В сирийской школе Несторий получил отвращение к смешению двух естеств и научился точно различать человечность своего наставника Христа от божественности Господа Иисуса. Благословенную Деву он чтил как матерь Христа, но его слух оскорбляло неосмотрительное и недавнее название матери Божией, которое мало-помалу вошло в обыкновение со времени возникновения арианского учения. Один из друзей патриарха, а впоследствии и сам патриарх неоднократно восставали с константинопольской церковной кафедры против употребления или неправильного применения такого слова, которое не было знакомо апостолам, не было одобрено церковью и могло лишь тревожить людей боязливых, вводить в заблуждение людей простодушных, забавлять мирян и путем кажущегося сходства оправдывать старинную генеалогию олимпийских богов. В минуты более спокойного размышления Несторий признавался, что это название можно допускать или извинять вследствие соединения двух естеств и обоюдного сообщения их свойств; но раздражившись от вызванных им возражений, он стал отвергать поклонение новорожденному и малолетнему Богу, стал основывать свои неудовлетворительные уподобления на сравнениях с супружеским сожитием или с гражданским сотовариществом и стал считать человечность Христа за оболочку, орудие и обитель его божественности. От такого богохульства затрясся фундамент святилища. Потерпевшие неудачу соперники Нестория дали волю своей ненависти, которая была внушена благочестием или завистью; византийское духовенство было втайне недовольно тем, что в его среду проник чужеземец; все, что носит на себе печать суеверия и безрассудства, имеет право на покровительство монахов, а народ был заинтересован величием своей девственной заступницы.
Мятежные крики стали прерывать проповеди архиепископа и служение перед алтарем; некоторые конгрегации стали отвергать его авторитет и его учение; дух партий стал разносить по всей империи семена религиозной распри, и голоса бойцов стали долетать с этого звучного театра до палестинских и египетских монашеских келий. На Кирилле лежала обязанность просветить усердие и невежество подчиненных ему бесчисленных монахов; в александрийской школе он познакомился с учением о воплощении одного естества и усвоил это учение, и преемник Афанасия только из высокомерия и из честолюбия восстал против нового Ария, который был еще более грозен и более преступен, так как занимал второй пост в церковной иерархии. После непродолжительной переписки, в которой два соперника прикрывали свою взаимную ненависть притворными выражениями уважения и смирения, александрийский патриарх заявил государю и народу, Востоку и Западу о пагубных заблуждениях византийского первосвященника. С Востока, и в особенности из Антиохии, он получил в ответ двусмысленные советы держаться веротерпимости и молчать — советы, которые были обращены к обеим сторонам и были благоприятны для Нестория. Но Ватикан принял египетских посланцев с распростертыми объятиями. Тщеславие Целестина было польщено тем, что его призывали в судьи, и сделанное монахом пристрастное истолкование текста установило религиозные верования папы, который вместе со своим латинским духовенством не имел никакого понятия ни о греческом языке, ни о греческих искусствах, ни о греческой теологии. В качестве председателя собора, составленного из итальянских епископов, Целестин взвесил доводы обеих сторон, одобрил верования Кирилла, осудил мнения и действия Нестория, лишил еретика епископского сана, назначил ему десятидневный срок для отречения от его мнений и для раскаяния и возложил на его противника исполнение этого неосмотрительного и противозаконного приговора. Но в то время как александрийский патриарх метал небесные громы, он обнаружил заблуждения и страсти простого смертного, и его двенадцать анафем до сих пор приводят в отчаяние тех рабских приверженцев православия, которые хотели бы сохранить уважение к памяти святого, не нарушая своей преданности постановлениям Халкидонского собора. Эти смелые положения носят на себе неизгладимую окраску еретических мнений Аполлинария, а серьезные и, быть может, искренние мнения Нестория удовлетворяют самых благоразумных и самых беспристрастных богословов нашего времени.