Оценка советскими военными и спецслужбами о положении дел в Афганистане и афганской армии была противоречивой, и, несмотря на это, доносилась руководству СССР. Не сгладил противоречий даже приезд в Кабул Пономарева. На одном из совещаний с его участием дело дошло до того, что советские участники совещания – представители армии и КГБ, как вспоминал Заплатин, "друг друга готовы были взять за грудки".
Амин чувствовал, что за его спиной происходит неладное. В попытке изменить ситуацию он написал даже письмо Брежневу с просьбой о встрече. Горелов писал:
"Перед [моим] отлетом в Москву на Политбюро ночью меня вызвал к себе Амин, с которым мы расстались за несколько часов до этого.
– Пожалуйста, – попросил он, – передайте письмо Брежневу…
По прибытии в Москву я отдал его начальнику Генштаба. Письмо распечатали, прочитали.
– Амин предлагал Брежневу встретиться в любой точке. Но дошло оно до Леонида Ильича или нет, не знаю".
В сентябре 1979 года Горелова вызвали в Москву на заседание Политбюро для обсуждения вопроса о вторжении в Афганистан. Генерал армии Иван Павловский, который в то время инспектировал работу советников в Афганистане, располагал достаточной информацией о ситуации в Афганистане, но Брежнев решил послушать мнение "низов". Начальник Генштаба Николай Огарков категорически утверждал, что "ввод советских войск невозможен".
Павловский и Горелов также были против. Все трое прибыли на совещание к Брежневу. В кабинете присутствовали Андрей Громыко, Дмитрий Устинов и Пономарев. Брежнев попросил доложить об обстановке в Афганистане. "Ответьте, войска надо вводить или нет?" – спросил Брежнев Горелова. "Нет, Леонид Ильич... Если введут наши войска, американцы усилят помощь антиафганским формированиям. Снабдят их техникой, оружием, советников пришлют и вторгнутся в Афганистан... Наша армия не готова драться в горах. Она не знает, что это такое... Советский Союз понесет огромные материальные и человеческие потери. Наши ребята будут воевать первым эшелоном, а афганцы вторым".
Горелова выслушали и попросили удалиться в соседнюю комнату. После него докладывал представитель КГБ в Кабуле генерал-лейтенант Борис Иванов. Когда Огарков, Павловский и Горелов ехали обратно, Огарков сказал: "Мы проиграли". "Я догадался, что Брежнев принял сторону кагэбиста Иванова, который рьяно выступал за ввод войск", – вспоминал Горелов.
Именно Иванову советское правительство поручило руководить со стороны КГБ операцией по уничтожению Амина. Шах Вали, министр иностранных дел Афганистана при Амине, вспоминал, что при штурме дворца случайных жертв было много: "К моменту штурма во дворце кроме афганцев находились ваши медики, переводчики, а также советники из КГБ, отвечавшие за безопасность Амина... Погибла моя жена. Убили маленьких сыновей Амина, а его дочь ранили. Убили и еще многих".
При этом генерал Заплатин сделал очень интересное наблюдение, касающееся семьи Амина:
"Даже после штурма дворца, в ходе которого погиб сам Амин и двое его сыновей, его жена вместе с двумя оставшимися в живых дочерьми и младшим сыном никуда не пожелала ехать, кроме Советского Союза, заявив, что ее муж был другом Советского Союза и она поедет только в эту страну. Так она и поступила. После штурма дворца Амина много говорилось, что он является агентом ЦРУ, но доказать ничего этого не удалось, да и заранее было понятно, что все это ложь... Лучших своих учеников лицея, где он был директором, а также своих родственников, Амин стремился направлять на учебу не в США, Германию, а только в Советский Союз. Поэтому не случайно среди афганских офицеров из числа халькистов было в два-три раза больше со знанием русского языка, чем среди офицеров из числа парчамистов".
После советского военного вторжения в Афганистан в КГБ были созданы специальные подразделения, которые были подчинены 8-му отделу ПГУ КГБ. В частности, 19 августа 1981 года Андропов подписал приказ о формировании в составе КГБ подразделения специального назначения – Отдельного учебного центра (ОУЦ) КГБ СССР, более известного как группа специального назначения "Вымпел". В составе этого нового формирования были созданы оперативно-боевые отряды "Каскад" и "Омега". Эти подразделения находились в подчинении начальника управления "C" Дроздова и начальника 8-го отдела ПГУ полковника Киселева.