26 мая 1921 года объединенными усилиями антибольшевистских организаций во Владивостоке был произведен переворот. Восставшие в городе каппелевцы получили подкрепление: со стороны моря на барже, шедшей на буксире катера, показался десантный отряд под командой капитана 2-го ранга Алексея Васильевича Соловьева. Этот отряд, состоявший исключительно из моряков, был встречен сильным ружейным и пулеметным огнем с большевистских судов. Впрочем, все же очень скоро, несмотря на понесенные потери, отряд умудрился высадиться у памятника адмиралу и путешественнику Невельскому и постепенно овладел городским портом. Через два дня во Владивостоке снова воцарилось полное спокойствие. Командующим Белыми войсками и флотом был назначен генерал-лейтенант Вержбицкий, а командующим Сибирской флотилией — отважный капитан 2-го ранга Соловьев. В период, последовавший за переворотом, Сибирская флотилия насчитывала 25 судов.
18 июня 1921 года вступил в командование Сибирской флотилией прибывший во Владивосток контр-адмирал Георгий Карлович Старк. Командующий флотилией созвал военный совет под своим председательством для обсуждения текущего положения дел и выработки программы совместных действий гражданской администрации, сухопутных сил и флота на Дальнем Востоке. В состав совета вошли два контр-адмирала: Вениамин Иванович Подъяпольский, оставшийся во время будущей эвакуации в городе, и Василий Викторович Безуар, ушедший вместе с эскадрой Старка и обосновавшийся впоследствии в Китае. Был приглашен и инженер-механик генерал-лейтенант Андрей Иванович Ухлин. Вместе с ним в совет вошли военный инженер, полковник морской строительной части в Либаве в годы Первой мировой войны Александр Иванович Ярон и три капитана 1-го ранга: Александр Николаевич Пелль, оставшийся в РСФСР и погибший в лагерях в 1930-е годы, Николай Георгиевич Фомин, бывший начальник команды ледоколов на озере Байкал, входивший в окружение атамана Семенова и доживавший остаток дней своих на Австралийском континенте, и Николай Сергеевич Харин, успешно воевавший в составе Сибирской флотилии с 1918 года. В состав совета был принят и старший лейтенант Георгий Семенович Серебренников.
После совещаний и обсуждений дальнейших шагов флота командующий Сибирской флотилией контр-адмирал Старк отдал по флотилии приказ, закончив его требованием от всех чинов флота и Морского ведомства полного подчинения, забвения личных интересов и спокойной и дружной работы на общее благо. Это позволило вывести флотилию из сферы политических распрей, царивших во Владивостоке, и заняться текущей флотской работой.
К осени 1921 года корабли имели некоторое вооружение и винтовки, неофициально полученные от японского морского командования под предлогом необходимости вооружения морской милиции. В октябре того же года из добровольцев была сформирована отдельная рота морских стрелков. 23 сентября 1921 года во Владивосток прибыл пароход «Франц Фердинанд». На нем приехали из Месопотамии интернированные русские беженцы, среди которых был и личный состав Каспийской флотилии под командой капитана 1-го ранга Пышнова, числом около 80 офицеров и свыше 200 матросов всех специальностей. Этот отряд, отступивший в свое время через Энзели и Персию в Месопотамию, после крушения южно-русского правительства генерала Врангеля был интернирован британцами. Они содержали русских людей на положении пленных в лагере Танум, вблизи порта Басра. Впрочем, в августе 1921 года британцы посадили весь отряд на уходивший из Месопотамии транспорт «Франц Фердинанд» и отправили во Владивосток.
С прибытием месопотамских сидельцев боеспособность Сибирской флотилии значительно повысилась не только в смысле уровня технических знаний в среде личного состава, но также возрос и боевой дух. Люди этого отряда, из которых часть участвовала в походе генерала Корнилова, часть происходила из Морской роты капитана 1-го ранга Потемкина и большинство являлись офицерами Балтийского флота, — были чужды приморской политике и потому, не раздираемые никакими внутренними интригами, принесли с собой особое дружное настроение, необходимое для успеха любой работы. Прибытие нескольких молодых штаб-офицеров и лейтенантов позволило командующему флотилией произвести замену ряда чинов своего штаба, а также некоторых командиров кораблей. Временно исполняющим обязанности начальника штаба и флаг-капитана по распорядительной части был назначен вновь прибывший, получивший чин капитана 2-го ранга Анатолий Павлович Ваксмут. Капитан 2-го ранга, начинавший свою службу еще в Гвардейском экипаже, Сергей Николаевич Гарковенко был назначен командующим флаг-капитаном по оперативной части. Работа по усилению кадрового состава флота продолжалась полным ходом. Были сделаны некоторые назначения. Капитан 2-го ранга Сергей Яковлевич Ильвов, лейтенант Иван Васильевич Тихомиров и старший лейтенант М. Сафронов волей командующего были отправлены командовать миноносцами «Твердый», «Инженер-механик Анастасов» и «Бойкий».