В то время как варвары опустошали провинции, а легионы одерживали победы под предводительством Велисария и Нарсеса, никогда не показывавшийся в лагере преемник Траяна довольствовался теми победами, которые он одерживал во главе соборов. Если бы он пригласил на эти соборы человека беспристрастного и рассудительного, он мог бы узнать от него, что "религиозные споры проистекают из высокомерия и безрассудства, что истинное благочестие выражается самым похвальным образом в молчании и покорности, что человек, будучи мало знаком со своей собственной натурой, не должен сметь исследовать натуру своего Бога и что нам достаточно знать, что высшее могущество и благость составляют атрибуты Божества".
Веротерпимость не принадлежала к числу добродетелей того времени, а снисходительность к бунтовщикам редко встречалась между добродетелями монархов. Но когда монарх унижается до участия в мелочных и раздражительных богословских спорах, он легко доходит до того, что восполняет избытком своей власти недостаточность своих аргументов и безжалостно карает упорное ослепление тех, кто добровольно закрывает свои глаза перед светом его доводов. Царствование Юстиниана представляет хотя и однообразную, но пеструю картину религиозных гонений, и он, по-видимому, превзошел своих беспечных предшественников и в искусстве придумывать новые уголовные законы, и в строгости, с которой эти законы исполнялись. Он назначил всем еретикам короткий трехмесячный срок, по истечении которого они должны были или обратиться в истинную веру, или отправляться в ссылку, и хотя он смотрел сквозь пальцы на их случайные уклонения от буквы закона, они были лишены, под его железным ярмом, не только всех выгод общественной жизни, но даже тех прав, которые принадлежат от рождения каждому человеку и каждому христианину. После четырехсотлетнего существования фригийские монтанисты все еще были воодушевлены тем бешеным энтузиазмом, который внушал им влечение к совершенствованию и к пророчествам и который они впитали от своих апостолов мужского и женского пола, говоривших устами св. Духа. При приближении католических священников и солдат они охотно шли на мученическую смерть; дома, в которых они собирались, делались жертвами пламени; но эти фанатики не вымерли и через триста лет после смерти их тирана. Под покровительством своих готских союзников арианская церковь в Константинополе не боялась строгости законов; ее духовенство не уступало Сенату в богатстве и в пышности, а Юстиниан, отбирая у него жадной рукой золото и серебро, мог бы предъявить свои права на эти сокровища, как на добычу, собранную в римских провинциях и как на трофеи варварских завоевателей. Остатки язычества, еще таившиеся, и в самых образованных и в самых низких классах общества, возбуждали негодование в христианах, быть может опасавшихся, что посторонние люди сделаются свидетелями их раздоров. На одного из епископов были возложены обязанности сыщика, его усердие скоро отыскало и при дворе, и в городском населении судей, юристов, докторов и софистов, еще сохранявших привязанность к суевериям греков.
Им было грозно объявлено, что они должны безотлагательно сделать выбор между немилостью Юпитера и немилостью Юстиниана и что им не дозволят долее скрывать их отвращение к евангелию под постыдной маской равнодушия или нечестия. Патриций Фотий был едва ли не единственный из них, решившийся и жить, и умереть по примеру своих предков; ударом кинжала он спас себя от рабства и предоставил своему тирану жалкое утешение выставить с позором безжизненное тело беглеца. Более малодушные его единоверцы подчинились воле своего земного монарха, согласились принять крещение и своим необыкновенным усердием постарались изгладить подозрение в язычестве или загладить свою виновность в этом преступлении. В отечестве Гомера и на театре Троянской войны еще таились последние лучи греческой мифологии; стараниями того же епископа семьдесят тысяч язычников был отысканы в Азии, Фригии, Лидии и Карии и обращены в христианство; для новообращенных было построено девяносто шесть церквей, а полотняные одежды, библии, богослужебные книги, золотые и серебряные сосуды были доставлены благочестивой щедростью Юстиниана. Иудеи, у которых мало-помалу отняли все их привилегии, должны были подчиниться тираническому закону, обязывавшему их праздновать Пасху в тот же день, когда ее праздновали христиане. Они тем более имели право жаловаться на это стеснение, что сами католики не соглашались с астрономическими вычислениями своего государя: жители Константинополя откладывали начало Великого Поста на целую неделю позже, чем как было установлено властями, и за тем имели удовольствие поститься в течение семи дней, между тем как на рынке мясо продавалось по приказанию императора. Палестинские самаритяне представляли разношерстное сборище людей и двусмысленную школу: язычники считали их за иудеев, иудеи за еретиков, а христиане за идолопоклонников. На их священной Гаризимской горе уже ранее того был водружен крест, внушавший им такое сильное отвращение, но гонение, которому их подверг Юстиниан, не оставляло им другого выбора, как крещение или восстание. Они предпочли последнее: они встали с оружием в руках под знамя одного бесстрашного вождя и выместили свои обиды на жизни, собственности и храмах беззащитного населения. Самаритяне были в конце концов подавлены восточными армиями; из них двадцать тысяч были убиты, двадцать тысяч были проданы арабами персидским и индийским язычникам, а остатки этой несчастной нации загладили свою преступную измену грехом лицемерия. Полагают, что сто тысяч римских подданных погибли в Самаритянской войне, превратившей когда-то плодородную провинцию в покрытую развалинами и пеплом пустыню. Но, по религии Юстиниана, умерщвление неверующих не считалось за преступление, и он благочестиво старался восстановить единство христианских верований при помощи огня и меча.