Вскоре в Омск прибыли 20 британских шестифунтовых орудий и долгожданные снаряды к четырехдюймовым орудиям. Шестифунтовыми орудиями решено было вооружить «Зайсон» и 2-й дивизион, установив на него четыре орудия, оставив по одному на все прочие свои суда. «Катунь» и «Алтай» было решено вооружить двумя британскими двенадцатифунтовыми орудиями, прибывшими в Россию сложными путями из Кента, которые устанавливались на носу судна и дополнялись 4,7-дюймовыми орудиями на корме. «Ермак» и «Урал», суда того же типа, должны были вооружаться в Томске с той разницей, что вместо двенадцатифунтовых орудий на них должны быть установлены трехдюймовые полевые. Вооружение «Зайсона», «Катуни» и «Туры» продолжалось около десяти дней, после чего Верховный правитель адмирал A. B. Колчак сделал смотр кораблям и батальону одновременно. Смотр прошел удачно. Колчак остался доволен увиденным и был впечатлен подготовленностью морских офицеров. По иронии судьбы, буквально на следующий день после смотра штабом флотилии было получено известие о том, что «Иртыш» и «Александр» захвачены большевиками, а Николай Рудольфович Гутан и все находившиеся с ним на судах экипажи убиты.
В начале сентября 1919 года «Катунь» вышла вниз по реке, держа путь к Тобольску. На корабле туда отправились начальник штаба, лейтенант резерва британского флота, награжденный национальной медалью «За заслуги» Дмитрий Николаевич Федотов и флаг-поручик по адмиралтейству Михаил Иванович Запрудин. Пулеметным офицером «Катуни» был поручик Антон Павлович Василевский. Ставкой командиру «Катуни» были даны инструкции, что цель флотилии, главным образом охранять движение каравана барж, шедшего с большим количеством военного снаряжения с устья реки Оби в Томск, а также охранять подступы к Омску. Мысль о скорой сдаче Тобольска ставкой тогда не допускалась.
Из Усть-Ишима, куда добрались суда флотилии, экипажем «Катуни» была поддержана небольшая операция по высадке десанта у деревни Новой, где несколько большевиков вместе с местными жителями отрезали обоз Воткинской дивизии. В этом десанте участвовал и экипаж парохода «Зайсон». На берег высадилась комендантская команда Воткинской дивизии и добровольцы с «Зайсона». По дороге к деревне Новой на «Катунь» были взяты несколько солдат Воткинского обоза, усилившие собой эту десантную операцию. Большевики тем временем уже подступили к Усть-Ишиму и действительно двигались по Ишимскому тракту. Флотилия отступила к Таре. Само отступление заняло у нее дня три-четыре.
Придя в Знаменское, суда задержались там всего на несколько часов и вскоре пришли в Тару. Из Тары командир «Катуни» связался с командованием и попросил, чтобы прислали хотя бы какое-нибудь подкрепление, а также придали флотилии батальон морских стрелков для десантных операций. В ставку было направлено донесение с указанием важности защиты тобольского направления, а также описанием Воткинской дивизии, в котором подчеркивалась полная невозможность что-либо сделать без подкрепления. В ответ на него пришла телеграмма, что из всех войск, действующих в тобольском направлении, уже образуется тобольская группа. Командовать группой назначается генерал Редько. С генералом Редько идет пополнение Воткинской дивизии в составе 600 человек, местный полк в составе 1200 человек и Егерский батальон морских стрелков.
Но эти поспешные переформирования уже не могли повлиять на общую обстановку на фронте, а тем более существенно поддержать флотилию, да и сама она едва ли могла повлиять в лучшую сторону на перемены на тобольском направлении. Ее успешные действия под Тобольском и на Иртыше были остановлены наступавшими холодами, вынудившими всю Обь-Иртышскую флотилию отправиться в порт Томска. Там флотилия оказалась в невольной ловушке, ибо после катастрофы на всех фронтах корабли, стоявшие у городской пристани, были атакованы и захвачены большевиками и сочувствующими, яростно набросившимися на команды Белой флотилии и, в силу численного превосходства, подавившими их сопротивление без пощады. Около Красноярска уже в январе 1920 года большевики окружили отступавшую группу морских офицеров, среди которых был и сам командующий флотилией, капитан 1-го ранга Петр Петрович Феодосьев. В ходе неравного боя красные захватили в плен немногих уцелевших моряков, а сам командующий был ими убит. Отдельные офицеры флотилии, которым посчастливилось избежать большевистского плена, путем невероятных приключений, почти всегда сопряженных с риском для жизни, добрались до Дальнего Востока, где белая борьба уже вступала в свою заключительную фазу.