага, надо тщательно проверять и ни в коем случае не допускать на руководящую работу. Кое-кого и арестовать! Я сказал, что у меня нет никаких оснований не доверять людям, что все они честные и преданные партии, что свою преданность Родине они доказали на деле, работая в тяжелых условиях, рискуя жизнью.
Весь этот разговор происходил в ЦК партии Карелии, присутствовали все секретари. Я сказал, ища поддержки у своих товарищей, что вот Юрий Владимирович Андропов, мой первый заместитель, хорошо знает всех этих людей, так как принимал участие в подборе, обучении и отправке их в тыл врага, когда работал первым секретарем ЦК комсомола, и может подтвердить правоту моих слов. И вот, к моему великому изумлению, Юрий Владимирович встал и заявил: "Никакого участия в организации подпольной работы я не принимал. Ничего о работе подпольщиков не знаю. И ни за кого из работавших в подполье ручаться не могу."
…Спорить было бесполезно. Андропов, как умный человек, видел, куда клонится дело, и поспешил отмежеваться. А ведь до этого в течение десяти лет у нас не было с ним разногласий ни по одному вопросу... В 1950 году, после моего ареста, некоторые из подпольщиков были арестованы, некоторые сняты с работы по инициативе Ю.В. Андропова. Их всех огульно подозревали. Андропов очень быстро приспособился к обстановке, получил большое доверие Маленкова, Берии и Ко. Именно “за решительное выкорчевывание куприяновщины, ликвидации вредительской деятельности Куприянова и разоблачение приверженцев Куприянова" Андропов спустя год после моего ареста пошел на повышение, добрался до большой власти".
История ареста Куприянова стала классическим примером сталинских расправ с номенклатурными партийными работниками и военными. 15 марта 1950 года Куприянов был арестован и этапирован в Москву, через два дня заключен в Лефортовскую тюрьму, где подвергался допросам, избиениям и пыткам. В октябре 1950 года следствие завершилось и Куприянов был приговорен к высшей мере наказания, но вскоре получил отсрочку из-за отклонения Сталиным требования Маленкова о расстреле. Был помещен в камеру смертников. 17 января 1952 года Военная коллегия Верховного суда СССР приговорила Куприянова к 25 годам исправительно-трудовых работ с конфискацией всего имущества. Куприянов был отправлен в Интинский лагерный пункт №5 (Коми АССР).
