Изгнанный с заседания начальник штаба счел за благо просто удалиться из города, обратившись в простого пассажира, не сдав дел и не особенно озаботившись поиском преемника. В поступке офицера чувствовалась неприкрытая обида. Впоследствии этот факт заставил командиров судов Каспийской флотилии перенести много волнений.
Начальником отряда действующих кораблей был назначен капитан 2-го ранга Макаров, которому весь последний день эвакуации пришлось находиться на внешнем рейде, обстреливая из орудий окрестности, из которых красные продолжали свои атаки на Петровск. Все, что могло держаться на воде, выводилось из порта, и ночью последним вышел «Президент Крюгер» с адмиралом Сергеевым и генералом Драценко на борту. Когда корабль вышел на рейд, адмирал потребовал капитана Макарова к себе и приказал остаться на Каспии за него, чтобы давать распоряжения остававшимся судам, а сам на «Крюгере» сейчас же ушел в Баку. На рейде в то время находилось до сорока кораблей, и половина из них не могла двигаться сама. Из боевых кораблей также не все могли двигаться, поскольку их зимний ремонт еще не был полностью завершен. Коммерческие пароходы, нагруженные разнообразными грузами, пытались ускользнуть в Баку, и дежурившим маломерным судам Белого флота приходилось выстрелами их останавливать. В порту Петровска тем временем раздались сильные взрывы — на железнодорожных путях рвались вагоны со снарядами, подожженные частями ВСЮР при их отходе. Вагонами с боеприпасами были забиты все железнодорожные пути. Взрывы оказались настолько сильными, что корабли, находившиеся в радиусе трех миль от порта, при каждом новом разрыве вздрагивали всем корпусом. В непосредственной близости к порту Белой флотилии была поставлена задача: затопить один пароход во входном канале, что было успешно проделано несколькими офицерами и матросами с флагманского корабля, несмотря на страшные взрывы и непрекращающийся обстрел большевиками с суши.
На следующий день, получив приказ по радио от адмирала Сергеева, капитан Макаров приказал Белой флотилии следовать в Баку, куда благополучно все прибыли некоторое время спустя. Через день на шхуне туда прибыл и капитан 2-го ранга Борис Николаевич Бушен. Его корабль стал на якорь на внешнем рейде против острова Нарген. Контр-адмирал Сергеев снова созвал в кают-компании всех командиров судов и объявил, что по его сигналу на всех кораблях должны быть спущены Андреевские флаги, после чего вслед за флагманским кораблем всем остальным войти в Бакинскую гавань, где азербайджанские власти должны были принять русские корабли и поставить на них свою охрану. Адмирал объявил своим офицерам, что все орудия, запасы и все флотское имущество будет продано Азербайджану. Личный состав, кто пожелает, может остаться на службе у Азербайджана, кто же не захочет служить, тому азербайджанскими властями будут выданы деньги, и он может ехать на все четыре стороны. Почти все командиры заявили Сергееву, что такого приказания они не исполнят, Андреевский флаг ни перед кем не спустят, а оружие свое никому не продадут, тем более Азербайджану, который всегда противодействовал Добровольческой армии, и теперь, после ее очевидного поражения, не замедлил снестись с большевиками, предлагая им самые добрососедские отношения. Адмирал пытался грозить офицерам, но вскоре увидел полную безуспешность своих угроз и удалился к себе в каюту, приказав спустить свой адмиральский флаг.